不少官员看到嘉靖皇帝如此痴迷修道、不务正道，冒险上疏劝谏，结果不是下狱就是丢命。
    最典型的要数海瑞劝谏。海瑞，字汝贤，号刚峰，海南人，史上著名的清官。他看到嘉靖皇帝深居西苑，痴迷修道，荒废政务，不禁忧心忡忡，决定冒死上疏劝谏，为此，他买好了棺材，将家人托付给朋友，然后向皇上呈上《治安疏》。此疏又名《直言天下第一疏》《谏修斋建醮疏》。海瑞在《治安疏》开篇指出上疏的目的是“为直言天下第一事，以正君道、明臣职，求万世治安事”，指责皇上之误多矣，一意玄修，以求长生，二十余年不视朝，纲纪弛矣，导致天下吏贪将弱，民不聊生，盗贼滋炽；指出嘉靖者，就是家家皆净而无财用；还说其实玄修无益，希望皇上幡然悔悟，日视正朝，与百官谋划治国之策。
    嘉靖皇帝看到此疏，气得火冒三丈，于是命人将海瑞逮捕入狱。他说：“海瑞可与比干相比，但朕不是商纣王。”户部有个叫何以尚的官员上疏请求将海瑞释放，嘉靖皇帝大怒，命锦衣卫对何以尚杖责一百大棒，关进诏狱，昼夜用刑审问，苦不堪言。后来，嘉靖皇帝驾崩，隆庆皇帝即位，赦免了海瑞，让他官复原职。
    太仆寺卿杨最也犯颜直谏，他指出皇上见到方士就想跟着修炼服药成仙，殊不知神仙是住在山中的人才能修炼的，哪有居住在宫殿里，穿着华丽的衣服，吃着精美的食物，却能成仙飞天的呢。嘉靖皇帝大怒，将杨最关进监狱，施以杖刑。杨最已是69岁的老人，哪里能够承受如此之刑，杖刑还没结束，命就没了。
    御史杨爵也直言极谏。他批评那些道士是旁门左道，那些道术是邪妄之术，妖言惑众；批评当今天下就像人得到极其严重的病，腹心百骸，莫不受患；朝廷贿赂公行，遇到灾害不忧心，见到非祥瑞之物象却装作是祥瑞纷纷称贺，阿谀奉承，欺君罔上，颓坏至极。嘉靖皇帝看后震怒，立即命人将杨爵关进诏狱拷问，打得血肉横飞，让他屡次濒临死亡。主事周天佐、御史浦鋐上疏解救，不料也被关进监狱，后被杖死。后来，嘉靖皇帝感觉有神降于乩坛，受到感动，便把杨爵放了。但不久，又因乩语把杨爵再抓回监狱。再后来，嘉靖皇帝在露台祈祷时，看到火光中有人说杨爵是忠臣，于是又把杨爵放了。
    在打击反对者的同时，嘉靖皇帝对那些支持他修道的大臣，则予以提拔重要，由此产生了几位青词宰相。青词是举行斋醮时道士献给天神的祝文，因用朱笔写在青藤纸上，故称青词。嘉靖皇帝信奉道教，经常性地举行斋醮，需要大量的青词，他个人写不来，便让道士写，但道士文化水平有限，写的青词缺乏文学色彩，于是他便让大臣们写。大臣们大都是进士出身、饱读诗书，自然写得来、写得好。不少大臣看到皇帝喜好这个，愿意绞尽脑汁写好青词，以此能够受到皇帝肯定而重用。比较典型的有李春芳、严讷、郭朴、袁炜和严嵩，他们因为青词写得好，可谓平步青云，进入内阁，位高权重。特别是严嵩，为了写好青词废寝忘食，甚至把军国大事也放一边而专注写青词，因此获得嘉靖皇帝宠信，长期任内阁首辅，权倾天下。