ZERO沉睡后X借玛萨精灵力量结束Irregular战争，精灵收到诅咒，ZERO身体被盗改装成OMEGA，拜鲁发动妖精战争，X等人制造ZERO复制身体载入其真正灵魂，两位英雄共同结束妖精战争后拜鲁和OMEGA被放逐出宇宙，X用身体封印黑暗精灵（即被诅咒的精灵），ZERO再次封印自己——沉睡100年。
    100年后，人类少女雪儿制造COPY-X希望维护世界却适得其反，大量思考型机器人被处刑（用他们的话就是害怕会再有像X系列的叛变发生，其实他们不都是思考型机器人……）Neo？Arcadia人类守护都市建立（也是COPY-X的总部所在），雪儿同情思考型机器人与他们一起居住，可是也避不过Neo？Arcadia的袭击……雪儿想起另一位被封印的传说中的英雄（ZERO），在反叛军的陪伴下（反叛军，指反对Neo？Arcadia的思考型机器人，在故事里其实是正派的，都是被杀害的机器人）闯入ZERO被封印的遗迹（ZERO1开头画面），并唤醒了传说中的ZERO，但他却失去了所有记忆，不过他从雪儿的眼中看出了他们的绝望，一次又一次帮助他们……X的身体虽然被封印了，但他的灵魂还在，而且以电子精灵的形态出现时常帮助ZERO他们……直到Z2司令官毁灭了X真正的身体……释放了黑暗精灵因为释放了黑暗精灵，所以Z3拜鲁带着他的OMEGA回来了，还复活了COPY-X（眼睛是蓝色的？WHY？），Z3中ZERO终于知道了那个属于自己的真身体原来就是OMEGA，可是就X一句“心才是最重要”而毁了他，X的灵魂无法再留下了，他托下重任给ZERO让他继续守护世界，自己就回到Cyber空间睡眠。Z4中，拜鲁妄图利用诸神黄昏（卫星）来毁灭地球上残余的生命，ZERO再次出击，终于消灭拜鲁，而ZERO也去向不明……
    ZERO系列目前到此为止。
    前序
    在廿二世纪，一百年前的“非正规机械战争”，令地球顿成不毛之境，多次释玛的叛乱中尤其以［RockmanX5］太空殖民地“欧拉西亚”(Eurasia)直憾地球这事件最为严重。经过多次［大约十次］由最强的“非正规机械猎人”X和Zero决战后，释玛终于被打败。［在X5故事中，阿零以自己的生命打败了释玛，而X则携著他的激光剑继续战斗。另外在X6的结尾，阿零托一位科学家封印自己，希望自己的过去不会再带来任何威胁。于RTRZ大碟内的声剧中提到，X利用母亲精灵把释玛连同病毒一并消除。］
    注意：下文记有作品情节、结局或其他相关内容，可能降低欣赏原作时的兴致。
    洛克人Zero主轴故事游戏一列
    ［括号内的别名都不是真的……请勿见怪……］
    洛克人Zero(1)［“赤色传说”～世外桃源的威胁～］
    非正规机械战争正式完结后，X终于创造出一个人类与思考型机器人共存的理想而和平的社会，世称“尼奥·阿鲁卡地亚”(NeoArcadia)。但因著某些原因，带领著这国度的X突然失踪。于尼奥·阿鲁卡地亚当中的天才科学家少女雪儿博士恐怕会引起恐慌，故以X的DNA复制出一模一样的“复制X”。谁知他如来一点也不像X，并把尼奥？阿鲁卡地亚中的思考型机器人乱定为非正规机器人，要把他们排除。雪儿博士得知后，心有不甘，带领著被追捕和压迫的思考型机器人，组成“反抗军”(Resistance)。但她深明只作抵抗并不能解决问题，直至她想起一个传说：一位于一百年前的最强的红色非正规机械猎人——零。雪儿博士解除了被封印于地下研究所的零，由于当时她被尼奥？阿鲁卡地亚追捕，阿零二话不说便开始了挑战尼奥？阿鲁卡地亚的路途，遇见还他激光剑的精灵X、打败辅助X的四天王、攻上尼奥？阿鲁卡地亚核心部、战胜了复制X……
    洛克人Zero2［“黑暗再临”～干坤树顶的秘密～］
    反抗军来了一位自尼奥？阿鲁卡地亚的新司令官——艾尔比斯(Elpizo)。自零于尼奥？阿鲁卡地亚失踪后，反抗军处于劣势，故此召集军力，准备“正义之一击作战”，进攻尼奥？阿鲁卡地亚。另一方面，尼奥·阿鲁卡地亚亦开始筹备为一年前的事件讨伐反抗军，由于要避免复制X被打败的恐慌，贤将负起了领导的重任。独自流浪苦战一年的阿零，在沙漠不支倒地后被尼奥？阿鲁卡地亚四天王的贤将救回反抗军基地。新司令官艾尔比斯，深被返回反抗军的阿零的“英雄”名誉所影向，产生了无意识的嫉妒心。主和的雪儿博士则同时急于开发“雪儿系统”，希望可以避免“正义之一击作战”，挽救之前能源危机所带来的破坏和伤亡。“正义之一击作战”终告失败，反抗军死伤惨重，说时迟那时快，尼奥？阿鲁卡地亚立即展开讨伐计划：用巨型飞舰连炸弹轰掉反抗军基地。成功阻止的阿零又再收到一个不利的消息：艾尔比斯失踪，似乎是不停地要闯进尼奥？阿鲁卡地亚的高度设防地点——“干坤树”(Yggdrasil)。经过几次追迹艾尔比斯，他对“英雄”的嫉妒心令他夺去了两只“宝宝精灵”(BabyElves)，用来寻找并解除在尼奥·阿鲁卡地亚中心“干坤树顶”“黑暗精灵”(DarkElf)的封印，取得力量，成为“英雄”。阿零再三追著被力量所迷的艾尔比斯，直到“干坤树顶”，也是X用自己的身体封印能够毁灭一切“黑暗精灵”的地方。艾尔比斯破坏了X的身体，释放了“黑暗精灵”，但终被阿零所打败，重伤的艾尔比斯悔疚非常，“黑暗精灵”把他化成电子精灵后就向著未知的地方飘去……
    洛克人Zero3［“终极目的”～阿零的审判时刻～］
    一只不明来历的字宙船坠落在一个雪山上。雪儿博士从中探测到与“黑暗精灵”一样的能量源，阿零在调查时，遇到巨大的思考型机器人“奥米加”(Omega)。三位天王急于毁灭“奥米加”之际，一名自称“拜鲁博士”(Dr。Weil)的科学家中断了双方的攻击。这个一百年前被放逐的科学家宣布奥米加成为尼奥2阿鲁卡地亚的一员。突然，一个貌似X的思考型机器人到场，挑战阿零斗快找到“黑暗精灵”。贤将深知拜鲁与奥米加曾经发动“妖精战争”(ElfWar)，但也不能逆复制X的意思，便随一众离去。唯阿零一人不明拜鲁“看看你的身体还可能顶多久”一言。重整后的反抗军，开始调查尼奥·阿鲁卡地亚最近的变动，也挑起了对拜鲁八审官的决战。为了全力寻找“黑暗精灵”的拜鲁与复制X将内藏奥米加的导弹射向人类居住区，阿零不能阻止奥米加与黑暗精灵合体，只能救回被其重伤的贤将。复制X向雪儿博士要求分出“雪儿系统”，但雪儿实在不相信拜鲁一众，拒绝要求后，阿零立即被复制X定为恐怖分子。迎击尼奥·阿鲁卡地亚的进攻后，阿零潜入尼奥·阿鲁卡地亚的高空总部——复活复制X所在的地点，复制X战败的时候，真正的精灵X出现，告知两人事实，复制X不信，欲变身时引发拜鲁设下的自爆程序，阿零亦正中了拜鲁的圈套：在众人面前杀了尼奥·阿鲁卡地亚的统领，拜鲁顺理成章成为了新的统治者。反抗军继续寻找有关拜鲁、奥米加、黑暗精灵与妖精战争的资料，发现了令人惊栗的事实：自非正规机械战争后，电子精灵被大量使用，当中力量最大的为“母亲精灵”(MotherElf)。野心家拜鲁博士，将母亲精灵变成黑暗精灵，用奥米加和她的力量，杀了地上过半人类和思考型机器人，史称“妖精战争”。阿零知道真相后誓要打败奥米加，闯到“尼奥阿鲁卡地下”(UnderArcadia)动力部，再到拜鲁的地下研究所。先后打败奥米加两个形态后，阿零著地于自己苏醒地方，面对奥米加的终极形态——阿零的“真身”。拜鲁声称阿零的身体其实是复制出来的，奥米加才拥有赤色斗神的真正力量。不过阿零轻易击败奥米加，正当黑暗精灵让奥米加回复战斗力之际，三天王联攻奥米加，精灵X出现，把事情因由告知阿零。
    阿零最后选择了自己的命运，手执零剑、奔向奥米加，解除了拜鲁施在黑暗精灵的困咒……
    洛克人Zero4［“灭世之战”？黄昏境地之命运？］
    虽然阿零的邪恶反面奥米加被打败，但手握尼奥？阿鲁卡地亚大权的仍是拜鲁博士。一队游历队被拜鲁博士的手下袭击，阿零及时出手相助，并得知有部份人和思考型机器人从尼奥？阿鲁卡地亚撤出，为免受拜鲁的力权统治，到百年前太空殖民地“欧拉西亚”堕落的地点“零点基地”(AreaZero)村落居住。阿零替雪儿博士观察当地自然环境的回复。返回尼奥？阿鲁卡地亚的拜鲁博士，在引回阿零的真正形态“奥米加”失败后，开始了另一个计划——“灭世之战”(Ragnarok)，暗示人与思考型机器人的黄昏。他召集了“灵亡八斗士”(Einherjar)，以进行其计划，同时要把旧时代的赤色斗神——零，抹杀。但灵亡八斗士的首领格拉霍(Kraft)似乎与“零点基地”的游历队女战地记者妮姝(Neige)有关连，令整件事件变得白热化……“灵亡八斗士”的真正计划其实是要毁灭“零点基地”。经过四场对决后，反抗军游历支队收到了拜鲁军攻击人类集落的消息，阿零马上赶到，遇见了格拉霍，两人在一轮对战后，妮姝(Neige)出来劝阻，并质问思考型机器人与人类到底在今时今日的关系是甚么。格拉霍无言以对，并捉走了妮姝到监狱。阿零决定追击，冲入监狱救出妮姝，途中遇见了格拉霍与拜鲁，妮姝见敌不动，立刻投出光弹，与零合作爆地逃狱。另外四位灵亡八斗士亦被阿零打败，突然反抗军游历支队收到拜鲁的直接通讯，威胁反抗军和人类集落的一众，但是，有另外一道通讯介入，是格拉霍，他实在不愤拜鲁的所作所为，身处太空“领高那洛”(Ragnarok)［对地超大型大炮］的控制室，一击轰向尼奥·阿鲁卡地亚。反抗军游历支队叫总部立刻派人救当地的居民，与此同时，阿零传送到领高那洛控制室，正式与格拉霍展开各自为自己信念而战的对决。格拉霍最后重伤，继而停止活动。回到反抗军游历支队后，他们再接到领高那洛再开动大炮的消息，不，是要整个领高那洛坠落零点基地，只有一人可能做到——拜鲁。阿零进而到尼奥·阿鲁卡地亚大型输送基地，及输送回线中的网络，以赶到领高那洛的核心部份。在核心部份的顶层，阿零见到受了重创的拜鲁。拜鲁说自己其实只是曾经是人类，但被放逐他的人们改造成不死身，拜鲁现在要向所有人类展开复仇。他与领高那洛核心合体，变成战斗形态，阿零击败他后，仍然阻不到领高那洛高速坠下。此时未丧命的拜鲁再出现，变成更巨型的战斗形态，但是阿零亦然能够打败他。可是，领高那洛……雪儿博士一直收不到阿零的信号，反抗军与人类集落的人只是看见天上流星不断。虽然机会渺茫，但哭泣著的雪儿博士坚信阿零依然在生。而最后一幕，在一个沙漠中，领高那洛的一堆残骸旁边，有著零破烂了的头盔。到底，零……