眨眼間到了八月初三，這一天，有倭寇牛頭大型戰船和哨船闖入溫州附近海麵的大門嶼海域，福建福州左衛指揮使陳言所統轄的福州兵馬宗勝、唐弘臣等將領率領水師對倭寇戰船進行夾攻，打死倭寇十五名，其中包括昔吊、安朵二、不禮舍識、畢多羅、哆咪、來奴八名；暹羅國的伊莉引、利舍、利繭三人；海賊幹種、吳如慶、車再一、譚明才四人。打死倭寇大小頭領五人，繳獲倭寇哨船一隻，叭喇唬船一隻，飛槍兩根。
    初八這天，福建都司都指揮盧鐺追趕倭寇至浙江金鄉衛蒲、壯二衛所地方，與倭寇進行了激烈的戰鬥。激戰中，明軍發射火箭攻擊賊船，火箭引起一隻船篷著火，船篷燃燒又引起火藥桶燃燒爆炸，頃刻之間，戰船上三十多名倭寇官兵被燒死或者隨著戰船沉沒沉入大海。少部分倭寇落水後在水麵做垂死掙紮，被明軍官兵先後撈起，經俘虜指認，活捉的人犯中，包括懸賞五百兩銀子的倭寇首惡一名，大總頭目三名，二總頭目二人，千夫一名，總鋪一名。砍掉倭寇頭顱七顆，奪回六月二十日被擄去男女七人，他們都是平陽縣上魁包昌家的家人。繳獲叭喇唬船一隻，與礁石撞擊打碎倭寇戰船一隻。少數人上岸逃跑，被溫州府通判黃必顯率領眾人擒獲五人，平陽縣典吏和綜活捉了一名叫張阿慘的人，原來他是樂清縣的當地人。據張阿慘交代，與礁石撞擊打碎的倭寇戰船上的十七人中，有十二人都是日本人，隻有他與其他四人都是溫州當地人。張阿慘交代，日本人知道自己被明軍活捉也是死，所以船沉了，他們並不想讓明軍撈起做俘虜，幹脆與沉船一起沉入海底。所以在官軍撈起的人中沒有日本人。
    浙江金鄉衛海戰是盧鐺在跟倭寇戰鬥中取得的又一次較大勝利。
    到了九月初六，在鎮下門海域又發生了明軍跟倭寇戰船的戰鬥。盧鐺麾下一名叫楊和的把總率領十多艘戰船與倭寇戰船發生激戰，楊和率領下光、劉堂、李勇、何鵬、陳嚼、秦行、曹剛、王科等戰船以及鄉勇林國斌、唐弘其等戰船一齊向倭寇戰船發起進攻。戰鬥中，倭寇有兩艘草撇船被繳獲，船上十八名倭寇被活捉，被活捉的十八名倭寇中有十三人是日本人，五人是溫州當地人。其餘四艘倭寇戰船駛向外洋逃跑。楊和率領船隊繼續追趕，到了鳳凰海域，船隊遇上了倭寇的兩艘雙桅大型戰船，三艘草撇船，楊和當即率領船隊向倭寇戰船發起進攻，倭寇見寡不敵眾，率領船隊向外洋逃跑，但是在最後的一艘草撇船撞在礁石上沉沒，船上的人都隨著沉船沉沒水中。
    就在朱紈指揮盧鐺等將領在閩浙沿海倭寇戰鬥中取得節節勝利的大好形勢下，朱紈收到了蓋有吏部大印的公函，吏部將朱紈的浙江巡撫改為浙江巡視，降了朱紈的職務。朱紈想不通，自己一心一意為了大明朝廷做事，在整飭海防與倭寇戰事方麵盡心盡力，也取得了較大勝利，目前正以大好勢頭對倭寇發起攻勢，如果朝廷不出來幹預，閩浙倭患問題很可能得到根治。但是現在看起來自己的努力是出力不討好，結局如何還難以預料。但是朱紈並不打算認命，作為大明忠臣，絕不輕易向朝廷少數狐朋狗黨屈服，於是朱紈坐在了辦公桌前，提起那支蠅頭小楷毛筆，手腕輕動，筆尖龍飛鳳舞起來，頃刻間，一篇給皇上的上疏草成：
    “右副都禦史、浙江巡視、閩浙海防軍務提督朱紈疏曰：前蒙聖恩，差朱紈以右副都禦史、浙江巡撫、閩浙海防軍務提督之職赴閩浙，以統轄閩浙海防軍物，鑒於閩浙倭患曆時已久，閩浙沿海倭寇肆虐，已至登峰造極。以今日形勢，閩浙沿海府州縣皆無寧日，百姓深受塗炭。朱紈到任之日，不敢稍有懈怠，即於一年中化大力整飭軍隊，加強海防，加之以整飭法製，局麵稍有改觀，乃於今年四月開始對倭寇發起主動攻擊，先是搗毀倭寇窩點雙嶼港，接著在溫台外海域對殘存倭寇窮追猛打，形勢正朝著根治倭患的方向發展。想不到朝廷對我朱紈多有非議，以致擔心我朱紈有僭越之嫌，乃略削朱紈之權。朱紈非貪權勢之人，然則作為海疆大吏，負有海防重任，實權不足則不足以服眾，不足以服眾則號令不行，號令不行則軍務廢矣。朱紈有言，自臣破雙嶼，沿海勢家既失利，則宣言被擒者皆良民，非賊黨，用搖惑人心。又挾製有司，以脅從被擄予輕比，重者引強盜拒捕律。聖恩明鑒，今海禁分明，不知何由被擄，何由協從？若以入番導寇為強盜，海洋敵對為拒捕，臣之愚暗，實所未解。深望聖恩明察。謹疏。甲子乙醜丙寅日。”
    朱紈雖然被降了職務，但是朱紈並不打算在抗倭戰爭的關鍵時刻停下來。
    十月初，朱紈命令盧鐺等將領率領水師追趕倭寇船隊至下溫盤和南麂島附近海域，朱紈親自率領部隊進入大小門、黃坎和黔江等處，準備與盧鐺形成相互呼應之勢。
    十二月十一日，朱紈的部隊到達馬嶴，朱紈得到情報，有倭寇船隊正向馬嶴駛來，於是朱紈命令船隊分散停泊在馬嶴附近海域，準備給倭寇以突然襲擊。但是倭寇船隊並沒有來。於是朱紈率領船隊繼續航行以尋找戰機。
    嘉靖二十八年正月初二，朱紈的船隊到了南麂島附近的官嶴，正好碰上倭寇的船隊，於是朱紈當機立斷，命令船隊散開，對倭寇船隊形成包圍態勢。倭寇船隊發現碰上了明軍主力船隊，且對倭寇船隊形成了包圍之勢，一時慌亂起來。正是饑不擇食慌不擇路，倭寇船隊中有一名叫蘇老大的船長，看到明軍船隊出現一個空檔，有機會突圍出去，於是蘇老大命令水手向著那個空檔加緊駛進，想不到朱紈在大型福船上揮動旗幟，多艘戰船立刻將那個空檔位置補上，蘇老大的戰船被大明水師團團包圍起來，一陣猛烈的炮火過後，蘇老大的戰船被炸毀沉沒，船上數十人被沉入海底。
    就在蘇老大的戰船被圍攻的同時，有號稱“彭坑大王”的倭寇三師老船也被明軍包圍，一陣猛烈炮火，“彭坑老大”也被炸毀沉入海底。
    在官嶴海戰中，除了擊沉以上兩艘倭寇戰船，被擊沉的倭寇戰船還有；溫州衛指揮使劉堂、磐石衛指揮使劉茂、家兵梁賢合力擊沉倭寇頭領所在的四師老船一艘，打死和沉入海底的倭寇不計其數；溫州衛指揮僉事夏光擊沉蘇老哨船一艘；磐石衛指揮同知王鵬等奪取倭寇黃老大船一艘。
    經過這次南麂大捷，共活捉倭寇一百零二人，砍倭寇腦袋七顆，倭寇多處巢穴被搗毀，台州和溫州一帶倭寇多處窩點被端掉。溫州和台州一帶的抗倭戰事告一段落。朱紈也由溫州移住福寧州。
    這福寧州也是倭寇猖獗的地方。朱紈由溫州移住福寧州，也是為了指揮抗倭戰事的方便。
    在福建東山島西南部詔安灣附近海濱有一條小溪，潺潺流水—直通到海裏。原來這條溪常有海鳥在這裏尋找魚蝦和貝類，由於海鳥常常聚集於溪上，民眾就叫它為“鳥仔溪”。也許曾經在這裏發生過故事，當地老百姓又把它改名為“走馬溪”。
    走馬溪位於福建漳州東山縣，明初的東山縣叫著銅山。有曆史記載說，銅山所城，原為民間牧藪，土名“東山”。還有曆史記載說，“銅山者，明防倭之水寨也，環海為區，屹立於五都之東，始稱‘東山”’。洪武二十年，江夏侯周德興備海防倭，在東山築城垣，建水寨，置守禦千戶所。因地連五都之銅缽，故易名銅山。於是，城、寨、所皆用“銅山”之名。因“銅山”在建縣時，因江蘇省已有銅山縣，所以用古地名稱東山縣。東山縣走馬溪是古梅嶺港海域的重要口岸之一。其溪口寬闊，群山擁簇，有古爐山屹立於溪之北，大帽山為東隅屏障，鳳門山、孤麵山巍然挺立於溪南畔上，地理形勢特別有利於停泊船隻。著名學者卜大同《備倭記》有記載：“走馬溪，在五都海濱，內有東澳，亦呼賊澳，為海口藏風之處，凡寇船往來，俱泊於此。”另有史籍記載：“走馬溪，在詔安縣東南五十裏海濱，為海口藏風之處，三、四月東南風汛，番船多自粵趨閩而入於海，南澳雲蓋寺走馬溪，乃番船始發之處。”
    從這些史料可以看出，走馬溪漸已經發展成為閩粵沿海商戶和國際商人販海貿易的通商重要口岸，成為早在龍海月港興起之前就已成為閩南粵東的外貿口岸和東西洋海商的中繼站之一。村民“通番接濟”，“曆年官府竟莫之奈何”。在這裏進行非法走私的海外商船，一般先在南澳雲蓋寺、詔安、走馬溪等地停靠，再到浯嶼停泊船隻，等候海滄、月港出貨，以及金門料羅、烏沙等處的接濟。
    嘉靖二年，按大學士夏言建議，朝廷取消市舶司，中止對外的官方和半官方的貿易。嚴厲的海禁並未能扼製住蓬勃發展的私人海上貿易，相反為海上走私貿易提供了有利的時機。以致海禁愈嚴，番貨價愈高，犯禁出海的船隻愈多，“片板不許下海，艨艟巨艦反蔽江而來；寸貨不許入番，子女玉帛恒滿載而去。”海禁使很多“資衣食於海”，或依附於海上貿易為生的百姓不得不投入海盜行列，或者與山賊合流，倭患到達巔峰。加上走馬溪地處閩粵邊陲海域，從明初開始就沒有任何官方機構管理，也沒有編入裏甲、交納賦稅的“編戶齊民”，呈無人管理狀態，走馬溪水域一帶因此成為海商走私貿易的“巢穴”，故有“賊仔溪”之稱。
    走馬溪海商活動頻繁，走私販海日趨活躍。從獨自經營發展為合夥經營，形成了一個個由強有力的船頭為核心的海上貿易集團，且轉向海盜活動。著名海商集團許棟、許西池、謝老、嚴山老、許朝光等先後駐紮或逗留在走馬溪一帶。如果把整個梅嶺港範圍算在內，當時從事海商貿易活動的海商已超過一萬多家。走馬溪南畔岐下一帶，呈現十分繁榮景象，人丁興旺，聚居了關、丁、李、沈、施、張、潘、許、洪、羅、賈等十大姓氏。並在走馬溪上流及南畔建有“天後宮”、“玄天上帝廟”、“保生大帝廟”。
    朱紈來到閩浙後，為防倭，推行了更加嚴厲的海禁政策，禁止民間出海貿易，沿海之間的交通也都被阻斷。銅山水寨一千七百名官兵、四十六隻哨船，在北達漳浦六鼇、南抵廣東省南澳的數百裏地段查緝走私活動。
    雙嶼港被明軍搗毀後，僥幸逃脫的倭寇逃至龍海的月港和浯嶼繼續進行海盜走私活動，而且仍然在走馬溪一帶出沒，找尋走私貿易的機會。
    嘉靖二十八年初，明軍追趕從雙嶼港逃出的倭寇至月港、浯嶼，一部分倭寇則進入詔安縣走馬溪。
    朱紈了解到以上情況，決定來福建福寧州親自指揮抗倭戰事。