天地處於“混沌”狀態，有“盤古”生於其間。盤古身體不斷成長，原來的混沌狀態不能容納其身體而分裂，“清氣”上升為天，“濁氣”沉降為地。盤古死後，其精、氣、神分化成為伏羲、神農、女媧三位大神（也被稱為三皇）。
    因天地間生靈太少，三皇分別以不同形式創造生靈。
    伏羲以神樹吸收神界清氣所結的果實為軀體，注入自己強大的精力，創造出“神”。由於神樹果實來源稀少，因此神的數量極少，但靈力強大。神不耐大地濁氣，因此居於天，形成“神界”。神雖然有男女之分，但交合繁衍後神本體會失去靈力逐漸死亡，並不能增加神的數量，因此被嚴禁交合繁衍。
    神農以大地土石草木為體，灌注自身氣力，創造出“獸”（包括走獸昆蟲）。因神農注重數量和能力，因此獸的種類、數量很多，且能力多樣，但是心智沒有開發。
    女媧以土、水混合，附以自身血液和靈力，用楊柳枝條點化，依自己模樣塑造，造出“人”。人體態優美，富有智慧，但體力較遜，雖然沒有特別的能力，但領悟力極強。
    神居於天，人、獸居於地，另有“鬼界”作為人、獸等生靈的輪回中轉之所。數萬年來相安無事。後因人、獸過度繁衍，時有衝突。三皇之一的神農在人間暴斃，一說因嚐百草中毒而死，另說是因為他與獸交合繁育後代而死。
    不久，獸類中出現了一個具有極高智慧的統禦者蚩尤。蚩尤率領獸族向人類開戰，意圖獨占大地。人類取得神族援手，在神將軒轅氏的指揮下擊敗蚩尤大軍。蚩尤拚盡餘力，打開異界通道，將殘部送達異界。蚩尤殘部在異界逐漸修煉成魔，“魔界”也逐漸形成，之後魔界分成了八國，如夜叉、羅刹、修羅等。本作中的龍幽便是來自魔界夜叉。此外，薑雲凡是蚩尤後人。
    此役之後，伏羲以對抗魔界為名，在神界建立了等級製度，並自封為“天帝”，規定神的地位高於人類，由神族統治大地，而人必須侍奉神，擴大神界對人間的控製和支配。數萬年下來，神族漸漸腐敗，人類也對神的積怨已久，終於爆發起義。天帝下令鎮壓，遭到人類頑強抵抗。天帝惱怒，下令女媧毀滅人類，重新創造敬神的新人類，女媧抗命不從，並下凡來維護人類。天帝開除女媧的神籍，派神將毀滅大地，大部分人類遭到屠殺，女媧率領人類對抗神界，補天地，阻洪水，挽救了殘存人類的命運。天帝省思後覺得神族也有不對之處，於是下令所有神族回到天界，封閉天界之門，下令神不得任意到人界，從此人神二界完全隔絕。不久女媧力竭死去，後代一直留在人間，世代守護人類。本作中的小蠻是女媧後人。[3]
    魔界的蚩尤則自封為“魔尊”對抗神界。獸類中偶有經過修煉，激發出自身繼承的神農力量，成為具有特殊能力的“妖”，而人類經過修煉也能激發出自身繼承的女媧靈力，修成為“仙”。妖和仙的形成除了和天賦以及修煉有關外，還和地氣有關。因此天上便有了“仙界”，人間也有十大洞天、三十六小洞天、七十二福地等“仙界”，其中最著名的仙界就是盤古之心所在的“蜀山仙劍派”。
    六界之間，雖然有封印阻隔，但五靈氣脈仍互相連通。本作劇情發生時間的數十年前，神魔之井動蕩，使得六界水脈紊亂，魔界因而日益幹旱，人界仍享有豐沛水源。