遷都與否，恐怕是哀帝當政時遇過的最大件政務了。除此之後，他年紀輕輕的不想著奮發，盡想著如何修道煉丹、長生不老。他對滿桌美酒佳肴連看都不看，一天到晚盡是拿著各種配方的丹藥當嘎嘣豆吃。一吃二吃地就吃出了問題，很快就一病不起。到他當皇帝的第三年三月，病得越發地重了，神智不清。倒也達到了超凡脫俗的目的：雖然身在塵世，卻已不是塵世的人了，什麼東西什麼人都不認識，更遑論治理國家。
    無可奈何的朝臣們隻得再次上表，請求褚太後代皇帝治理國家。
    褚蒜子再次垂簾不到一年，哀帝司馬丕終於如願以償地“登仙”去了。興寧三年（公元365）正月、二月，哀帝妻王皇後與哀帝先後病逝。哀帝時年僅二十五歲。
    兒子與侄兒都這樣早死，實在大出意料之外。哀帝崩逝的第二天，褚蒜子頒下了又一道冊帝的太後詔書：“帝遂不救厥疾，艱禍仍臻，遺緒泯然，哀慟切心。琅邪王奕，明德茂親，屬當儲嗣，宜奉祖宗，纂承大統。便速正大禮，以寧人神。”
    被迎立的新皇帝是司馬丕的同胞弟弟，名司馬奕，字延齡，史書稱其為“海西公”。
    在這個時候，由於丞相司馬昱無能，朝廷缺乏有力的牽製，桓溫的勢力已成尾大不掉之勢。他是一個有雄心壯誌的人，但隨著幾次北伐的不盡如意，這成就功業的心思便漸漸轉向，開始有了篡位為帝的想法。也就在這個時期，桓溫說出了令人瞠目結舌的名言：“若不能流芳後世，就要遺臭萬年！”
    從前桓溫是以忠勇之士劉琨、溫嶠為榜樣的，到這時也發生了變化，倒過來將溫嶠討伐擊潰的逆臣王敦當成了榜樣。有一次他路過王敦墓，向著墓塚稱慕不已，連連說：“可人、可人！”——既然王敦成了他心目中的“可人”，那他想幹什麼就很明顯了。
    鹹安元年（公元371），一個令人感到不可思議的流言在朝野廣為流傳，說的是年青的皇帝司馬奕其實是個廢人，早在做藩王的時候就喪失了親近女人的能力，甚至於搞同性戀他也隻能充當假女人的角色。如今他宮中田美人孟美人所生的三位皇子，實際上全是他的男寵相龍、計好、硃靈寶的“成果”。——如今三位皇子都已經到了給予太子、親王之封的年齡，假如讓這樣的西貝貨兒成為王朝儲君，就要顛覆國家根本了。——這消息言之鑿鑿，絕大多數的官兵百姓一時都信服得很。雖然皇族高官們知道這是一派胡言，卻架不住群情洶湧和軍隊的立場動搖。
    這條令人惡心的謠言，就是桓溫和他的參軍郗超的得意之作了。
    當謠言傳得最熱火的關頭，在當年十一月丁未日，桓溫恰到好處地進京朝見來了。他以此謠言為由，向朝廷提議廢司馬奕，改立丞相司馬昱為帝。
    這樣的大事當然不是朝臣敢作決定的，於是桓溫的奏章便一直送到了深宮褚太後的手裏。
    這道廢帝表章送到的時候，褚蒜子正在佛堂燒香，內侍稟報道：“外有急奏。”褚蒜子接過奏章，靠在佛堂門邊閱視，才看了幾行她就明白了，歎道：“流言初起的時候，我就已經開始疑心是這麼回事了。”然而如今已是騎虎難下，桓溫手掌重兵，流言又使得皇帝失去了底層軍民的支持，假如一定要較真的話，說不定晉王朝立即就要掀起內戰，最終結果難以預料。因此，褚蒜子才看了一半就不願再看下去，徑自拿筆批複：“未亡人罹此百憂，感念存沒，心焉如割。”默許了更換皇帝的請求。
    說來好笑，在等待褚蒜子批複的時間裏，等在宮外的桓溫卻是汗流滿麵、膽戰心驚，見於顏色。他敢於統率千軍萬馬，敢於誹謗皇帝、敢於蔑視群臣，卻在與一個連麵都沒有露的中年婦人決定翻牌的時候嚇得神魂不定。
    當褚蒜子同意更換皇帝的詔書送出宮門的時候，桓溫這才大喜，立即召集百官，頒布了這道太後令：“王室艱難，穆、哀短祚，國嗣不育儲宮靡立。琅邪王奕親則母弟，故以入纂大位。不圖德之不建，乃至於斯。昏濁潰亂，動違禮度。有此三孽，莫知誰子。人倫道喪，醜聲遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗廟，且昏孽並大，便欲建樹儲籓。誣罔祖宗，頌移皇基，是而可忍，孰不可懷！今廢奕為東海王，以王還第，供衛之儀，皆如漢朝昌邑故事。但未亡人不幸，罹此百憂，感念存沒，心焉如割。社稷大計，義不獲已。臨紙悲塞，如何可言。”
    三十歲的司馬奕隻穿著一件白色的單衣，在大臣們無奈的注視下淒惶地坐著牛車離開了皇宮，做了六年皇帝的他被廢為東海王，丞相司馬昱成為新帝即晉簡文帝。
    簡文帝司馬昱是晉明帝司馬睿的小兒子，這時他年已五旬，論輩份更是褚蒜子的夫家伯父。不過他隻是桓溫精心選中的傀儡，他自己也很清楚這一點。在當皇帝之前他可能還敢在桓溫麵前吱一聲兒，等到當上了皇帝，他就隻有在桓溫麵前抹眼淚水兒這一項本事了。
    林妹妹抹淚的結果是夭折，司馬昱抹淚的結果來得更快，擔驚受怕的哭包皇帝才當了八個月，就一命歸西。
    由於司馬昱實在死得太快，以至於他死時桓溫還身在外地，他逼帝禪讓的大計更還沒來得及著手辦理。所以留在京城內的官員們如願地勸諫成功，簡文帝留下了立自己兒子司馬曜為繼承人——即孝武帝的遺詔，僅僅讓桓溫當“諸葛亮、王導”的角色。
    得知消息的桓溫大怒，然而木已成舟，他也已是花甲之年沒有了年青時的衝勁，所以造反奪位的事情他始終沒有付諸實施。七月，六十二歲的桓溫白日見鬼，病入膏盲，不久便死在了安徽當塗駐地。他雖有六個兒子，但是臨終時選定自己的弟弟桓衝繼承自己的地位。
    桓溫的選擇是很有道理的，他的長子次子是二世祖式的人物，本事才幹沒有多少，野心膽量卻是不小，非把桓溫幾十年打下的基礎闖砸了不可；而三子五子忠厚老實，也不是搞政治鬥爭的材料；四子更絕，是個五穀不分的白癡。最小的兒子桓衝生有異征，但是年紀還太小，因此傳位弟弟是最好的選擇。
    眼看著正當壯年、跟著哥哥熟諳軍政內幕的桓衝掌控了兵權，東晉朝臣們都忐忑不安，唯恐又重蹈覆轍。在這樣的情況下，尚書謝安又想到了富於見地和膽識聲望的褚蒜子。雖然褚蒜子隻是孝武帝的堂嫂，但是非常時期，堂嫂也要垂簾聽政了。
    桓溫死後的第二個月，謝安率百官上表，請求退隱崇德宮的褚蒜子再次臨朝聽政。表曰：“王室多故，禍艱仍臻，國憂始周，複喪元輔，天下惘然，若無攸濟。主上雖聖資奇茂，固天誕縱。而春秋尚富，如在諒闇，蒸蒸之思，未遑庶事。伏惟陛下德應坤厚，宣慈聖善，遭家多艱，臨朝親覽。光大之美，化洽在昔，謳歌流詠，播溢無外。雖有莘熙殷，妊姒隆周，未足以喻，是以五謀克從，人鬼同心，仰望來蘇，懸心日月。夫隨時之義，《周易》所尚，寧固社稷，大人之任。伏願陛下撫綜萬機，厘和政道，以慰祖宗，以安兆庶。不勝憂國喁喁至誠。”
    收到奏章之後，褚蒜子作了這樣的批複：“王室不幸，仍有艱屯。覽省啟事，感增悲歎。內外諸君並以主上春秋衝富，加蒸蒸之慕，未能親覽，號令宜有所由。苟可安社稷，利天下，亦豈有所執，輒敬從所啟。但暗昧之闕，望盡弼諧之道。”
    八月壬子日，五十歲的褚蒜子再次垂簾，開始了她的第三次臨朝聽政。國中大事，均以“皇太後詔令”頒布施行。
    這也是褚蒜子的最後一次臨朝聽政。三年後，桓衝履行了自己對兄長的承諾，將爵位給了守孝期滿的桓溫幼子桓玄。此時的桓玄年僅七歲，褚太後和謝安等眾臣成功地將桓溫六子的權力官職都予以了削減，局麵已經平定。
    寧康三年（公元374年）八月，褚蒜子為孝武帝舉行了婚禮；太元元年（公元376）正月，褚太後又為他舉行了冠禮。
    在局勢平定、少年皇帝已經長成的情況下，冠禮舉行的同時，褚蒜子頒布了她的最後一道“皇太後詔令”：“皇帝婚冠禮備，遐邇宅心，宜當陽親覽，緝熙惟始。今歸政事，率由舊典。”
    從此，她深居內宮顯陽殿，總算過上了平靜的日子。
    太元九年（公元384）六月癸醜朔，六十一歲的褚蒜子病逝，與晉康帝合葬崇平陵。作為一個人，褚蒜子是不幸的，然而作為後妃她卻非常幸運，就連擁有她的晉王朝也是幸運的。可惜的是她身為女子，隻能幾度垂簾而不能連續地執政，以至於出現了幾次青年皇帝開倒車的事件。如果不是這樣的話，也許東晉王朝能夠有另外一番興旺局麵。