知府衙门为知府的办事机构，亦称府署，府衙。
    通常主要设有府堂、经历司、照磨所和司狱司。府堂是知府衙门中一个综合性的办事机构，内有典史若干人。经历司，是知府衙门内掌管出纳文移诸事的机构，设经历1人秩正八品，知事1人轶正九品。照磨所，是知府衙门掌勘磨卷宗等事的机构，设照磨1人，秩从九品。司狱司，是知府衙门掌察理狱囚诸事的机构，设司狱1人，秩从九品。
    自明代始府州县衙亦仿中央六部之制，设吏、户、礼、兵、刑、工六房，与中央六部相对应。
    清代康熙年间，六房之外又设铺长房，承发房等。
    各房的职能是：
    吏房：掌署内考勤，乡绅、丁忧、起复，在外省做官各事。
    户房：掌户口管理，征税纳粮，灾荒赈济等事。
    礼房：掌兴学、科举、教化、旌表、礼仪、祭祀、节庆等事。
    兵房：掌兵差、民壮、考武、治安等事。
    刑房：掌破案侦缉、堂事笔录、拟写案牍，管理刑狱诸事。
    工房：掌工程营造，修理仓库，起盖衙门等事。
    铺长房：掌邮传及迎送官员之事。
    承发房：应办各种公文信札，皆由此房挂号，又分发各房转办。
    各房办事人员通称典吏，而各房之头目，或称经承，或以各房之名冠之，称吏书、户书、礼书、兵书、刑书、工书。其下工作人员称胥吏、书吏、书办等。各房书吏一般为十余名，不超过二十人，他们不是官员，没有品级，大都是举业无望之人，只好掏钱纳粟买来书吏差事，或通过招募考试而被选用。
    此外，各府还设有儒学，置教授一人，掌教育在学之士，考察生员学习、品德之优劣等，以训导佐之。
    医学，设正科一人，品秩未入流，为府属之医官。
    阴阳学，设正术一人，未入流，为府之阴阳官，兼辖星学。
    僧纲司，设都纲一人，从九品，副都纲一人，未入流，为一府管理僧人之官员。
    道纪司，设都纪一人，从九品；副都纪一人，未入流，为府内管理道士之官员
    少数府还分别设有库大使、仓大使、宣课司大使、税课司大使、检校等官。知府衙门之属官，也视事务繁简而置，无定员。