孝宗朱祐樘的童年非常坎坷不幸。他的生母纪氏是广西纪姓土司的女儿，纪姓叛乱平息后，少女纪氏被带入宫中，派充到内廷书室看护藏书。一次，宪宗偶尔经过，见纪氏美貌聪敏，就留宿了一夜。事后，纪氏怀孕。宠冠后宫的万贵纪知道后，命令一宫女为纪氏堕胎。该宫女心生恻隐，不忍下毒手，便谎报说纪氏是“病痞”，并未怀孕。万贵妃仍不放心，下令将纪氏贬居冷宫。纪氏是在万贵妃的阴影下，于冷宫中偷偷生下了朱祐樘。万贵妃得知后，又派门监张敏去溺死新皇子，但张敏却冒着性命危险，帮助纪氏将婴儿秘密藏起来，每日用米粉哺养，被万贵妃排挤废掉的吴皇后也帮助哺养婴儿。之后又转到民间抚养，一直被偷偷地养到六岁。
    一天，张敏为宪宗梳头时，宪宗叹息说：“我眼看就要老了，还没有儿子。”张敏连忙伏地说：“万岁已经有儿子了。”宪宗大吃一惊，忙追问究竟，张敏才说出了真情，一旁的司礼监太监怀恩也为张敏作证。宪宗听罢大喜，宪宗听了大喜，立即命令去接皇子。当宪宗第一次见到自已那因为长期幽禁，胎发尚未剪、拖至地面的瘦弱的儿子。不禁泪流满面。连忙抱起他，让他坐在自己膝上，亲切地抚摸，久久地凝视，连声说道：“这是朕的儿子，长得真像朕”。宪宗随即传喻内阁，告知皇子出生之事。
    次日，颁诏天下，册立朱祐樘为太子，封纪氏为淑妃，并大赦天下。但随之纪氏却在宫中暴亡，门监张敏也吞金自杀。显然，纪妃与张敏之死皆与万贵妃的迫害有直接关系。
    宪宗的母亲周太后担心万贵妃会对太子下毒手，就亲自将孙子抱养在自己的仁寿官内，才使太子安全地生活在宫中。有一次，万贵妃请太子去吃饭，周太后叮嘱道：“你去之后，千万不要吃东西。”因此太子赴宴时果然不沾任何食品，只称自己已经饱了。当宫人捧上汤羹时，年幼的太子说：“我怀疑此中有毒。”万贵妃既惊且怒，嚷道：“这孩才几岁就如此，他日必加害于我！”
    此后，她一改对宪宗后宫生活的控制，宪宗在妃嫔中走动不再受限制，妃嫔们有孕也能顺利出生，皇子渐渐多起来。
    成化末年，一直未有生育的万贵妃与梁芳等人勾结，一再劝说宪宗废太子，立兴王，宪宗对万贵妃一向言听计听从。于是决定易储，便召来司礼太监怀恩拟旨，不料怀恩以头碰地，誓死不从。朝中多数大臣极力反对，他们据理力争，但这丝毫也没有影响宪宗换太子的决心。正当宫中为改易太子的事争得不可开交的时候，东岳泰山发生地震，钦天监奏报说地震与太子有关，群臣也纷纷上奏，指地震的原因是上天警示，如改立太子，必将引起动乱。宪宗迷信，怕惹得天怒人怨，于是下令不准再议废太子之事。朱佑樘的地位终于稳定下来。
    明成化二十三年春（1487年），集成化帝（宪宗皇帝）三千宠于一生的万贵妃病逝。宪宗得信后，颓然叹道，万妃去了，我也活不长了，是年四月，成化帝果然患病，七月召太子辅政，八月成化帝驾崩，追随他心爱的万妃于地下去了。说来也够荒唐，万贵妃足足比明宪宗大17岁。但却万千宠爱于一身，实在令人费解。
    十八岁的皇太子朱祐樘继位，改年号为弘治。就是历史上的明孝宗，也称为弘治皇帝。即位后的孝宗追谥生母淑妃为孝穆皇太后，并将其坟茔迁至茂陵与父皇合葬，另立奉慈殿祭祀。不久，有太监在桂林查找到太后的留迹。朱祐樘闻奏，便下旨将古茶庵改名圣母寺，此泉池命名为圣母池，并责成官府精工修建，并派使臣到桂岭修建了太后的先人茔，又在桂林建宗庙纪念自己的瑶族母亲。
    宪宗留给儿子孝宗的是一个千疮百孔的国家。即位之初，就着手改革弊政。凡是宪宗亲信的佞幸之臣一律斥逐。由于成化时期，宪宗皇帝宠信佛道，致使许多佞幸小人混入朝中，李孜省就是其中的代表人物，他以方术、房中术进献皇帝得到宠幸，然后与太监梁芳狼狈为奸祸乱朝政，打击忠臣，扶植朋党，是当时朝廷中的第一大害。孝宗即位之后立即逮捕了两人，使文武百官弹冠相庆。接着裁抑宦官，整顿吏制，将成化朝通过贿赂、溜须拍马发迹的官员一律撤换，外戚万喜及其党羽均被治罪。又淘汰传奉官2000余人；罢遣禅师、真人等240余人：佛子、国师等780人，并调整内阁班子，罢免了不学无术、依附权贵的阁臣万安、尹直等人。同时，孝宗大量起用正直贤能之士，如王恕、怀恩、马文升等在成化朝由于直言被贬的官吏以及徐溥、刘健、谢迁、李东阳等贤臣，为民族英雄于谦建旌功祠，使得无论是朝中还是宫中的气象都为之一新，时称“朝序清宁”。
    与绝大部分明代皇帝不同，孝宗能够非常谦虚地接受大臣们的意见。弘治十年（1497年）的三月于文华殿召见了内阁大学士徐溥、刘健、李东阳、谢迁，集聚一堂共商政事。议事完后，皇帝赐诸位大臣吃茶，然后散去。召见大臣，面议国事，在当时被称作为“盛事”。终弘治一朝，除这一次首开先例外，大概先后还有过四次。像这样召见阁臣面商国家大事，其对于大臣们的激励作用是可以想见的。同时也可以看出弘治一朝君臣关系之和睦以及孝宗对于儒臣的信任。弘治十三年(公元1500年)，大学士刘健上奏说，晚朝散归后天色已黑，各处送来的文件往往积压内阁，来不及处理，如有四方灾情，各边报警等事务，就有耽搁的可能。于是，孝宗特定除早、晚朝外，每日两次在平台召见有关大臣议事。从此出现了“平台召见”这一新的朝参方式。
    由于幼年生活的坎坷，孝宗一直身弱多病。但孝宗却勤于政事，不仅早朝每天必到，而且重开了午朝，使得大臣有更多的机会协助皇帝办理政务。同时，他又重开了经筵侍讲，向群臣咨询治国之道。孝宗还开辟了文华殿议政，其作用是在早朝与午朝之余的时间，与内阁共同切磋治国之道，商议政事。孝宗常召阁臣至文华殿，让大家共议大臣的章奏，写出批词后；自己再批改颁发。所以，阁臣李东阳高兴地：“天顺以来，三十余年间，皇帝召见大臣，都只问上一二句话，而现在却是反复询问，讨论详明，真是前所未有啊”！
    孝宗在内政上最主要的措施是大力兴修水利，发展农业，繁荣经济。弘治二年（1489年）五月，开封黄河决口，孝宗命户部左侍郎白昂领5万人修治。弘治五年（1492年），苏松河道淤塞，泛滥成灾。孝宗命工部侍郎徐贯主持治理，历时近三年方告完成。从此，苏松消除了水患，再度成为鱼米之乡。
    对于救荒的工作非常重视，要求各级官府都要设立常平仓，以应付灾荒。
    在刑罚方面，他要求慎重施刑。在他的这种要求下，一些素以残酷闻名的特务机构如锦衣卫都变得仁慈起来。
    孝宗对臣下宽厚平和，在明代的皇帝中，孝宗最为仁慈。在他的身上没有其先祖朱棣一丝残暴之气，在位十八年，从未鞭打过一位大臣。甚至常关心大臣的生活起居，他多次召对大臣刘健，谢迁，临走时总是从袖口里拿出两锭银子，温勉有加，告知这是私下从大内取出给两位补贴家用的，大臣们无不为之动容。早朝的时候，孝宗亲御奉天门，有的大臣因地滑，行走失仪，孝宗从不问罪。奏本中有错字也不纠问，经筵讲官失仪，他还宽慰数词，不使其恐慌。有一年冬天，孝宗夜晚坐在宫内，觉得天气寒冷，就问左右内臣，现在官员有在外办事回家在路途的吗？左右回答说：“有。”他又说：“如此凛冽且昏黑，倘廉贫之吏，归途无灯火为导，奈何？”遂传下圣旨，命今后凡遇在京官员夜还，不论职位高低，一律令铺军执灯传送。这些事虽不算大，但作为一个封建皇帝能如此曲体臣下，也确属不易了。
    孝宗皇帝又出奇地宽厚善良，即使对当初迫害其生母的万贵妃家人，也表现了极大的宽容。他即位后一些官员上书，要求惩办已死的万贵妃及其族人，但孝宗认为这样的做法是违背了先帝的意愿，从而不予削溢议罪。这一切都出于一个孝字，孝敬父皇，维持传统，以宽仁忠孝为主，他死后被定庙号为孝宗，也正因为此。
    孝宗生活俭朴，不好声色。弘治元年(1488年)，出使明朝的朝鲜使臣卢思慎，曾对朝鲜的国王说：“先皇帝(宪宗)或于用人，间以私意，今皇帝(孝宗)则铨注登庸一出于正。又性不喜宝玩之物，虽风雪不废朝会，临群臣皆以丧服，惟祀天祭用黄袍，臣等慰宴时不奏乐，不设杂戏，劝花置于床上而不簪。大抵先皇帝弊政一切更张矣。”。宪宗生前爱穿用松江府所造大红细布裁制的衣，每年要向那里加派上千匹。而这种织品，用工繁浩，名虽为布，实际却用细绒织成。孝宗当时还是太子，内侍给他送来新裁制的衣服。他说：用这种布缝制的衣服，抵得上几件锦锻衣服。穿它，太浪费了。遂谢而不用。他当了皇帝后，下令停止为皇宫织造此布。
    皇后张氏，兴济（今河北沧州市北）人。按照明代中期以后选后的制度，皇后一般都出身于中等平民之家。张氏的父亲张峦，原只是一个秀才，以乡贡的名义进入国子监，也就是说从地方学校保送进了国立最高学府读书，成为国子监生。张氏出身于这样的读书人家庭，成化二十三年（1487年）二月初六日，张氏与时为皇太子的孝宗成婚。同年的九月，张氏被正式立为皇后。张皇后在弘治四年（1491年）的九月生下了皇长子朱厚照，即后来的武宗。孝宗对唯一的这个儿子非常疼爱，更为可贵的，孝宗和张皇后是患难之交，一对恩爱夫妻。两人每天同起同卧，读诗作画，听琴观舞，谈古论今，照夕与共。晚明学者黄景昉说：“时张后爱最笃，同上起居，如民间伉俪然。”孝宗皇帝一生只有一位妻子。就是他的皇后张氏。不封贵妃、美人，过着平常百姓几乎一样的夫妻生活，作为一个拥有无上权力的皇帝，这真的是非同一般。
    孝宗统治的后期，他对佛道产生了极大的兴趣。由于孝宗多难的童年使得他的身体一直不好，他希望通过佛道之术能改变自己的身体状况。因此一些奸佞之徒再次混入宫中，祸乱朝政。宦官李广就是其中之一，深得孝宗的庞信。后来因为李广被人设计畏罪自杀，孝宗听身边宦官传言@以为李广家中有天书，命人搜寻。却搜出了李广贪污、受贿的帐本。孝宗这才醒悟。李广事件唤醒了那个沉睡多年的励精图治的孝宗皇帝，他开始了生命中第二个，也是最后一个勤政时期。重新远佞臣，而重用刘大夏、戴珊等贤臣。
    不幸的事，孝宗自小体质虚弱，再加上即位后，励精图治，经常带病视朝，导致身体情况愈加恶化。弘治十八年（1505年）五月初七，一代英主朱佑樘病逝于乾清宫，弥留之际召刘健、李东阳、谢迁等入乾清宫接受顾命，命传位于太子朱厚照，最后给太子朱厚照的最后嘱咐是“任用贤臣”。得年仅36岁。
    [这是故事的总体，也可能是引子，有待确定请稍后。]