朱紈死後，海防鬆弛，海禁放寬，有群人十分高興，那就是倭寇，他們暗自嘲笑大明皇帝和大臣真是愚蠢，不用別人攻擊就開始內鬥，自斷臂膀，自降實力，他們巴不得如此，以便趁虛開展劫掠。同時，漢奸與倭寇勾結更加緊密，雙嶼港一戰後，王直收拾了許棟的殘部，還誘殺了廣東海盜陳思盼，吞並了他的部眾，充實了自己的力量，開始做大勢力。王直前往日本與大名勾結，然後率眾多的倭寇以及漳州、泉州群盜，駕乘巨艦百餘艘，密密麻麻地遍布海洋而至，濱海數千裏同時告警，上海及南彙、吳淞、乍浦、蓁嶼等諸所陷落，蘇州、鬆江、寧波、紹興、台州等諸衛所州縣被焚掠者達二十餘處。台州知事武日韋、象山百戶秦彪、瑞安百戶李潮等均戰死。由此東南大震，朝廷也為之大驚，這才感到問題的嚴重性。
    嘉靖皇帝雖然忙於修道，但江山受侵擾，事關大體，他也不敢聽之任之，否則對不起列祖列宗，於是下旨恢複浙江巡視，選派合適的官員前往浙江。嚴嵩雖然此前主張寬海禁，但沒預料到事情會發展到如此嚴重的程度；雖然沒有主動檢討自己，但在皇帝下旨後，也隻能支持恢複浙江巡視，派重臣前往浙江，可是他的親信隻會阿諛奉承和整人，就是沒有堪當大任的，故隻好擴大範圍選人，最後選到山東巡撫王忬。朝廷便讓王忬提督軍務，巡視浙江（後改巡撫）兼管福建福州、興化、泉州、漳州四府，並賦予他便宜調發兵糧，臨陣按軍法從事等大權。
    王忬，字民應，號思質，南直隸蘇州府太倉人，出生於以衣冠詩書著稱的太倉王氏家族。他的父親王倬，官至兵都右侍郎，以謹厚被人稱道。嘉靖二十年（1541年）王忬考中進士，他才思敏捷，深受重用，授行人（官名），遷禦史。他彈劾東廠太監宋興，頗有政聲，後巡按湖廣。嘉靖二十九年（1550年），負責巡按順天（北京），當年，韃靼部首領俺答進犯北京古北口（位於密雲），王忬疾馳抵禦俺答，激勵士兵登城守禦，十分勇敢；敵寇退後，他又救濟難民、築京師外郭、修通州城、設置敵台，獲得皇帝肯定。嘉靖三十一年（1552年），朝廷命王忬巡撫山東，他剛上任三個月，因浙江倭寇告急，就被調到東南擔當大任。
    王忬有個兒子很出名，叫王世貞，是大才子、文學家、史學家，並考中進士，官至南京刑部尚書，與李攀龍、徐中行、梁有譽、宗臣、謝榛、吳國倫合稱“後七子”。王世貞堪稱文壇的領袖，獨領文壇二十年，著有大量的作品，包括《嘉靖以來首輔傳》《弇州山人四部稿》《弇山堂別集》《藝苑卮言》《觚不觚錄》等。
    王忬到任後，重視選用將領。他知道盧鏜、尹鳳、柯喬都是虎將，如今受冤被關押，幸好尚未被斬，於是他趕緊向朝廷打報告，請求釋放這幾位大將。朝廷知道現在是用人之際，因此同意了。盧鏜、尹鳳、柯喬十分感激王忬的救命之恩，表示要勇於殺敵報恩。
    王忬還重用俞大猷和湯克寬兩位大將，原本他們分別任瓊崖參將署都指揮僉事、中都留守司管操指揮僉事，現在調他們來江浙，擔任參將，並讓他們倆成為自己的心腹，激勵二人在抗倭大業中做出突出的貢獻。
    俞大猷，字誌輔，號虛江，福建泉州人。他出生於世襲軍官家庭，其始祖俞敏加入朱元璋的起義軍，因軍功被封為世襲百戶。因祖先的榮光，俞大猷得以繼承百戶之職。但他並不甘於一生隻做個百戶，因此發奮圖強，相繼拜王宣、林福、趙本學、李良欽等為師，學習《易經》、兵法、武術，還上學認真學習儒家文化，考中秀才，因此既能文又能武。此後，他參加武科考試，排名第五，成功考中武進士，升任泉州衛前所正千戶，負責守禦金門。在守禦金門期間，他有效抗擊侵犯金門的倭寇，贏得好口碑。嘉靖二十三年（1544年），俞大猷任汀漳守備，期間成功抗倭倭寇和海盜，剿海盜康老，擒海盜雷士賢、湯信四等。朱紈在當浙江巡撫時就想重用俞大猷，推薦他為福建備倭都指揮，隻是由於當時安南寇入侵，俞大猷被調到前線防討安南寇。此後俞大猷任瓊州府右參將。王忬知道俞大猷抗倭本事頗高，因此把他調到浙江擔當大任。俞大猷抗倭功績赫赫，其與戚繼光被世人稱為“俞龍戚虎”。
    湯克寬，字武河，是明代著名的抗倭名將，南直隸邳州（今江蘇睢寧）人，祖籍鳳陽。他是將門出身，先祖為明朝開國名將湯和，他的父親湯慶曾是防守長江的總兵官。湯克寬很好地繼承了先祖的遺風，驍勇善戰，且長期與俞大猷並肩作戰，屢敗倭寇，立下大功，後晉署都督僉事、廣東總兵官。萬曆四年(1576年)，韃靼進犯古北口，湯克寬率軍追擊，遇伏力戰，為國捐軀，名垂青史。
    選任好將領後，王忬積極謀劃全方位的禦倭策略，主要采取八大措施。其一是禁止近海的勢豪之家和民眾通倭和引倭入寇，以達到絕禍本的目的。其二是加強激勵，對奮勇血戰的予以記功。其三是增強兵力，選調浙、閩兵，招募溫州、台州等地的民壯，加強操習，提高作戰能力。其四是命南直隸、兩廣的巡撫和江防官員，加強哨探，布好兵船，以便彼此夾攻。其五是命浙、閩兩省守巡兵備官，按照既定的地方，常態化做好士兵駐紮，做到守土履職、守土有責。其六是鼓勵脅從賊犯自首，允許幹多年海盜的首領投降，官府將放寬處罰。其七是對浙、閩漁船適當進行收稅，並將收到的欠稅和查收的鹽稅助軍餉用。其八是對濱海接濟倭寇和走漏消息、通風報信的頑民，對主犯處以極刑，全家發配邊衛充軍，以此達到懲戒和警示的效果。
    王忬向俞大猷征求禦倭的具體良策。俞大猷有過經驗，且事先做了調研和謀劃，因此心中早已有策略，他提出幾點主張。
    第一，注重在海上殲敵。倭寇必從海洋而來，故要在海上多備艦船、器械，可設立船隻埋伏於各海島。同時加強募船和造船，特別是多造福建出產的大福船，達到大船勝小船、多船勝寡船、大銃勝小銃的目的。
    第二，加強海岸防守，在沿海岸邊能夠避風的澳灣，如乍浦、澉浦、石墩、舟山、臨山、湖頭、昌國、健跳等諸澳，各設兵船一支，以防倭寇登岸進犯內地劫掠。
    第三，加強河港防禦。倭寇有時並不在海岸登陸，主要是擔心船隻丟失以及上岸太遠後劫掠的財物不易搬回，於是倭寇往往是深入內河，且進入河港後會搶我船隻，越深入內河，可掠的船隻越多，然後肆無忌憚地劫掠，因此要在諸河港多設兵船，要整搠河船，多造河船，加強防守，敵人來了就予以重擊。
    第四，加強練兵。有兵不練與無兵同，精兵不練與弱兵同，練兵不熟與不練同。因此要勤於練兵，能夠在各種地形作戰，能設伏也能防伏，並將陸兵分布在杭州江口、乍浦、海鹽、澉浦以及紹興、寧波、台州、溫州等地，以抵禦倭寇。
    王忬對於俞大猷提的良策十分讚同，依策落實。王忬還問俞大猷，現今招撫海盜頭領王直如何。俞大猷認為現在招撫並非良策，因為招撫是有條件的，需在大兵壓境、我強敵弱時才有效，目前敵人勢力正盛，故招撫的條件尚不成熟。王忬覺得有理。既然招撫不行，那就打吧。
    當時王直勾引倭寇盤踞在烈港（今浙江舟山金塘島瀝港）。王忬決定主動進攻烈港，剿除倭寇的大本營。嘉靖三十二年（1553年）三月，王忬親自來到前線指揮，俞大猷、湯克寬為大將，集中水陸重兵，向烈港發起進攻。
    烈港地形比較獨特，南北兩邊水道相通，兩邊都可進可退，為了防止敵人逃走，王忬命俞大猷和湯克寬分別從兩邊水道進攻。此外，命都指揮尹鳳率軍在金塘近海設伏，命把總張四維、把總黎秀分別駐紮龍山和郭衢作為後援。俞大猷派出熟悉金塘島地形和道路的候得等人，組成先遣隊，悄悄潛入敵營，約定以火為號，發起總攻。候得等人不辱使命，到半夜時分開始縱火，頓時敵營火光衝天。俞大猷、湯克寬率領士兵發起猛烈的攻擊，將敵人設置的外欄纜繩砍斷，將敵人的哨船衝倒，大兵船直取賊船。敵人遭到突然的內外夾攻，軍營大亂，無心戀戰，很快崩潰，爭相逃跑。明軍奮力廝殺，當場就斬殺許多倭寇，倭寇溺水者甚多。但天公不作美，突然刮起颶風，明軍船隻幾乎要傾覆。而王直趁機逃走，逃到馬跡潭（在浙江嵊泗附近）。湯克寬追上，進攻馬跡潭的王直部眾，大破之。王直繼續逃跑，逃到南直隸地區，俞大猷奮力追擊，再敗王直。此時的王直隻剩百餘人，他不敢再逗留，選擇逃往日本。
    此戰殲滅倭寇千餘人，另擒獲和溺水者無數，倭寇巢穴被摧毀。但是沒有抓到王直，王忬、俞大猷等人受到朝中大臣的譴責。這也說明當個將領真不容易。