骷髏旗——也就是一個骷髏加上兩根交叉骨頭的旗幟絕對是海盜的標誌。雖然來源已不可考，但很多人認為這個詞其實是來自法語單詞JOLI，“非常紅”的意思。從前的海盜們用這個詞來描述船桅上高高飄揚的血色旗幟。不管它源自何處，骷髏旗的作用是沒有爭議的——將恐懼之箭深深射入海上獵物的心底。以前的海盜在平時使用稱為“假色”的任意國國旗，而戰時則升起“真色”——骷髏旗，來聯絡，以及恐嚇那些犧牲品。
    在18世紀時，第一麵海盜旗由艾曼紐·韋恩船長在加勒比海升起。多數情況下，海盜在追逐獵物時，升起白色旗幟，表明身份——有時獵物會因此降下國王的旗幟而屈服；如果獵物拒絕投降，則升起黑白兩色旗幟，表明意圖；而若獵物繼續逃竄，或是海盜船長過於殘暴的話，紅色旗幟會在桅頂飄揚，意思是一旦捕獲獵物，不留任何活口。當然，海盜旗上的圖形也是為了表達其特定含義而被設計出來的。