卻說以陳九德為首的閩浙籍官員感覺到朱紈對他們利益造成的威脅，決定把朱紈整死，於是陳九德的一份上奏擺在了皇上的龍案之上，皇上看上奏內容，寫的是：
    “禦史陳九德劾浙江巡視朱紈舉措乖方，專殺啟釁事：前者，朱紈以浙江巡撫兼理閩浙軍務提督職，不守法度，任意妄為，以剿倭為名，強奪沿海商民合法貿易之權，無端沒收合法商民船隻財物，以致高壓之下，閩浙沿海人心浮動，人人自危，有引起民變之憂。聖上采納臣言，略削朱紈權柄，以示警告。然朱紈本性乖戾，居然不體聖意，肆意妄為，居然以剿倭為名，肆意濫殺。走馬溪一役，朱紈謊稱大捷，所謂剿滅賊寇數百數十雲雲，又將某某倭寇頭領砍頭示眾雲雲，將倭寇隨從百十數正法以正效尤雲雲。臣不敢謂其無功，然九十六人未必盡皆夷寇也。朱紈所謂‘軍法從事’，中間枉與不枉，當不當，今皆不可得而知。臣不知紈何心而乃殘忍如此也。臣料紈之意不過謂奉有令旗牌，可以徑行殺戮。然旗牌恐為督陣而設，將以勵軍士之臨陣退縮者，非所以用於既擒之賊。又不過謂奉有敕書，可以便宜行事，恐為隨時防守，相機繳捕一應事務而言，非謂生殺之權得以自由也。紈之無知於至此哉。況且平日殘暴乖方，大率類此，如淩辱知府，綁縛知縣，乃用板棍齊打人兩腿，傷死人命數多，兩省士民怨入骨髓。據福建地方官反映，在所謂被剿滅的二百三十九人中，絕大部分是漳州當地守法公民，而在被殺戮的九十二人中，大多為漳州及溫、台地區的合法商賈。朱紈不論青紅皂白，肆意屠戮，其慘狀不忍睹。此等極端暴虐行為，導致閩浙沿海一片哭嚎，悲慘境況慘不忍睹。臣九德願為閩浙遭受屠戮之鄉親父老代言，懇請皇上速將罪臣朱紈捉拿歸案，論其罪惡給予處罰，以示朝廷綱紀不容踐踏。”
    皇上看完陳九德的上疏，心中疑慮，怎麼搞的啊，這朱紈怎麼會這樣濫殺無辜呢？皇上轉念又想，也許閩浙地方官反映情況有誤？皇上正在猶豫不決，禦史周亮又遞來一份奏折，皇上急忙看起來，隻見寫著：
    “禦史周亮劾浙江巡視朱紈以剿倭之名實為報複濫殺事：前番朱紈毀雙嶼港，已導致閩浙沿海合法商民怨聲載道，眾多合法商民失去居所，被迫浪跡沿海海濱。然朱紈則以所謂剿滅倭寇數百上千以向朝廷虛報戰功，所謂大門嶼大捷，浙江金鄉衛大捷，鎮下門大捷雲雲。近日又聞福建走馬溪遭朱紈屠戮，近百商民遭慘殺。閩浙沿海再起騷動，皆欲生啖朱紈以報仇雪恨。臣乃福建人，聞家鄉父老遭此塗炭，無法安睡，故而向皇上提出懇請，速將罪臣朱紈捉拿，量刑以正典刑，則閩浙沿海百姓幸甚，大明天下幸甚！”
    筆者打一個岔，這周亮有一個好朋友張德熹的叔父張珠，就是因為與倭寇合夥在走馬溪進行黑交易而被朱紈處死的。張德熹對朱紈恨之入骨，但是張德熹沒有能力為叔父報仇，於是向在朝廷做官的周亮寫信，哭訴叔父的冤屈，請求周亮替叔父報仇雪恨，於是周亮給皇上寫了以上上疏。
    皇上被一連串的奏折搞懵了，這朱紈真的這樣壞嗎？難道朕就看錯了人嗎？皇上正在滿腹疑慮，又一份奏折交上來了，是給事中葉鏜的，皇上看奏折，寫著：
    “給事中葉鏜劾浙江巡視朱紈謊報軍功濫殺無辜良民事：據福建地方官民反映，朱紈所謂走馬溪剿倭大捷實屬彌天謊言。其實情乃為朱紈於走馬溪肆行屠戮合法商民，慘遭殺戮者之數令人赫然，朱紈虛報被屠戮者九十二人，然據福建地方反映，此次走馬溪被屠戮者不下四五百。皇上如對臣言有懷疑，可速派禦史前往閩浙實地考察，如臣言不實，則臣願以蠱惑皇上罪受死。”
    接下來有兵部尚書翁萬建、兵部侍郎詹榮、南京大理寺卿林希元、同安進士許福、莆田人戶部主事宋曰仁、閩縣人禮科給事中黃宗概、閩縣人禮部郎中林懋和、福清人寧波府推事張德熹等朝廷和地方官員紛紛向皇上先後上疏，彈劾朱紈，罪名是擅殺。
    其實，以上彈劾朱紈的官員都是受到朱紈在給皇上的上疏中點名批評過的人，這些人都是閩浙籍官員中曾經與倭寇有過利益關係的人。林希元是福建同安人，曾任南京大理寺官員，廣西欽州知府。在家鄉組織私家船隊進行貨物運輸，並把貨船出租給他人，從中利潤分成。許福是同安籍進士，有個妹妹被倭寇擄去，竟然與倭寇聯姻，全家從此大富。宋曰仁是莆田人，任戶部主事，有船隻八艘用於走私私鹽、象牙、胡椒、蘇木等違禁物品。黃宗概是閩縣人，任禮科給事中，與倭寇交往密切，從中獲取暴利，曾經被錦衣衛捉拿參劾過。林懋和是閩縣人，任禮部郎中，有關閩事都要經過他手，全不按照程序辦理，導致外交糾紛和地方意見很大。張德熹是福清人，任寧波府推官。他的叔叔張珠勾結雙嶼島倭寇，被官軍殺了。後來福建籍倭寇被打死的，張德熹都加以收殮，葬於義塚。日本來華使團，夜間有奸人秘密投書賓館內，捏造明廷將誅殺使者謠言。事涉外交，張德熹卻惡意隱瞞拖延，奸人久拿不下。
    禦史周亮也是閩縣人，憑著這一層同鄉關係，朱紈懷疑周亮三番五次與自己過意不去，背後定有張德熹的影子。嘉靖二十七年七月，周亮提議說，朱紈一人管轄兩省，有事時進行遙控，使得有關官員疲於奔命，大為擾民。不如將“巡撫”改成了“巡視”。嘉靖批準奏請。朱紈接旨後叫苦不迭，雖就一字之差，明擺著就是要削權。
    一連串彈劾朱紈的上疏讓皇上受到震動，看來這朱紈怕是真的有問題？詹榮、陳九德、周亮和葉鏜都是福建人，信息來源比較可信。但是如果……如果朱紈真的像陳九德等臣所言那樣，這不是顯得朕用人不當嗎？還是聽葉鏜所言，派人前往閩浙做實地考察一番，如果事實確實，則再做定論。於是皇上詔命兵科給事中杜汝禎和福建巡按禦史陳宗夔前往調查。
    兵科給事中杜汝禎和福建巡按禦史陳宗夔奉詔命前往閩浙，調查朱紈濫殺無辜的事實。陳宗夔曾擔任過浙江副使，浙江與福建毗鄰，由於工作關係，陳宗夔常常去福建沿海府州縣。所以陳宗夔與閩浙眾多地方官和沿海各地的名門望族都有密切的聯係。現在陳宗夔來到閩浙調查朱紈濫殺無辜的事實，閩浙地方官和眾多名門望族都以為機會來了，於是早早做好了準備。
    這一天，杜汝禎和陳宗夔到了溫州，由於朱紈得到的信息是來調查自己，所以朱紈不得不回避。於是杜汝禎和陳宗夔在溫州州府住了下來。溫州府為兩位欽差大臣舉行了盛大的宴會。
    宴會正在舉行，州府大門外一陣騷動，聽起來是出現亂子了。酒宴不得不停下來。杜汝禎和陳宗夔在數十位溫州府官員的簇擁下走出州府大門，看到州府大門外的廣場上聚集了數百人，看到官員們出現在大門外，一齊跪下大聲哭訴起來，隻聽到雜亂的哭聲中夾雜著哀求：
    “朝廷來的青天大老爺啊，救救我們吧，我們已經無法生活下去了……為什麼要沒收我們賴以為生的船隻啊，為什麼要把我們的親人殺死啊，我們的親人沒有犯罪啊，為什麼要殺死他們啊。天啊，冤枉啊，我的親人死得冤枉啊！朝廷來的青天大老爺啊，你們要為我們做主啊，為我的親人報仇雪恨啊！天打雷劈的朱紈，殺人魔鬼朱紈該死啊，朝廷來的青天大老爺啊，你們一定要殺了朱紈，為我們死去的親人報仇雪恨！讓我們的親人在陰間也得到一點安慰！朝廷來的青天大老爺啊……”
    陳宗夔大聲說道：“溫州父老鄉親們，大家不要哭，不要哭，我們是奉皇帝爺的詔命來調查此事，既然鄉親父老有冤情，我們一定向皇上如實稟報，嚴懲朱紈。大家都回去吧。”
    接著杜汝禎也向人們說了類似的話，請願的群眾逐漸回去了。杜汝禎和陳宗夔在官員們的簇擁下回到了席上。官員們向杜汝禎和陳宗夔二人彙報了情況，印證了請願者的哭訴。杜汝禎和陳宗夔二人拿出小本本把事情記錄下來。
    這一天，杜汝禎和陳宗夔二位欽差大臣來到福建漳州府龍溪縣。二位欽差大臣在離縣城四五裏的地方看到一個場麵，在一個村子附近的一塊平地裏聚集著許多人，都穿著白衣服，似乎還有哭聲。陳宗夔提出去那裏看看，杜汝禎同意了，於是二位欽差大臣在護衛的簇擁下向那個地方走去。距離越來越近了，啼哭聲也越來越大了，杜汝禎和陳宗夔看到，平地裏停放著十多具棺材，棺材都已經封斂了。每一具棺材都有許多人圍著哭。二位欽差大臣感到奇怪，為什麼一個村子同時死了這麼多人呢？於是陳宗夔首先發問：
    “敢問鄉親父老，這是怎麼回事？為什麼同時死了這麼多人？”
    陳宗夔這一問，在場的上百人都嚎啕大哭起來，一時間，撕心裂肺的嚎啕聲令人心驚。二位欽差大臣把一個老人叫到僻靜處問：“這位老伯，這裏發生什麼事了？”
    老伯抽泣著問：“看起來二位是官爺？”
    “是的，我們是皇帝爺派來的人，在這裏考察民情，看到你們這裏好像發生了什麼事，於是過來看看。老伯，這裏沒有發生什麼事吧？”
    “還沒有發生什麼事？人都要死光了，這個天打雷劈的朱紈！朝廷為什麼把那麼一個殺人魔王派到我們福建來？福建要遭大難了。”
    “到底怎麼回事？”
    “官爺，你們看看坪坪裏這十三口棺材，是在一個多月以前被朱紈手下的盧鐺和柯橋殺死的。本來早就應該把他們埋了，讓死者入土為安，但是年輕人都不肯埋，他們說，不把那些殺人者抵了命，為死者報了仇雪了恨，就不能把親人埋了，於是棺材如今還停著。”
    “你們有能力報仇雪恨嗎？”
    “我們普通老百姓是沒有能力為親人報仇雪恨，但是我們龍溪縣有人在朝廷做官，我們已經把情況向他們寫信報告了，估計很快就會有消息。”
    “你們這裏還有人在朝廷做官？他們是誰？”
    “詹榮就是我們龍溪人，還有周亮和葉鏜都是我們漳州人。我們都給他們寫了信，要求他們把情況向皇帝爺報告，皇帝爺知道了，估計能夠為我們小老百姓做主。”
    “你們的親人沒有參與倭寇的燒殺搶掠嗎？是不是有通倭行為？就是說，給倭寇通風報信？”
    “沒有，絕對沒有。那姓朱的來了以後實行連坐法，如果本裏有人通倭，同裏的居民必須向官府報告，如果有隱瞞不報，一旦有人檢舉出來，則同裏的居民一律以通倭論處，輕則坐牢，重者砍頭。軍令如此嚴厲，還有人敢通倭嗎？但是前麵姓朱的到了漳州，說漳州倭寇活動猖獗，要求百姓互相檢舉。這樣以來，許多平日關係不和的人就借機會整人，說某某某某通倭，某某某某通倭。盧鐺和柯橋也不調查實情，隻要有人檢舉就抓起來。被抓的人不少啊，大的村子有好幾十，小村子也有七八個或十幾個。我們村裏就被抓了十三個。名單報到上麵，姓朱的也不派人調查，命令下麵一律按通倭論處，全部砍頭示眾。慘啊，冤死的好多啊。”老伯說著又哭起來了。
    杜汝禎和陳宗夔聽了老伯這一番哭訴，沉吟良久，輕歎一聲說，看來不需要再做調查了。有了溫州和漳州兩次血淋淋的、觸目驚心的場麵，朱紈不應該再在地方上作孽了。於是杜汝禎和陳宗夔二人決定立即回朝廷向皇上稟報。
    老夫打一個岔，既然陳九德等人有意要搬到朱紈，在杜汝禎和陳宗夔二位欽差大臣必經的道路上（考察路線可以由地方官引導）製造幾個假現場還不容易？上麵停放著十多具棺材的場麵就是臨時製造的假現場，當然二位欽差大臣也不可能開棺檢查的。
    皇上看了杜汝禎和陳宗夔關於調查朱紈的奏折，奏折中有“其後諸賊已擒，又不分番民首從，擅自行誅，使無辜並為魚肉，誠如九德所言者，紈既身負大罪，反騰疏告捷，而鏜，喬複相與佐之，法相首論其冒功”等語。基本上相信了朱紈濫殺無辜的事實。為了小心起見，皇上又詔命兵部三法司對朱紈一案進行複核。結果得出的結論跟杜汝禎與陳宗夔的調查結論一樣。
    嘉靖二十九年十月，皇上下詔免去朱紈一切軍政職務。詔命將盧鏜和柯喬拘捕入獄。布告閩浙沿海各府州縣。
    朱紈收到朝廷的處罰文書，立即趕回蘇州的老家。朱紈知道自己的處境非常危險。職務在身時，仇敵還有所忌憚而不敢下手。現在沒有了護身符，隻怕仇人很快就要下手了。朱紈經過深思熟慮，為了避免仇人危急家人，決定自行了斷。朱紈與家人歡歡喜喜舉行了晚宴，然後洗浴了，把自己關在寢房裏，為自己寫好了墓誌銘，並作了一首絕命詞：
    “糾邪定亂，不負天子，功成身退，不負君子。吉凶禍福，命而已矣。命如之何，丹心青史。一家非之，一國之非。人就無死，惟成吾是。”
    做好了這一切，朱紈將一杯鳩酒一飲而盡。朱紈在安睡中離開了這個紛亂的世界。