天漸漸黑下來，天上又是滿天星鬥。雙嶼港的人們擔心著明軍來攻打，把雙嶼港三千多人集中起來，將五十座佛朗機炮抬上五十艘大型戰船，在高贈烏魯美他郎、費信善妙法師、門多郎次郎、日向彥太郎、沙剌歹剌、田川鬆、許棟、何亞八、平托、失刺沙也門、嚴山佬、徐海、李光頭等倭寇頭領的率領下，乘著一百多艘大小戰船連夜駛出雙嶼港，向著北部的鬆門嶼方向航行。
    令雙嶼港的倭寇想不到的是，就在倭寇船隊剛剛進入北港水道，突然響起轟隆隆的炮聲，緊接著，密集的炮彈在倭寇的戰船上爆炸。倭寇的佛朗機炮還來不及還擊，許多戰船已經被擊傷或者是被擊沉。
    倭寇亂了陣腳，一百多艘戰船被打得七零八落，倭寇胡亂駕船四處逃命，明軍從四麵八方壓過來。倭寇看到前麵已經無路可逃，一部分人向雙嶼港撤退，企圖憑著雙嶼港的有利地形負隅頑抗。但是明軍不給倭寇任何機會，一部分倭寇剛剛退到雙嶼港，還來不及關閉閘門，福建備倭指揮劉恩至已經率領人馬攻入雙嶼港。這劉恩至乃是去年的武狀元，個人武藝可以說是整個大明天下的第一高手。作為武狀元，必須十八般武藝都要嫻熟到爐火純青的境界，才能夠戰勝數以百計的當代武林高手。不過劉恩至最善於大刀。劉恩至少年時代就崇拜三國第一英雄關雲長，由於關雲長使用的兵器是八十二斤的青龍偃月刀，所以劉恩至從小就喜歡舞大刀，決心長大後也像關雲長那樣，憑著一把大刀打遍天下無敵手。在後來的武術訓練中，劉恩至就把大刀作為主要兵器。劉恩至憑著一把一百零八斤的大刀曾經征服過數以千計的武林高手，去年又憑著這把大刀摘取了大明武狀元的桂冠。今年被派到閩浙抗倭前線擔任福建備倭指揮，劉恩至決心用這把大刀讓倭寇膽寒，現在機會來了，劉恩至揮舞大刀殺向敵陣，隻見劉恩至大刀所到之處寒光閃閃，如砍瓜切菜，倭寇哪裏敵得住？頃刻間已經有數十倭寇作了劉恩至的刀下鬼。劉恩至繼續在拚命砍殺。屬下官兵看到劉恩至如此英勇，且武功如此高強，大為振奮，一齊奮力砍殺，可憐這一班倭寇，尤其是日本的武士和浪人，自以為武術高強，平日在中國沿海的善良百姓麵前凶神惡煞般的凶惡殘忍，犯下滔天罪行，今日遇上強手，他們才知道他們那幾斤或十多斤重的武士刀沒有多大用處，隻能作演戲的道具使用，根本抵不住大明將領的戰刀。此時眾倭寇看到劉恩至如入無人之境的英勇，早已嚇得魂魄飛散，隻恨兩條腿太不爭氣，想逃跑但是腿腳不聽使喚，被劉恩至與眾屬下官兵一陣猛砍猛殺，雙嶼港已經是血流成渠，屍體堆積如山。
    經過五個多小時的惡戰，南北水道戰船的鏖戰已經結束，朱紈與盧鐺已經走出雄獅號和猛虎號大型福船進入雙嶼港。明軍清理作戰成績，受傷後被活捉的倭寇頭領有稽天破、李光頭、許六、姚大及雙嶼港經營人顧良玉、祝良貴、劉奇十四等。被打死殺死的倭寇一共一千二百多人。燒毀倭寇大小戰船七十七艘，其中大型戰船四十二艘，中小型戰船三十五艘。繳獲的船隻包括長十丈、寬二丈七尺、高深二丈二尺的大型船隻一艘；長九丈、寬二丈四尺、高深一丈七尺的大船一艘；長七丈、寬一丈三尺、高深二丈一尺的中型船隻一艘；草撇船一隻，長五丈、闊一丈四尺；繳獲的武器裝備有大型佛朗機大銅銃二門，每門重一千三百餘斤，中號銅鐵銃十架，每架約重二百斤，腳銃一十二筒，銅鐵瑣子甲二副，鐵渾甲三副，紵絲表鐵甲一領，鐵盔四頂，黃漆台一張，槍刀牌箭一百六十四件。銅銃三個，重八十四斤。鐵銃一個，重二十一斤。連銃二個，重一百四十六斤。鐵栓五條。番弓七張。番箭十八枝。鐵箭十九枝。大小鉛彈十八個。火藥鬥一個。火藥五十斤。鉛子五十個。番帽三頂。藤牌二十六麵。砍刀四把。飛槍一十七根。大小倭刀十四把。大小長槍三十五根。番鼓二麵。皮鼓三麵。銅鑼一麵。青暇旗一麵。旗牌一麵。藤盔一頂。在雙嶼港和倭寇戰船上搜出的金錠、胡椒、檀香、丁香及其他貨物，總價值達兩百萬金。
    雙嶼港，這個倭寇的最大窩點被端掉了。朱紈似乎鬆了一口氣，但是朱紈立刻想到了一個新問題：怎麼樣來處理雙嶼港呢？朱紈曾經想過把倭寇趕跑以後，把雙嶼港建設成一個明軍水寨，用以駐紮軍隊，設立海防機關。如果這樣當然是好的，對外可以防止倭寇以此出作為窩點，對內可以作為溫州的東部屏障。但是通過與眾將領商議，將領們提出了許多不同意見，將領們認為，雙嶼港四麵都是大洋，形勢孤立，難以作為軍事據點駐守，不如把它毀了。朱紈想也有道理，於是命令將雙嶼港港口的通航水道用石頭填塞了。雙嶼港南北有六橫島和佛都島，兩個小島上多石頭，明軍派出兩千多名官兵，將六橫島和佛都島上的石頭用戰船裝運到雙嶼港，將雙嶼港南北水道填塞了。從此，雙嶼港成為史書上記載的商貿港口，而真實的雙嶼港已經變成了“死港”。
    朱紈處理了雙嶼港的後事，得到消息說，雙嶼港幸存的倭寇已經逃跑到南麂和大擔嶼等處。朱紈命令盧鐺等將領水師向著南麂和大擔嶼等處海域追趕，務必全殲在逃倭寇。
    前麵已經說到，在明軍攻打雙嶼港的前兩天，日本的鬆浦隆信男、辛五郎、稽天新四郎、武藤源六郎、織田信義和中國的王直等人帶著六百名以日本人為主的隊伍去了永寧，企圖在永寧大撈一把。雖然由於日本的鬆浦隆信男、辛五郎、稽天新四郎等人帶走了六百人，使倭寇在雙嶼港的軍事實力大為減弱，對明軍攻打雙嶼港很有利，但是由於永寧的衛所官兵都被調出投入在海上攔截從雙嶼港逃出的倭寇，導致永寧幾乎成為一座空城。當六百名倭寇殺入永寧城中，永寧的老百姓遭殃了。
    卻說永寧城內有一排水入海的渠道名叫“水關溝”，溝長一百七十丈，寬六尺，深七尺，水溝上麵用石板覆蓋。倭寇攻入城內後，在城內大肆燒殺搶掠。處於對老百姓的報複，倭寇在永寧城中見人就殺。老百姓無處躲藏，想起那排水溝在隱蔽處，都紛紛鑽入排水溝躲藏，想不到排水溝被倭寇發現，於是殺紅了眼的倭寇揭開覆在排水溝上麵的木板，見人就砍，數萬躲在溝內的居民全部被殺死，永寧城中屍積如山，血流成河。這是永寧曆史上最大的慘劇。
    倭寇在永寧城中大肆燒殺搶掠之後，帶著大撈了一把的滿足離開了永寧。他們準備回到雙嶼港後大吹大擂一番，想不到在回來的路上碰到了從雙嶼港逃出的人，告訴他們雙嶼港已經被明軍毀滅了，雙嶼港的弟兄死了一千多人，現在已經無法再回雙嶼港了。於是六百名倭寇駕船向著女兒礁方向行駛。
    雖然朱紈搗毀了雙嶼港，但是朱紈這時候也開始感到了一種無形的壓力，這麼大的一次針對倭寇的軍事行動，閩浙地方的衛所為什麼沒有多大反響呢？即沒有對雙嶼港的被搗毀表示稱讚，也沒有積極響應的態度。作為擔任警戒海防的溫州當地衛所，一部分衛所官員甚至對雙嶼港戰事遲遲不予報告，還有相當一部分溫州衛所官員和擔任著海防重任的官員甚至對雙嶼港戰事隱瞞不報，這些現象都反映出嚴重的問題。更為嚴重的是，一些地方官甚至散步流言蜚語，恫赫支持攻打雙嶼港的官員。
    對這些嚴重的問題，朱紈對有關當事人提出了嚴厲的批評。朱紈針對這些情況，下達了嚴厲的命令：
    “即今海上用兵，申嚴號令，尚爾玩違無忌，平時交通，縱肆不問，可知合就查究，如再隱蔽遲延，即以違誤軍機論，以軍法絕不輕恕。”
    在朱紈嚴厲的督責下，溫州的軍政長官們的態度略有轉變。
    雙嶼港雖然被端掉，但是倭寇仍然非常猖獗，一係列的報告不斷打到朱紈的官邸：
    “據被獲賊徒陳瑞言稱，賊船具是小琉球國開洋而來，不知雙嶼港已經被官軍攻破，今已經去下八山躲泊。”
    “五月初五日，磐石衛寧村所捕獲雙桅草撇賊船一隻，斬首級一顆，生擒賊犯王交、雷禦等一十三名。”
    “永嘉縣民徐魁、吳合等自福建收買大木，雇船裝至福寧州石澳洋，被賊船四十餘隻劫掠，奪取木船四十一隻，燒毀一隻，打破三隻。這種海盜橫行的現狀，嚴重影響到正常的海上貿易。”
    “十九日，溫州府通判黃必顯在永嘉縣龍灣捕獲出海的接濟犯人楊換等六人，並奪取私船一隻。”
    “二十一日，館頭巡檢司獲有賊船放回上岸一人，係溫州府差押大木船民沈濟，於洋嶼門洋被擄放回，此人帶有賊票三張，僭稱高元帥海道林副使名，素要贖銀，並言稱大小門有賊船二十餘隻棲泊於此，於官軍隻發生零星戰鬥。”
    “有賊船分別泊於南麂、礁門、青山、下八諸島，而南麂等島嶼有大賊船十六隻在女兒礁、洞門和青岆門等處流動停泊。”
    經朱紈統計，在雙嶼港被搗毀後的近兩個月裏，倭寇的走私船隻還不斷來到溫州府附近海域，總次數已經達到一千二百九十四艘之多，其中除了極少數被擊沉或者被燒毀外，絕大部分都還停留在溫州沿海島嶼。朱紈感到倭患仍然還非常嚴重。於是朱紈於嘉靖二十七年五月提出上疏，提出“比照兩廣事體，由一人兼理兩廣巡撫，撫臣駐紮溫州。”
    直到六月二十日朱紈才得到一個好消息：盧鏜與金山衛指揮吳川追擊敗殘倭寇到達南麂島的女兒礁、洞門礁、青嶴等地，六月二十日，盧鐺與金鄉衛指揮吳川在追擊倭寇戰船中，倭寇一艘大型戰船撞礁沉沒，戰船上的倭寇全部落水，明軍戰船圍住賊船，將數十名落水者救出，經俘虜指認，倭寇中有倭寇主要頭領許棟和許杜武二人。
    朱紈得到這個消息非常高興，盡管倭寇繼續在四處活動，但是由於倭寇的多位頭領相繼被活捉，對倭寇的震懾一定不小。朱紈命令盧鐺和吳川繼續向南麂和磐石衛諸島的倭寇進行窮追猛打。