大明王朝大力實施海禁，禁止私人貿易，但並非禁止一切貿易，而是允許開展官方貿易，即勘合貿易。
    勘合，是大明王朝給予外國開展朝貢貿易的憑證。所謂勘合貿易，就是讓海外各國持明朝發給的憑證來華與明朝開展定期的合法的海上貿易，實際上它屬於朝貢貿易，又被稱為“貢舶貿易”。其貿易方式大體是這樣的：外國船隻載貢品及各自方物土產來到大明國，朝廷收了貢品、購了方物後，以“國賜”的方式回酬外商所需要的中國物品。勘合貿易由市舶司掌管。而與日本實行勘合貿易的一項主要目的就是希望以此換取日本政府對倭寇行徑的抑製。
    明代勘合貿易始於洪武年間，洪武十六年（1383年），明朝廷向暹羅、日本、占城、爪哇、真臘、蘇門答臘、滿剌加等15國頒發勘合。勘合含有底簿，頒發後由明朝禮部、地方布政司、外國政府各自保存，外國來朝貢時，帶上勘合憑證，地方布政司先進行核對，核對無誤後，將使團送往京師再核對，核對無誤則進行貿易。朱元璋本來想通過與日本開展勘合貿易，能夠改善兩國關係，讓日本政府打擊倭寇，但是由於外交努力失敗，兩國斷交，勘合貿易並未實質性開展。
    建文年間，明朝與日本關係得到改善。當時，室町幕府大將軍足利義滿經過努力，結束了南北朝對立的局麵，實現了全國統一。他需要通過明朝開展貿易，獲取巨大的經濟利益，改善財政窘迫狀況，恢複因戰亂破壞的社會經濟，增強對各地的控製，更好地鞏固統治。為此，他派遣使者肥富和僧人祖阿前往大明國。建文皇帝朱允炆積極響應，熱情接待。當日本使者要回國時，明朝廷還派遣天倫和一如送日本使者回國。足利義滿熱烈歡迎明國使者的到來。由此兩國關係得到恢複。
    明成祖朱棣即位後，他一方麵想通過加強與外國交往樹立威信，另一方麵想通過與日本交往讓日本政府打擊倭寇，於是繼續保持與日本的交往。在交往的同時雙方同意開始勘合貿易。日本船隻運來貢物和方物，大明回報厚禮。同時，日本政府很配合地發兵地拘捕倭寇，並將魁首送往大明由朝廷懲處。永樂五年、六年日本又來貢，並獻上所捕獲的海寇。明成祖朱棣甚為滿意。
    然而不久，日本局勢有變。公元1408年5月，日本幕府大將軍足利義滿突發疾病去世，其子足利義持即位。足利義持奪得大將軍位置過程是艱辛的，充滿鬥爭。因為其父本想讓更加受寵的幼子足利義嗣繼位，足利義持隻好依靠擁有一定勢力的武士進行奪權鬥爭，並最終成功。而武士不滿意幕府壟斷與大明國的貿易，也不滿幕府打擊倭寇的策略。為了迎合武士的需求，足利義持隻好改變政策，停止了與大明國的貿易，且有意放縱武士劫掠明國。
    經過不斷的交涉，特別是宣德七年明宣宗朱瞻基念四方番國皆來朝貢，唯獨日本長久不朝貢，於是命中官柴山前往琉球，讓琉球國王轉諭日本告知此事。此時日本幕府大將軍已是足利義持的弟弟足利義教，他力挺恢複兩國關係。於是宣德八年，日本遣使來明國，至此雙方才恢複朝貢貿易。此後數十年間，雙方一直開展勘合貿易，一直延續至嘉靖年間停止。據《日中交流二千年》一書統計，永樂年間，雙方共進行6次勘合貿易；宣德八年至嘉靖二十六年，雙方共進行11次勘合貿易。