其次，革渡船、嚴保甲。朱紈在巡視海道時，海道僉事項高和一些士民說，若不革渡船則海道不可能清平，不嚴保甲則海防不可能得到恢複。主要是沿海勢豪之家與倭寇勾結，利用渡船的名義私造大船運載走私貨物，這個現象比較嚴重。而保甲法，是通過戶籍編製來統治人民的製度。將若幹家編作一甲，若幹甲編作一保。保設保長，甲設甲長。通過聯保連坐法，以便對人民實行管製。聯保就是各戶之間聯合作保，互相擔保不做某項違法之事，一家有“罪”，九家揭發，若不揭發，十家連帶坐罪。
    對於項高和士民的建議，朱紈十分讚同。他也認為有必要切斷沿海勢豪之家與倭寇的聯係，而嚴保甲是個好方法。於是他下令實施革渡船、嚴保甲的舉措，張貼布告，對百姓進行曉諭，查禁渡船，禁止出海，特別是與倭寇往來，說以前做過的就不再追究，若繼續與倭寇勾結將予以重罰。同時，嚴格保甲法，讓百姓互相監督，搜捕奸民。實施該舉措後，很快就收到效果，各地百姓互相約束，不敢私自跟倭寇聯係。
    再次，妥善處理勘合貿易問題。嘉靖二十六（1547年）日本貢使周良來貢，船四艘，人六百，朝廷以人數超標、與前次上貢間隔未滿十年（前一次是嘉靖十八年）為由，勒令日本貢使回去。但是嘉靖二十七年(1548年)時，日本貢使周良又來求貢，人數達六百人。因為此前有“爭貢之役”的前車之鑒，處理不當後果不堪設想，因此朱紈比較謹慎，不敢擅自主張，一方麵命人登記他們的船，將周良等貢使好好安頓，讓他們住進寧波賓館，吃好住好，避免生事端；另一方麵趕緊寫奏疏向朝廷請示。
    禮部接報後，向皇上上奏說：“日本前來朝貢的日期、船隻和人數雖然違製，但這次他們的表文言辭恭順，況且離朝貢的日期也不遠了，倘若一概加以拒絕，也不好，畢竟他們航海辛勞，應當加以憐憫；倘若稍加縱容，則宗設、宋素卿之爭亦可做借鑒，易生變。應敕令朱紈，讓他遵循嘉靖十八年朝貢的先例，送五十人進京，其餘的人留在當地賓館，適量加以犒賞，然後諭令他們回國。若有雙方互做貿易和防守之事，應讓朱紈妥善處理。”皇帝同意。
    但是朱紈認為隻送五十人進京太少，於是再次上奏，建議增加人員。後來朝廷同意讓他送一百人進京。禮部建議隻給這一百人實行賞賜，其餘的隨行人員不給賞賜。
    但周良還不滿足，說貢船高大，必須有五百人才能駕駛，且中國的商船入海後，往往藏匿在島中作為盜賊，所以要增加一艘船以防海盜，這不是故意違反製度。由此，禮部建議適量增加對貢使的賞賜，並認為以一百人的定製，日本國勢必難以遵行，應考慮其貢船的大小適當增加進京人員。皇帝表示同意。
    在貢使等待期間，有奸民投書，散布朱紈要殺貢使的流言，試圖激起貢使生變，讓朱紈難堪，但朱紈防範甚密，使他們的詭計不能得逞。
    在朱紈的努力下，本次勘合貿易得以平安實施，未發生意外事件。這次勘合貿易也成為絕唱，此後日本再無來大明開展朝貢貿易。
    除了采取以上三大措施外，朱紈還要開展一項更大更重要的行動，即派重兵進攻雙嶼港，鏟平寇盜勾結的大本營。
    嘉靖二十七年（1548年）四月，朱紈任命盧鏜為此次作戰行動的主將，命海道副使魏一恭、備倭指揮劉恩至以及張四維、張漢等率軍在雙嶼港外圍集結，各戰船、將士部署到位，隻待令下就大舉進攻。島上的倭寇也發覺到了明軍到來，預感到危機。四月七日，雙嶼港風雨交加，大霧彌漫，島上的倭寇想趁機逃跑，守株待兔的明軍趁勢出擊，殺向寇盜，將士們奮勇殺敵，衝鋒陷陣，打得寇盜落花流水，當場斬首和溺水而死者數百人。盧鏜還命人焚毀敵人的戰艦和營房，由此倭寇的巢穴被蕩平。
    盧鏜繼續追擊逃跑的倭寇，在九山洋（位於今浙江象山東南海域）遭遇敵人，激戰在此開展，明軍大敗倭寇，生擒了倭寇頭領稽天新四郎，倭寇溺死者無數。倭寇殘部繼續逃跑，逃往福建的浯嶼，朱紈再組織兵力敗之。倭寇們逃跑到詔安，朱紈命盧鏜、柯喬率領明軍在走馬溪與敵人大戰，擒斬兩百多人。其中頭領李光頭等九十六人被明軍擒獲，朱紈以便宜行事之權，將他們斬首。
    雖然戰鬥取得了勝利，但是朱紈沒有等來朝廷給予的嘉獎，反而是麵臨一場暴風驟雨般的猛烈襲擊，這是另一種形式的沒有硝煙的戰鬥，並讓他處於非常危險的境地。
    因為沿海勢豪之家的利益被切斷，勢豪之家不甘願停止與倭寇的勾結、喪失走私貿易的利益，故開始瘋狂的反撲。他們認識朝中的大臣，想借助大臣的力量對朱紈進行打擊。署府事推官張德熹的叔父張珠，因為通倭而被朱紈所殺，張德熹因此痛恨朱紈。張德熹結識禦史周亮，找周亮訴說朱紈的壞處，周亮便上疏誣陷朱紈，說朱紈管著兩省的軍務，每事是遠距離遙控，有關部門往來疲於奔命，大為民擾。給事中葉鏜也上疏，指出朱紈疲於奔命，難以顧及兩省事務，建議不如兩省分設大員。其意圖是削減朱紈的權力。
    在夏言任內閣首輔時，夏言會幫朱紈遮擋不利的言論，讓他放開幹。但是，朝局有變，嘉靖二十七年（1548年）時，夏言被嚴嵩構陷，不僅下了台，還被斬首。由此，朱紈失去了朝中支持他的最大力量。而嚴嵩踩著失敗者的頭顱，坐上內閣首輔的大位，開始大肆清算異己。曾經，嚴嵩通過他的義子趙文華，對朱紈誘之以官爵，讓他改變抗倭方針，但朱紈斷然拒絕。趙文華是寧波人，與通倭的勢豪之家互相勾結，被拒絕後懷恨在心，並向嚴嵩打報告說朱紈的壞話。因此嚴嵩和趙文華處心積慮要懲治朱紈，便找言官彈劾朱紈。
    在周亮、葉鏜上疏後，吏部也見風使舵，逢迎嚴嵩。吏部說以前浙江未設巡撫，遇到有重大的事，朝廷才派遣重臣巡視，事寧即止。現在應裁革巡撫，恢複巡視的舊製。嘉靖皇帝也昏聵，竟然同意吏部建言。於是朝廷改朱紈為浙江巡視，讓他沒法兼管福建的海防事務了，權力大大縮小。朱紈感慨道：“去外國盜易，去中國盜難。去中國瀕海之盜猶易，去中國衣冠之盜尤難。”並上疏憤慨陳言：“臣整頓海防，稍有次第，周亮就想削奪臣的權力，致使下屬官吏不肯用命。”他還提出明國事、正憲體、扼要害、除禍本、重斷決六事，語言多有憤激，並刺向嚴嵩。嚴嵩愈加憎恨朱紈。
    削減朱紈權力後，嚴黨仍不罷休，還想置之於死地，於是搜羅朱紈的“罪行”。因為朱紈殺了李光頭等九十六人，於是禦史陳九德上疏，彈劾朱紈沒有報告就擅自殺戮。不久，朝廷不僅免去了朱紈的官職，還命令兵科都給事中杜汝禎對朱紈進行考察審問。朱紈聽聞後，一方麵誌氣昂揚，不願屈服，不怕嚴黨；另一方麵心情難受，自知所有的努力將付諸東流，大好的抗倭局麵很可能急轉直下。他流著眼淚說道：“我貧窮且身體有疾病，又意氣自負，不願意對簿公堂。縱使皇帝不想殺我，浙、閩的勢家豪強一定會殺我。我死，自己解決，不需他人動手。”然後寫好墓誌銘，作絕命詞，喝毒藥而死，年僅56歲。朝廷真是自段棟梁、自毀長城。朝廷本要逮捕朱紈，但是朱紈已經死了。那怎麼辦？於是把朱紈的得力副手盧鏜和柯喬以及參將尹鳳逮捕關押起來，還把盧鏜和柯喬定為死罪。
    朱紈是個很有作為的官員，他竭力為國家杜絕禍亂的根源，既阻止寇盜勾結，又奪回雙嶼港，還妥善開展勘合貿易，功績赫赫，且清正廉潔，隻是被勢豪之家和嚴黨所構陷，朝野人士無不為之歎息。朱紈去世後，朝廷不再設浙江巡視大臣的職位，大臣都不敢說海禁方麵的事，對走私貿易、寇盜勾結之事基本上是放任不管。浙中衛所四十一個，戰船四百三十九艘，盡皆荒廢。原本朱紈將從海盜捕獲的四十餘船，分布在海道，其中在台州海門衛就有十四艘，構成黃岩縣的外部屏障，但朱紈去世後，副使丁湛將它們全都遣散，撤銷軍事防備，放開海禁。
    果然不出朱紈所料，不久海寇又大作，毒害東南十餘年。官員和百姓不禁想念起朱紈來，可是朱紈已逝。這也折射出朝廷腐敗，忠奸不分。此前，雖然嘉靖皇帝昏聵，但有夏言在，政府還能保持正能量、積極有效運轉；如今嘉靖皇帝昏聵，但內閣卻是奸臣嚴嵩把持，施政隻顧私利，不顧大局，昏招不斷，那國家就麻煩了。且除掉朱紈、廢弛海防隻是昏招的開始，接下來，朝廷的昏招還將頻頻出現，令人瞠目結舌。