不少官員看到嘉靖皇帝如此癡迷修道、不務正道，冒險上疏勸諫，結果不是下獄就是丟命。
    最典型的要數海瑞勸諫。海瑞，字汝賢，號剛峰，海南人，史上著名的清官。他看到嘉靖皇帝深居西苑，癡迷修道，荒廢政務，不禁憂心忡忡，決定冒死上疏勸諫，為此，他買好了棺材，將家人托付給朋友，然後向皇上呈上《治安疏》。此疏又名《直言天下第一疏》《諫修齋建醮疏》。海瑞在《治安疏》開篇指出上疏的目的是“為直言天下第一事，以正君道、明臣職，求萬世治安事”，指責皇上之誤多矣，一意玄修，以求長生，二十餘年不視朝，綱紀弛矣，導致天下吏貪將弱，民不聊生，盜賊滋熾；指出嘉靖者，就是家家皆淨而無財用；還說其實玄修無益，希望皇上幡然悔悟，日視正朝，與百官謀劃治國之策。
    嘉靖皇帝看到此疏，氣得火冒三丈，於是命人將海瑞逮捕入獄。他說：“海瑞可與比幹相比，但朕不是商紂王。”戶部有個叫何以尚的官員上疏請求將海瑞釋放，嘉靖皇帝大怒，命錦衣衛對何以尚杖責一百大棒，關進詔獄，晝夜用刑審問，苦不堪言。後來，嘉靖皇帝駕崩，隆慶皇帝即位，赦免了海瑞，讓他官複原職。
    太仆寺卿楊最也犯顏直諫，他指出皇上見到方士就想跟著修煉服藥成仙，殊不知神仙是住在山中的人才能修煉的，哪有居住在宮殿裏，穿著華麗的衣服，吃著精美的食物，卻能成仙飛天的呢。嘉靖皇帝大怒，將楊最關進監獄，施以杖刑。楊最已是69歲的老人，哪裏能夠承受如此之刑，杖刑還沒結束，命就沒了。
    禦史楊爵也直言極諫。他批評那些道士是旁門左道，那些道術是邪妄之術，妖言惑眾；批評當今天下就像人得到極其嚴重的病，腹心百骸，莫不受患；朝廷賄賂公行，遇到災害不憂心，見到非祥瑞之物象卻裝作是祥瑞紛紛稱賀，阿諛奉承，欺君罔上，頹壞至極。嘉靖皇帝看後震怒，立即命人將楊爵關進詔獄拷問，打得血肉橫飛，讓他屢次瀕臨死亡。主事周天佐、禦史浦鋐上疏解救，不料也被關進監獄，後被杖死。後來，嘉靖皇帝感覺有神降於乩壇，受到感動，便把楊爵放了。但不久，又因乩語把楊爵再抓回監獄。再後來，嘉靖皇帝在露台祈禱時，看到火光中有人說楊爵是忠臣，於是又把楊爵放了。
    在打擊反對者的同時，嘉靖皇帝對那些支持他修道的大臣，則予以提拔重要，由此產生了幾位青詞宰相。青詞是舉行齋醮時道士獻給天神的祝文，因用朱筆寫在青藤紙上，故稱青詞。嘉靖皇帝信奉道教，經常性地舉行齋醮，需要大量的青詞，他個人寫不來，便讓道士寫，但道士文化水平有限，寫的青詞缺乏文學色彩，於是他便讓大臣們寫。大臣們大都是進士出身、飽讀詩書，自然寫得來、寫得好。不少大臣看到皇帝喜好這個，願意絞盡腦汁寫好青詞，以此能夠受到皇帝肯定而重用。比較典型的有李春芳、嚴訥、郭樸、袁煒和嚴嵩，他們因為青詞寫得好，可謂平步青雲，進入內閣，位高權重。特別是嚴嵩，為了寫好青詞廢寢忘食，甚至把軍國大事也放一邊而專注寫青詞，因此獲得嘉靖皇帝寵信，長期任內閣首輔，權傾天下。