八月二十二日，二十七歲的李賢被廢去太子位。而置他於死地的那份廢黜詔書，正是十七歲的上官婉兒替武則天草擬的。宮廷中沒有愛情，事實再一次證明，婉兒已經堅定了自己緊跟武則天的決心。而這樣的決心將跟隨她的一生。
    李賢被廢的第二天，二十五歲的李顯被立為太子，改元永隆。
    從草擬廢太子詔來看，婉兒已經毫無疑問地成為武則天的心腹，是一個兢兢業業地忠於上司的得力秘書。
    四年後，隨著中宗李顯第一次登基並被廢，武則天開始正式走上前台，上官婉兒的武則天心腹地位更為牢固。隨著武則天的權力越來越公開，婉兒的能量也越來越大。
    永昌二年，武則天正式成為女皇，26歲的上官婉兒仍然穩居武則天首席秘書之職。據史書記載，尤其到萬歲通天年（公元696）之後，上官婉兒“內掌詔命”“群臣奏議及天下事皆與之”——政製、詔書、祭拜祝詞、官員任免令等等，皆出自她的手筆，百官上奏的表章她也都加以批閱參議。天下大事雖由武則天決斷，背後卻都有她的一份參與。上官婉兒的地位越來越顯微妙，武則天對她的信任和倚靠程度，遠非一般大臣乃至親生兒女所能相比。
    隨著時間和地位的變遷，上官婉兒的野心和權力欲望肯定也日漸旺盛。隻是武則天手腕利害，並沒有給這位第一秘書什麼實權。婉兒也從來不是什麼“巾幗首相”，武則天自有她的首相群臣。武則天甚至沒有為婉兒安排過終身大事，隻是任由她的年華在公文政爭中迅速消逝。如果一定要猜測，這也許是因為宮廷向無先例，也不排除武則天要避免熟知內幕的上官秘書“女生外向”，向丈夫泄露天機、營造家族關係網的可能。當然，冰雪聰明的婉兒也並不願意離開宮廷。總之，她實際上隻是武則天可靠的助手、順從的親信，一個全天候待命的貼身秘書。
    然而，上官婉兒的年齡一天天增長，她每天在女皇的身邊，耳聞目睹盡是武則天和諸公主廣納麵首的放縱，她不可能沒有男女之情。於是一個傳說又應運而生。
    傳說發生的時間大約在公元695年以後。本年二月，武則天的男寵薛懷義失寵被殺，太平公主將自己的男寵張昌宗送給母親解悶。從此，張昌宗張易之兄弟就成為武則天最心愛的侍寢男寵，每天都跟隨在女皇的身邊，自然也就與女皇的秘書上官婉兒天天見麵。
    張昌宗是個男寵，但並不是繡花枕頭。他出身名門精通音律，容貌俊美也工於心計。對於現在的人來說，張六郎昌宗遠遠不如他的五哥張易之出名。但是在則天一朝的宮廷中，張昌宗才是最出色的美男。
    武則天和所有的帝王一樣都追求長生登仙之術，她很羨慕傳說中的周靈王太子姬晉（即王子喬），這位王子喬傳說擅吹笙作鳳鳴，後隨浮丘公登仙而去，成仙後還乘白鶴現於緱山，人稱“升仙太子”。武則天曾經為這位升仙太子題寫過碑文。——於是馬屁應運而生。武三思想討姑媽的歡心，便將她最羨慕和最心愛的人扯到一起，說：“我以為六郎之美，已非凡世所能有，他一定是王子喬轉世。”武則天很歡迎這個比喻，下令造鶴麾並製木鶴，將張昌宗打扮成她心目中的王子喬模樣，果然仿若神仙中人。後來宮中遊宴賞蓮，馬屁又誦道：“六郎似蓮花。”誰知高手還在後麵，宰相楊再思的發言更勝一籌：“非也，正謂蓮花似六郎。”
    雖是馬屁，但也足以證明張昌宗的美色非同凡響，始能先動太平公主，再動武則天，又在傳說中被選為打動上官婉兒的人物，絕非張易之可比。卻不知為何如今的影視作品中張易之反倒成了美男代表。
    但是再怎樣的美男，再怎樣的才女，對於武則天來說，實質不過是玩物奴婢而已。大概就是這樣的情形下，同病相憐的張昌宗和上官婉兒之間產生了愛情。——這時的上官婉兒至少也該有三十二歲了，張昌宗則可能在二十歲上下。
    私情很快就被武則天發現，她不舍得處置張昌宗，於是上官婉兒就成為發泄的目標，雖然逃過一死，仍然被處以黥刑：在麵上刺青。
    在傳說中，婉兒請求行刑人以朱色刺紋，從此她的額上有了一朵朱紅的梅花，反而平添幾分風姿。實際上，婉兒和行刑人既不可能、也不敢在武則天的麵前做這樣偷天換日的勾當。刺青應該還是被不折不扣地施行了的。不過梅花妝也確實是她的發明——這是以金銀箔製成梅花貼麵額的妝法，倒很有可能是她成為中宗嬪妃後為遮掩刺青的發明。另一項與黥刑有關的發明則是發型。為了遮擋疤痕，上官婉兒創造了一種卷曲的發髻，號“上官髻”。
    ——事實上，史書上並沒有詳細記載上官婉兒被施黥刑的真正原因。野史中除了張昌宗之外，另一種說法則與武則天的第一任男寵薛懷義有關。
    據說薛懷義失寵後前去求見武則天，上官婉兒知其失寵而不予通報。怒火中燒的薛懷義便一把火燒掉了奢華的明堂。武則天追究根由，便給了上官婉兒黥麵之罰。若照此算來，婉兒受刑時的年齡當在三十歲之前。
    婉兒被處黥刑的同時，武周王朝的內部就繼承人的問題也風起雲湧。最後，在各方勢力的角逐、國內外現實的逼迫、以及重臣狄仁傑的勸說下，武則天做出決定：接回廢帝李顯，重新立為皇儲。