江户川柯南：目击黑衣人组织罪行的高中生侦探工藤新一，因被灌了毒药APTX-4869产生的副作用，身体变成了小孩。为了逃避组织杀手的追杀，以及避免危机身边的人，遂改名为江户川柯南。佐以阿笠博士的各种小发明，顺利破获了不少疑难案件，现在是帝丹小学一年级B班的学生，少年侦探团的头脑。
    灰原哀：原名宫野志保。是组织里的科学家，代号是sherry(雪莉），因为她姐姐宫野明美为了帮自己和妹妹逃出组织被组织杀害，因此不愿意研究再毒药APTX-4869而被囚禁在瓦斯室里，绝望的她服下身上藏着的一颗APTX-4869想要自杀，没想到药物并没把她毒死而产生了与工藤新一一样的副作用缩小成儿童时期的模样，得以挣脱手铐从垃圾通道里逃出来。因为之前已经知道工藤新一也变小了，所以想要向他求助，最后倒在工藤新一家门前，被阿笠博士捡了回去，现住在阿笠博士家中，因没有APTX-4869的资料而暂时调不出解药。为了观察工藤新一服下药物的情况转入帝丹小学跟江户川柯南（工藤新一）同一个班。是帝丹小学一年级B班的学生，少年侦探团的成员。
    圆谷光彦：一开始喜欢步美，后来渐渐的对灰原哀也有好感了。不相信怪力乱神，只相信科学，喜欢用科学原理解释事情。是帝丹小学一年级B班的学生，少年侦探团的智囊。
    小岛元太：最爱吃，特别是鳗鱼饭，一听到大数目的钱就想到可以买多少盒鳗鱼饭。体型壮硕，是一般小孩的2倍，所以喜欢用暴力威胁别人，似乎是孩子王搬的任务。比一般同龄小孩聪明，但是侦探团里最笨的人。和光彦一样，喜欢步美，所以对柯南也有自然排斥。是帝丹小学一年级B班的学生，少年侦探团的团长。
    吉田步美：喜欢柯南，第一个大胆说出喜欢柯南的人。是帝丹小学一年级B班的学生，少年侦探团的幸运星。
    阿笠博士：住在工藤新一的家隔壁的发明家，经常发明一些没用的和奇怪的东西。未婚。是知道柯南身份的其中一人也是第一个人。
    久保沙雪：黑渊村久保旅馆的年轻老板娘。
    久保安春：久保沙雪的父亲。地下宝藏研究家，一年前就行中不明。
    门仓良造：久保旅馆的厨师。
    梅崎忠雄：救了迷路的柯南等人。自称地下宝藏猎人。
    木村、田中：奇怪的中年男子二人组。