嘉靖年间，倭盗勾结紧密，倭患愈加严重，倭寇时不时地就来到大明劫掠。面对这种严峻的形势，有一位大臣挺身而出，开始对倭寇发力，予以重拳回击。此人就是浙江巡抚朱纨，一位为人十分正直、为官清正、勇于任事的明朝大臣和抗倭名将。
    朱纨，字子纯，号秋崖，苏州府人，正德十六年（1521年）进士，历任景州知州、开州知州、南京刑部员外郎、四川兵备副使、广东左布政使。嘉靖二十五年（1546年）擢右副都御史，巡抚南赣。期间有效开展南赣社会治理，维护地方稳定。
    当时浙江、福建频频遭到倭寇入侵，巡按御史杨九泽上奏，指出浙江宁波、绍兴、台州、温州皆枕山濒海，连延福建的福州、兴化、泉州、漳州等地，沿海虽设卫所城池，控制要害，且有巡海副使、备倭都司督兵防御，但是海寇仍然出没无常，主要是浙江、福建两省官府各自为政，不相统摄，抵御倭寇行动难以统一。前些年有言官建议，命重臣巡视两省，数年就会安定一方，但是实行后近年又废除，寇患又严重起来。且浙江的处州（今丽水市）和福建的建宁（府治今建瓯市），连年矿寇流毒，每次征兵追捕，二府互相推诿，这事与海寇类似。因此，亟需复设巡视重臣，统辖福建、浙江，兼管广东潮州，可驻在漳州，南可防广东，北可控浙江，如此号令易行，事权归一。
    当时朝廷内阁首辅为夏言，夏言觉得杨九泽的建议很有道理，认为有必要设个巡抚，兼管浙江、福建。他开始物色人选，认为朱纨政绩突出，为人正直，因此有意加以重用，让朱纨前往浙闽担当抗倭大任。后来，嘉靖皇帝也表示同意。于是，朝廷于嘉靖二十六（1546年）下旨，任命朱纨提督浙闽海防军务，巡抚浙江。虽然与杨九泽建议兼管浙、闽、粤的建议略有差异，但能体统浙、闽海防军务，也算不错的了。
    朱纨接到任命状后，知道朝廷有内阁首辅夏言大力支持他，因此信心满满，意气风发，决定大干一场，不辜负朝廷的期望。常言道，将在外，君命有所不受。因为抗倭前线事情复杂，有时需要快刀斩乱麻，但浙、闽离京城甚远，不便老是请示汇报、听候指示，于是他还奏请朝廷给他便宜行事的大权，朝廷爽快地表示同意，让他可根据实际情况，自行决定适当的措施和办法。
    不过，摆在朱纨面前的形势是非常严峻的。明太祖实行海禁政策，不许片板入海。但时间久了后，防不胜防，有些民众便擅自入海，勾结日本和佛郎机（葡萄牙）等国的人互市。徽州府歙县人许栋和闽人李光头及佛郎机人、倭寇占据宁波双屿港，简直成了该地的主人，为所欲为地开展走私贸易。
    双屿港位于今舟山六横岛中间，当时六横岛分为上庄、下庄两大岛屿，双屿港就在其中。当时的双屿港堪称亚洲最大的海上走私贸易基地，港内可容纳数百艘船，岛上有中国人、佛郎机人、日本人、占城人、暹罗人等数千人云集于此，岛上还建有一千余座房子、两所医院、六七个教堂等，可谓是配套实施一应俱全。
    正是因为双屿港生意火爆，能够让不少人赚到钱，所以沿海势豪之家故而大力支持许栋、李光头等人，甚至与他们的家族通婚攀上关系。势豪之家还以需船只渡岛为幌子，私自制造双桅大船，运载禁运物资，而官府对此睁一只眼闭一只眼，不敢诘问。在做生意时，有的势豪之家欠了倭寇债，许栋等人就引诱倭寇进行攻打抢劫。欠债的人玩起心眼，威胁说官府要逮捕驱逐你们，并有意透露官府出征的时间，以便让他们离去，期望能够以后再偿还。但是，期限到后，仍然像以前一样欠债。倭寇因此十分怨恨，更加与许栋、李光头等人开展合作，心想许栋与势豪人家比较熟悉，希望依靠许栋的力量追回欠款。由此许栋、李光头等人的势力更甚，与倭寇的勾结也更紧密。
    因此，朱纨的对手实力更强大了，但是反观自己一方，实力却在下降。主要是浙、闽海防长久废弛，战船、哨船十存一二，如漳州、泉州巡检司弓箭兵旧额二千五百多人，现在仅有一千人。在实力此消彼长的情况下，地方将士难以有效防备，倭寇抢劫掠夺更加得志，更加无所顾忌，也导致进行抢掠的人接踵不断。毕竟直接抢劫不用成本，赚得更快，收入更丰。
    困难就摆在前面，可以说朱纨抗倭的任务是异常艰巨的。好在朱纨不怕困难，决心迎接挑战，攻坚克难，履行使命，完成任务。常言道，新官上任三把火。朱纨上任后，采取了系列整饬海防、抵御倭寇的措施。
    首先，加强军队建设，提高防御能力。常言道，打铁还须自身硬。朱纨十分清楚，以目前羸弱的军队要战胜倭寇，那简直是痴人说梦，要成功抗击倭寇，务必补充将兵，加强训练，完善军备，打造一支敢打硬仗、能打胜仗的军队。
    常言道，千军易得，一将难求。只有厉害的将领才能带出好兵来。因此朱纨提拔重用了卢镗、柯乔、尹凤、黎秀、张思维、魏一恭、刘恩至、张汉等将领，让他们在日后抗倭大业中发挥出十分重要的作用。特别是卢镗，其字子鸣，处州（今丽水）人，祖籍汝宁卫（今河南省汝南县），五世祖卢宝于元至正二十四年（1364）归附朱元璋，授平阳卫千户。嘉靖二十二年（1543）卢镗由世荫嗣职福建镇海卫千户，历官福建都指挥佥事、都指挥、参将、江浙副总兵、都督同知、都督佥事等职。他在东南沿海奋勇抗倭三十多年，身经百战，战功标青史，俘斩倭寇万余人，名气仅次于俞大猷、戚继光。
    基于军队老得老、弱得弱、战斗力低下的现状，朱纨开始招募乡兵，招募后加强训练，使之务必达到作战水平，务必服从军官号令，做到令行禁止。日常加强军兵的点阅，不让士兵闲着，以此达到强兵目的。平时还派军队出海巡逻，震慑寇盗，发现情况及时采取措施应对。
    基于战船破损和缺失的情况，朱纨下令修复战船，同时购买大船当作军舰使用，对那些走私用的大船没收后改造成军船，对非走私用的双桅大船予以购买，还前往广东购买大船，分给各卫所、水寨、巡检司使用。由此军队的军备大大好转，如福建铜山水寨，原本战船已不存在，经补充后，能出海的船只达10艘，此外浯屿寨战船达15艘，烽火门13艘，玄钟澳5艘，南日4艘。战船虽不及鼎盛时的数量，但是已好转很多了，至上能够巡逻和打仗了。
    除了加强海上防御外，朱纨还加强沿岸的防御，对军事要地做好兵力部署，在敌人登岸后可以有效进行打击。此外，朱纨还尽量节约开支，以减轻百姓的负担。他深知军事费用都来自百姓，百姓过得不容易，务必节约着用。这说明朱纨是个体恤百姓的好官。