明太祖朱元璋死後，燕王朱棣於建文元年（1399年）以“清君側之惡”的名義舉兵反抗朝廷，至建文四年朱棣由燕王榮登皇位而結束，曆時4年。就在朱棣攻入南京時，皇宮已是一片大火，建文帝下落不明。此後，有關惠帝已經出逃的傳聞頗多，明成祖對此總是不放心，這件事也幾乎成為他的一塊心病。數百年來，建文帝的下落也是一樁爭訟不決的曆史懸案。綜合各家說法，主要有“焚死”說和“逃亡”說兩種。
    一種說法認為建文帝是自焚而死的。據永樂年間修撰的《明太祖實錄》中記載，燕王朱棣發動“靖難之役”，經過四年的征戰，燕王獲得全勝，建文四年（公元1402年）6月13日，燕王統領大軍開進南京金川門。當燕王軍隊進入皇宮時，宮中已是一片火海，建文帝也沒了蹤影。與此同時，建文帝所使用的寶璽也毫無蹤影。正史記載建文帝死於宮中的大火中。《太宗實錄》卷九記載：“上（即明成祖朱棣）望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及。中使出其屍於火中，還白上，上哭曰：‘果然，若是癡耶!吾來為扶翼不為善，不意不諒而遽至此乎!’……壬申，備禮葬建文君，遣官致祭，輟朝三日。”
    仁宗朱高熾禦製長陵後碑也說，建文帝歿後，成祖備以天子禮儀殮葬。成祖後來在給朝鮮國王的詔書中說：沒想到建文帝在奸臣的威逼下縱火自殺。但是，太監在火後餘燼中多次查找，隻找到馬皇後與太子朱文奎的遺骸，建文帝是活是亡無從得知。燕王為讓天下知建文帝已自焚，曾作有祭文，但其墳墓在什麼地方，無人可知。明末崇禎帝就曾說過：想給建文帝上墳，卻不知在何處。另一種說法是在南京攻破之時，建文帝曾想自殺，但在其親信說服下，削發為僧，從地道逃出了皇宮，隱姓埋名，浪跡江湖。明成祖死後，他又回到京城，死後葬於京郊西山。朱棣登位後，感到生死未卜的建文帝對他有一種無形的壓力，因此多次派心腹大臣到處訪問。永樂年間鄭和下西洋的陪同官員中，有不少錦衣衛士，這顯然就是用於暗中察訪建文帝的。明成祖曾向天下寺院頒布《僧道度牒疏》，將所有僧人名冊重新整理，對僧人進行了一次全方位的調查。從永樂五年（公元1407年）起，還派人以尋訪仙人張邋遢為名到處查找，涉及大江南北，前後共20餘年。
    民間傳言中，在許多地方都有建文帝的蹤跡與傳說。有的說建文帝先逃到雲貴地區，後來又輾轉到了南洋一帶，直到現在，雲南大理仍有人以惠帝（建文帝）為鼻祖。也有現代學者認為，當年建文帝潛逃後，曾藏於江蘇吳縣黿山普濟寺內，接著隱匿於穹窿山皇駕庵，於永樂二十一年（公元1423年）在此病亡，埋於庵後小山坡上。
    建文帝朱允？是明朝的第二代皇帝，其父朱標是明太祖朱元璋的長子，早年立為太子，不幸中年早逝。朱元璋按封建禮法傳統，立朱允？為皇太孫，朱元璋死時，他已21歲了。繼位後改“洪武”為“建文”，史稱“建文帝”。但在位僅僅四年，即被他的四叔燕王朱棣用武力推翻，而下台後的建文帝下落，卻又成了千古疑案，眾說紛壇。主要有：
    自焚說。據永樂年間《實錄》和《明史稿》的記載，建文帝繼位後，即用兵部尚書齊泰和大常卿黃子澄謀，定策削藩。領兵在外、身為燕王的朱棣立即打著清君側的旗號，起兵南下，發起“靖難之役”。不到四年，燕王即揮師渡過長江，兵臨南京城下，建文帝求和不允，隻好死守，但是他的主帥李景隆卻打開金川門迎燕王大軍入城，滿朝文武紛紛投降。建文帝眼看大勢已去，不得已下令焚宮，頓時火光熊熊，建文帝攜皇後馬氏，跳入火中自焚，妃嬪侍從等，大都亦隨其蹈火而死。燕王朱棣入宮後，清宮三日，搜查建文帝下落。宮內侍人都說建文帝已自焚，並從火堆裏扒出一具燒焦的屍體證明之。燕王見到屍體，分不清男女，慘不忍睹。其繼位稱帝後，隻得以天子“禮葬建文皇帝”。《明史·成祖本紀》及《明史·方孝儒傳》均持此說。
    削發為僧說。清代名人呂安世和近人蔡東藩等則認為燕軍破城後，建文帝無可奈何，遂想一死了之。此時少監王鉞告訴他：你祖父臨死時，給你留下一個鐵箱子，讓我在你大難臨頭時交給你。我一直把它秘密收藏在奉先殿內。群臣急忙把箱子抬來，打開一看，裏邊有三張度牒，就是做僧人的身份證，上麵寫好了建文帝等三個人的名字。還放著三件僧衣、一把剃頭刀、白金十錠、遺書一封，書中寫明：“建文帝從鬼門出，其它人從水關禦溝走，傍晚在神樂觀西房會集。”據此，建文帝三人剃了頭，換上了憎衣，隻帶了九個人來到鬼門。鬼門在太平門內，是內城一扇小矮門。僅容一人出入，外通水道，建文帝彎著身子出了鬼門，其他八人隨之出了鬼門後，就看見水道上停放著一隻小船，船上站著一位僧人，僧人招呼他們上船，並向建文帝叩首稱萬歲，建文帝問他怎麼知道我有難，僧人答道：“我叫王升，是神樂觀住持，昨夜夢見你祖父朱元璋，他本是出家之人，叫我在此等候，接你入觀為僧。”至此，建文帝似削發為僧，繼承了祖業。
    此外，在《明史·姚廣孝傳》和《胡？傳》裏記載：明成祖朱棣當了皇帝後，對建文帝自焚而死，也產生過懷疑，也有人告訴他那具燒焦的屍體是馬皇後的，建文帝削發為僧外逃了。他就把建文帝的主錄僧溥洽抓了起來關進監獄長達十餘年，逼他供出建文帝下落。並派鄭和下西洋“欲尋蹤跡”，派戶科都給事中胡？遍行郡、鄉、邑長達16年，搜尋建文帝下落，一直到朱棣死前一年的一個晚上，他已睡下了，但聽說胡？回來了，急忙穿上衣服，在臥室單獨召見。胡？訪得建文帝離開紫禁宮後，削發為僧，既沒有去神樂觀，也沒有去西南、東南周遊避難，而是被僧司溥洽所救，一直藏在江蘇吳縣普洛寺內，此後一心為僧，無複國之意。近年徐作生也通過查閱大量文獻和實地考察後，指出：永樂二十一年（1423），建文帝死於江蘇吳縣穹窿山，終年46歲，葬於皇駕庵後的小山坡上。
    也有人指出，建文帝自焚身亡是曆史真實，因為當時燕軍兵臨城下，把紫禁宮團團圍住，建文帝想逃也來不及了，更何況經考查也無鬼門、禦溝逃路。建文帝也深知他的四叔是個貪權無厭、殘暴無情的武夫，落在他手裏決無好下場，不如以死了之為上策。燕王朱棣也絕不會讓建文帝活下去，否則，他就不能當皇帝。朱棣為了不留下“殺侄奪位”之臭名，故意苦心尋找建文帝下落，留下了曆史疑案，這可能是朱棣的用心之機。
    綜上，朱棣在即位後，下令搜尋建文帝，這是曆史事實。但他的真實用心及建文帝的真正下落，至今仍是一個未揭開的曆史之謎。各類詞書字典，也隻好注明；“建文帝不知所終”。