明朝與日本開展勘合貿易，希望日本政府打擊倭寇、保持睦鄰友好的出發點是好的，但縱觀整個明代，總體而言，勘合貿易的效果並不盡如人意，表現在以下幾個方麵：
    首先，這是一樁虧本的買賣。
    在雙方開展勘合貿易薄來厚往成為慣例，日本所帶來貨物的價值並不算高，而明朝給予日本的貨物及賞賜價值卻高許多，相比之下，日本是大賺了，而明朝是大虧了。如宣德年間的一次貿易，日本帶來的貨物是馬20匹，硫磺1萬斤，黑漆鞘柄大刀100把，長刀100把，撒金鞘大刀2把，扇子100把，瑪瑙20塊等。而明朝廷回賜的是銀300兩，紵絲30匹，紗28匹，羅27匹，彩絹30匹，粧花絨綿6匹，並給付買刀、硫磺的錢等。總體而言，明朝廷回賜和支付的價值遠高於日本貢品的價值。
    當時，日本很喜歡上貢刀具，勘合貿易以來共輸入明國約20萬把的刀，每把刀的造價約800文錢，輸入明國後，每把刀賣到數千文錢，甚至高達萬文錢，這給明朝政府帶來巨大的經濟負擔。而且後期刀具質量下降，明朝需求飽和，軍隊也用不上，最後朝廷索性贈給官員當擺設用。此外日本很喜歡上貢硫磺，因為日本硫磺資源豐富，價值低廉，而明朝當時又沒什麼工業，也用不了那麼多硫磺，導致需求過剩，但還得耗費大量白銀、銅錢購之。曾經，明朝廷向日本提出限製上貢的數量，壓低貨物的價格，但日本貢使很不滿意，要挾說到時海寇來劫掠那明朝損失更大。明朝廷隻好做出讓步。這樣不講經濟規律的貿易，讓明朝廷經濟壓力加大，在國力強盛的永樂時代朝廷尚負擔得起，但隨著後來土地兼並嚴重、財稅收入下降、國力下降，要支出這些費用顯得比較困難。與之相反的是，日本從中獲得巨大的經濟利益，獲得大量的白銀銅錢，特別是得到明朝的絲紗羅絹後，運到日本銷售，倍受歡迎，能賣上很高的價格，日本政府和商人從中大賺一把。
    其次，過分的縱容產生消極影響。
    永樂年間，明朝廷詔日本十年一貢，入貢的人限製在兩百內，船隻限兩艘，不得攜帶軍器，違者以寇論。宣德八年（1433年），雙方訂立《宣德條約》，規定日本每十年來朝貢一次，入貢的人不得超過三百，船不得超過三艘。然而日本並未嚴守該規定，經常是一年一貢，甚至一年兩貢，人員和船隻也大大超出約定。如永樂六年（1408年），日本就來上貢兩次，船隻達到驚人的38艘，遠超過2艘的限定。再如，景泰四年（1453年），日本入貢時的船隻達9艘，總人數達到驚人的1000多人，所帶貨物比以前增加數十倍。明朝廷除回賜絹、布外，還需給付白銀21萬多兩、銅錢二十五多貫，然後朝廷沒有加以拒絕，而是縱容日本帶這麼多貨來。後來，明朝廷給了豐厚的錢物，即便如此，日本貢使還嫌少，要求多給些。明朝廷不敢斷然拒絕，而是繼續縱容，又加給付銅錢1萬貫。但日本貢使還不滿意，賴著不肯走。明朝廷隻好示以威福，催促其早日回國。
    日本超人數入貢也給明朝接待帶來莫大的麻煩。按當時做法，日方勘合貿易人員需先到浙江寧波市舶司，期間日方人員口糧、菜金以及進京的費用甚至回國途中的口糧，全由明朝供應。聽起來真是讓人難以置信，但事實就是如此，而且明朝廷所花費用還不隻這些，還將住宿費、車馬交通費也包了。日方人員到岸後，明朝廷會組織歡迎儀式，贈送食品和酒水，並為他們安排館舍住下，使臣從寧波到京師途中，各地也要安排好車馬和飯食。到達京師後，又得安排使臣吃好住好。倘若人員較少，比如數十人，開支尚可支撐，就當招待客人，體現我們的熱情好客，也是應該的，但是日方人員老是不遵守規定，人數總是很離譜地超標，甚至一來就一千多人，這讓朝廷開支可就大了，負擔可就重了。
    更離譜的是，日本這些客人不守本分，還時不時地竟敢在大明國土撒野，甚至鬧出人命，真是欺人太甚。如景泰四年，日本使臣掠奪百姓，大明官員前往責問，卻被日本人毆打到幾乎死去。成化四年，日本使臣麻答二郎喝酒後持刀傷人，不久傷者死亡，明朝廷卻沒有對其問罪，連死者的喪葬費還得朝廷出，沒有讓日方出，美其名曰是體現朝廷“寬宥懷柔之意”，實際是縱容過度了。弘治年間，日本使臣進京途中，在濟寧州時有使臣持刀殺人，於是明孝宗下令，今後日本國進貢使臣，來京隻限五十人，其餘的留在浙江。
    再次，倭寇仍然不停地進犯。
    那麼，明朝與日本開展勘合貿易後，有沒有有效地抑製倭寇呢？應該說在起初的確取得一定的成效，但是效果並不大。據《明代倭寇史略》統計，永樂至宣德年間倭寇入侵34次，正統至正德年間倭寇入侵22次，嘉靖年間則最嚴重，達260次以上。可以說，日方一邊通過勘合貿易撈取好處，另一邊又通過縱容倭寇入侵撈取更大的好處。真是氣死人也。
    總之，明朝實行勘合貿易的政策值得反思。明朝實行勘合貿易，並沒用把它擺在突出的位置，隻是將其作為政治和外交的一個籌碼，以此滿足天朝地大物博、無所不有的虛榮感，並希望借此抑製倭寇。因此這種不講經濟規律、不求經濟利益的貿易政策，終究會隨著財政的困難而難以持續長久實行的。
    同時，這種政策也缺乏對日本國情的了解而及時調整。起初的時候，日本室町幕府大將軍足利義滿統一了日本，有實力對倭寇進行限製，但後來室町幕府實力越來越弱，大權旁落到各地大名，他們不擇手段擴大實力，甚至縱容倭寇侵掠大明。在這種情況下，明朝通過勘合貿易禁絕倭寇的指望已經不可能實現，但勘合貿易還是延續了一百多年，實際上產生的作用微乎其微了。
    直至嘉靖二十八年（1549年），明朝才停止了勘合貿易，並繼續嚴格實施海禁，禁止民間對外貿易。這相當於從一個極端走到另一個極端。當時，中日雙方貿易需求是存在的，特別是日本很需要中國的貨物，嚴格海禁後，會導致走私的發生，而明朝廷卻得不到任何利益。當時兵部尚書鄭曉曾建議，允許商販對外貿易，對載貨入港的船貨，官方可以從中抽稅以充軍需，讓中日雙方都獲利，也可以平息海戰的烽火。還有個叫張位的官員建議，既然日本來貢不可為，那明朝可以通過船隻運送貨物到日本售賣，再將日本要上貢的物品載回來，這樣不用像日本到明朝上貢那樣耗費大量的接待等費用，還可以通過賣給日本貨物獲利或征收稅金獲利，以補海上軍餉。這些建議確實值得點讚，隻可惜嘉靖王朝沒有采納實施。