多年以前，劍俠李逍遙為救出被困於蜀山鎖妖塔的妻子，闖入了塔內，毀去了七星磐龍柱，以致鎖妖塔坍塌，神魔之井動蕩，六界水脈紊亂，魔界日益幹旱。魔族屬國夜叉君王龍溟與攝政王魔翳商議，由龍溟依靠越行之術來到人界尋找修複水脈的神器，同時魔翳著手準備攻占人界。然而人魔兩界動蕩也引發了一場地動，魔翳借此時機，用縛魂玉尋找剛剛死去的人類作為宿體，尋隙為進攻人界創造時機。
    後來李逍遙以“一貧”的身份做了蜀山掌門，經曆了千葉之亂。平亂期間久負盛名的武林世家“南林北沈”實力削弱，逐漸淡出江湖。以“歐陽、夏侯、皇甫、上官”為首的四大世家逐漸成為武林的象征。魔翳選擇的宿體，正是夏侯家的二門主夏侯韜。此後多年，他在魔界操控夏侯韜暗中布局，同時也親手把夏侯家少主夏侯瑾軒帶大，教養成人。受二叔影響，瑾軒自幼飽閱典籍，心思縝密。
    這次地動改變了許多人的命運，也使得夏侯瑾軒漸漸陷入了與他們的牽絆，就從十六年後，他在明州城偶遇謝滄行，以及無名女子瑕開始。
    瑕本是地動時死去的女嬰，由於魔翳的縛魂術而使魂魄勉強留在了身體裏，並長大成人。父親去世後隻能舞劍賣藝，這一日偶遇謝滄行與夏侯瑾軒，並意外弄壞了瑾軒的玉佩。正趕上折劍山莊品劍大會召開在即，瑕與謝滄行約定，和前來下貼的折劍山莊歐陽家弟子薑承共同保護瑾軒去參會，作為補償。
    薑承本是魔族，蚩尤後裔，幼時為歐陽英救下收為弟子。因魔族體質特異，修為進展快，且性格仔細，為歐陽英所欣賞，並與歐陽英之女歐陽倩相戀，也因此為同門所不喜。這一次他來夏侯府，與瑕同時出現在魔翳控製的夏侯韜麵前，體內的蚩尤血脈竟開始覺醒。夏侯韜驚喜，決定利用他們來實現自己的陰謀。他重金收買了江湖女暮菖蘭，讓她借故跟隨瑕與薑承，為自己通報消息。此時的暮菖蘭為了拯救家鄉的村民，為賺錢不擇手段，自然為夏侯韜所用。於是，在壁溪村，暮菖蘭加入了瑾軒一行。
    途經千峰嶺，眾人為山賊包圍，魔族出身的頭領厲岩發現了薑承的魔族氣息後，不僅放過了眾人，還與薑承約定，若有朝一日為人所不容可來此避難。到折劍山莊，聽聞有村民在山莊附近雪石路失蹤，瑾軒眾人與皇甫世家少主皇甫卓一起來到雪石路，卻為妖物雪女所困，危急時分謝滄行暗中出手除去了雪女，救出了大家。原來謝滄行乃蜀山罡斬長老，生性愛武，不願在山上長住，隱藏了身份混跡江湖，以非凡的劍術行俠仗義。這一次暗中關注薑承，也是因為意外發現了他的魔氣，卻也為他的重情重義的性格所折服，時時暗中回護。因此他也陷入了與暮菖蘭等人的牽絆之中，或許一生的命運也由此注定……而在與雪女對峙的時間裏，瑾軒曾為雪女幻術所困，開始對瑕產生了異樣的感覺。
    不久四大世家代表齊聚山莊。品劍大會上，薑承同門向薑承發難。薑承的魔氣再次被激發，並意外打傷了師兄。歐陽英無奈之下把薑承趕出了山莊。夏侯韜抓住時機，暗示瑾軒帶薑承離開中原，前往西域樓蘭古城，同時又以“枯木”的身份出現在薑承麵前，告知他實為魔族，開始策劃利用薑承率魔族與人界對立，以便夜叉乘虛而入。
    於是瑾軒等向樓蘭出發，皇甫一鳴為收集薑承身為魔族的證據，令皇甫卓跟隨同往。尷尬的是，謝滄行被遺忘在山莊內。在風景秀美的司雲崖，眾人發現了雲來石，並依靠它飛行來到樓蘭，在那裏巧遇龍溟與蜀山淩波道長。一同進入樓蘭城，卻驚聞城內已被死去的樓蘭王鬼魂布下結界，要將城民困死在內。深夜，眾人進入樓蘭廢城區，見到了樓蘭王的鬼魂，戰鬥中瑾軒為保護瑕而受傷。龍溟對樓蘭王君高於民的理論深惡痛絕，出手將它殺死。
    之前，樓蘭城內斷水，上古神龍穹武不忍城民遭難，枉顧天條，私自下雨，使得樓蘭居民得以生存。龍溟正是聽聞這個消息，來樓蘭尋找水源的。尋找未果，與淩波提前離開樓蘭。後穹武被貶下界，多年後遇薑承之子薑雲凡，委身雷靈珠內隨他遊遍天下（與《仙劍奇俠傳五》相關）。而瑕在照顧瑾軒的過程中也暗生情意，把雪女修煉用的靈石送給了他。
    與此同時，枯木暗中下手殺掉了重傷的師兄以嫁禍薑承。皇甫一鳴借題發揮，煽動夏侯、上官兩家與歐陽英為難。看似平靜的水麵，實則波濤暗伏，江湖動蕩，一觸即發……
    回到開封，薑承遭到皇甫一鳴的伏擊，獨自逃到千峰嶺，投了厲岩。瑾軒等在千峰嶺山寨門前遇苗女結蘿，因誤會而交手。瑕中了結蘿的眠蠱後反應異常，使瑾軒與暮菖蘭心疑。暮菖蘭看出結蘿與厲岩關係曖昧，遂與結蘿約定，請出厲岩與薑承同行，一起到苗疆拜求蠱婆為瑕“治病”。
    這一消息被暮菖蘭發送給“枯木”後，真是正中下懷。讓龍溟從結蘿那裏探問水靈珠的消息，與安排薑承遠離中原以便他挑唆皇甫一鳴去千峰嶺捕捉厲岩的手下，順理成章，一舉兩得。
    蠱婆並沒有找到瑕的病因，但由於苗疆有巫姑複活林月如的先例（《仙劍一》相關），她還是指點了瑕與瑾軒、暮菖蘭一起去蜀山尋找草穀道長尋求解救之法。
    開始，草穀並沒有找到瑕的真正病因。此時偏偏趕上龍溟來蜀山盜神農鼎。淩波在蜀山，由於早已對龍溟生情，他選擇幫助龍溟。在她的設計下，瑾軒等人與龍溟一起被困於璿光幻境。在取神農鼎時，龍溟、淩波二人被守護神器的“三皇一體”機關擊傷，之後以越行術逃至流光洞。淩波傷重，龍溟決意去苗疆取水靈珠，兩人約定事成後流光洞相見，當然，這一次，終是成為二人最後的訣別……
    瑾軒三人為將功折罪，答應去苗疆尋找神龍鼎，在神降秘境，眾人發現了龍溟的屍身。不久前，龍溟在取水靈珠的時候遇骨蛇攻擊。三神之力擊傷在前，加之骨蛇毒火，終於支撐不住。臨終前將夜叉後事托付給魔翳，手持淩波的珠花，帶著遺憾離去，隻留下流光洞中淩波絕望的眼神。多年後，龍溟之弟龍幽來到密境，將龍溟遺物帶回流光洞，也算彌補了這一對有情人的遺憾（與《仙劍奇俠傳五》相關）。
    此時薑承也從枯木處獲知皇甫一鳴率眾前往千峰嶺剿殺魔眾的消息，急忙趕回寨中，但見一片慘象……為救幸存魔眾，瑾軒、薑承、厲岩等人找到折劍山莊與四大世家對質。歐陽英為皇甫、上官兩家施壓，下令擒殺薑承。薑承絕望，更名薑世離，決意正視自己魔族身份而與四大世家為敵。在歐陽倩協助下，眾人逃離山莊。依照枯木的暗示，來到蚩尤塚，在那裏，薑世離的蚩尤之力覺醒，被魔眾奉為了魔君，創立“淨天教”。他已下定決心，要帶領魔眾爭取屬於他們的一片天地。
    瑾軒等無奈回蜀山，找到謝滄行。想起霧蔭穀深處的家鄉，暮菖蘭希望把蜀山的驅魔丹藥帶回為村民治病。來到暮靄村，死氣沉沉的氣氛，暮菖蘭把丹藥交給哥哥暮檀桓，卻遭到哥哥痛罵，並要趕眾人出村。激憤之間，聽聞丹藥被山神之子帶走，急追至村外，暮菖蘭出手重傷了已是精力枯竭的山神。暮檀桓無奈，與奄奄一息的山神告知了霧蔭穀中的一切真相。十六年前的地動，不僅毀滅了全村，還在人鬼兩界間撕開了裂痕。進入人界的鬼氣使將死的村民魂魄強留體內，成為半人半鬼的異類。多年來，是山神一直幫忙撐開裂痕，使村中鬼氣不斷，村民不至於因鬼氣消散而死去。暮菖蘭絕望，得到了謝滄行的安慰，決意繼續去尋找方法，讓村民真正複活。
    此刻，暮菖蘭終於說出了自己跟隨瑕與薑承，實為受枯木指示。眾人原諒了她，同時瑕也清楚了自己真正的“病因”。回到蜀山，草穀提示幾人出海尋找固魂之物來使暮靄村村民與瑕徹底複活。回到明州，瑾軒向夏侯韜講了黑衣人（枯木）陰謀操控之事，任瑾軒分析能力有多強，他又怎能想到，所謂黑衣人，正是眼前教養自己二十年的叔父！這一次打草驚蛇，更是讓枯木抓住了對自己極為有利的時機。
    瑾軒堅決的態度打動了父親夏侯彰。出海前，瑾軒終於對瑕表明了愛意。而這一去，竟是五年光陰。五年之間，江湖又發生了太多……
    薑世離潛回折劍山莊，帶走了歐陽倩。不久歐陽倩懷了胎兒，取名薑雲凡。
    唐風與枯木加入了淨天教，與血手（厲岩）、毒影（結蘿）一起成為淨天教四大護法。枯木提議淨天教攻打鎖妖塔，薑世離受蠱惑而心動。淨天教行事漸漸背離了初衷。四大世家與淨天教的激戰，一觸即發。
    然而蜀山，卻一直沒有表明立場。
    五年後，瑾軒、謝滄行等人自海外歸來，正趕上淨天教佯攻四大世家。毒影為報私怨殺了皇甫一鳴。而薑世離則率血手、枯木親自進攻鎖妖塔。一貧、太武正施法鎮壓封印異動，無法分身，謝滄行終以罡斬道長的的身份親自去守鎖妖塔。神魔之井入口處，封印即將被打破，罡斬自行兵解，以魂魄之力鞏固了封印，同時重創枯木，擊傷了遠在夜叉的魔翳本體。暮菖蘭悲痛欲絕，持罡斬斷刃誓殺薑世離。原來，不知不覺間，她對謝滄行似已產生異樣的感情。薑世離無奈，返回覆天頂。
    覆天頂上，唐風發覺了枯木的陰謀而暗中出手，“殺死”枯木。受盡蠱惑的薑世離竟然將唐風關於地牢。唐妻身亡，幼女唐雨柔也奄奄一息。
    戰亂中，蜀山上發現了夏侯韜的衣衫。夏侯彰憤怒，率眾殺上了覆天頂，驚遇夏侯韜，夏侯韜出手殺死了夏侯彰。瑾軒與瑕、暮菖蘭趕到，此刻瑾軒方知，教養自己二十年的二叔，竟然就是枯木——真正的幕後黑手！
    瑕在這場戰鬥中死去了，是為救瑾軒而死的。
    按照瑕生前的願望，瑾軒與暮菖蘭帶著她來到了司雲崖。然而魔翳的魂附上了瑕的屍身，重傷了暮菖蘭。
    瑾軒獨自一人，與心愛的女孩決鬥。由於與瑾軒的牽絆，瑕的靈魂蘇醒，魔翳漸漸無法操控她的身體。瑾軒手持瑕的短劍刺向了她，而後牽著她的手，和她一起躍下了深崖……
    後來，一貧辭去蜀山掌門之位，由太武接任。太武、一貧、草穀等“七聖”出手，將薑世離封印在女媧血玉中。草穀又找到唐風父女，用血玉碎片為唐雨柔續命二十年。皇甫卓繼承父業，與歐陽英結為忘年之交。然而自此以後，江湖雖有四大世家之名，卻少見夏侯家蹤影……
    魔翳本體被罡斬擊傷，百年內不能施用縛魂術，隻好與龍溟之弟龍幽商議，讓他修行越行術，到人界來完成兄長未竟之事，為夜叉尋找未來。江湖的風波，並沒有真正終結。
    而這場戰亂後，每年的這一天，司雲崖上都會出現暮菖蘭的身影。她始終記著謝滄行說過的話，一直在等待，堅定而又執著。直到有一天，在她的身後，傳來了熟悉的腳步聲……