忍者起源可追溯到公元七世纪，经过漫长的岁月（长达十世纪）发展到颠峰。在这段时间里忍者形成各种不同的流派（武藏、甲斐、越後、信浓、伊贺、甲贺、纪伊），伊贺、甲贺、纪伊三派最为发达。说到伊贺和甲贺，其实本来是不分开的，直到室町与战国时代，这两百年间地名分开，所以流派也逐渐分散。不过虽然流派分开，可是忍者修练的经典却是同一本书，这本书我们叫做‘万川集海‘。这本书有着教导忍者如何施行忍术的一切理论基础与技能。（这本书下面再仔细讨论）忍者世界中的流派众多，如猿飞、叶隐、罗刹、飞蝉、风魔、信浓、武藏、越后高田、信浓、纪伊等数不胜数，全盛时据说有一百多个。其中，最著名的要数伊贺国（现三重县境内）的伊贺流和甲贺郡（现滋贺县南部）的甲贺流。滋贺县甲贺郡的忍者发祥地在很久以前叫“鹿深”，这两处自古就是忍者故乡，那里忍术高手云集，战斗力强劲，流派近五十种。大家熟知的服部半藏、百地丹波等强忍均来自这里。除伊贺、甲贺两大集团外，杂贺、伊势、甲斐和铃鹿等地也是忍术人才辈出的名所。为何伊贺与甲贺的忍术如此发达呢？
    其中最关键的因素是地形：伊贺与甲贺离京都跟名古屋都很近，位于重山险阻围绕的封闭小盆地里自成天地。可是在战略上的位置却是十分的重要。因为靠近中央近畿地带，受京都文化影响很深，而且神社、寺院、庄园都很多。後来庄园制度崩坏的时候土豪们一个个崛起。在战国时代这块狭窄的土地居然有六十多个土豪，但是因为领土都很小，所以大家都想夺取对方的土地，於是每家人家大概都会养个三四十个兵，以便对付‘敌国‘。这里的竞争之激烈超乎外人想像，土豪们互相结盟，探查对方敌情，有时也相互屠杀。在这里被打击的土豪一但垮台，就很难再东山再起，也难怪这种有山地，征战又激烈的地方，会成为忍术发展的大本营。时间久了，各个土豪之间发展出一种平衡，对忍术的研究发展提供了一段比较平静的环境。然后忍术也开始冠於全国。
    忍者一般出身于农民，而不是高贵的武士。忍术的山中伏击技巧、来自住在大和、鞍马、根来、吉野、伊贺的山地作战经验。
    京都则是忍术中使用的法术(阴阳道，也就是安陪晴明擅长的东东)发祥地、因为不远处有比壑山、高野等佛教密宗的本山。忍术的武艺方面则来自柳生流剑派、宝藏院流枪术。忍术是由忍者的家族世代相传的。在各流派中等级森严。最高地位的忍者称“上忍”，统帅一个派别或当一方的霸主。（就象太阁四中的风魔里）在他的属下有很多的“中忍”，每个中忍管理一个由三四十名“下忍”组成的小团体。中忍负责将上忍的命令传达下去，将下忍的情况向上忍汇报，起到桥梁的作用。下忍是忍者中的底层人员，是执行任务的人选。
    忍者常常是医药专家与武术家，他们擅长使用兵器和暗器。可以在沼泽地中轻声行走、在水中屏息五六分钟（加上特殊工具甚至可在水底待上一天一夜）。他们这种超人本领是经过从小的艰苦训练才获得的。忍者家庭不分男女都必须继承祖先的职业，他们一般从五岁开始接受训练。（我们在电影电视看到的令人羡慕的忍者形象都经过了千锤百炼）忍者虽然本领过人可也有失手的时候，而失败所付出的代价就是生命。据说有战国时期有位忍者冒着夏日的酷暑，潜入一个大名住宅的地板偷听诸侯内宅的密谈。但在傍晚却被一个武士发觉，武士用长矛刺穿地板把藏在下面的忍者杀死。原来夏天蚊子围着忍者叮咬，忍者虽然没有发出任何声响，但嗡嗡叫的蚊子却暴露了他的行踪。大名中使用忍者最出名的是武田信玄。他最爱驱使自己培养的忍者行动(他们称为为乱波。或者叫叁者，这是武田家忍者的一种称呼，叁者是间见、见方、目付的总称，这些人是间谍专家。)。乱波来自於甲、信、越等地的流浪无业游民或是强盗集团，武田信玄把他们组织化后，再教授山地战和其他的战斗方法，於是这样就成为忍者，训练时间最多的也只有几年时间。（简直跟速成训练没什么区别）这样的忍者因为训练时间不够很容易成为牺牲品。
    万川集海卷：
    共有十卷，第一卷是对忍者的介绍、历史回顾、内容索引和问答，在这其中体现了忍者的宗旨，告诫他们要记住当一个首领能够真正引导其部下的心理时，再多的敌人也能够被战胜。如果部下同其思想不一致，则必败无疑。（孙子兵法的具象化，也就是低级的兵法论述）《万川集海》还强调忍术是军事策略中最有效的方法。
    第二卷主要讨论忍者必须具有的真诚、动力、道德。因为忍术中有很多招数都被认为是不道德的，所以要强调忍者的职业道德，真正的忍者只是按照个人意志行动，从来不要求集体行动，所以忍者讲究的是以一敌百，发挥个人最大的潜力。
    第三卷总结管理忍者组织和发挥忍者作用的各种方法。提到要考虑阻止敌对组织打入到自己组织内部，讲了一些反侦察的内容，强调忍者之间互不来往。只有领袖才可召集大家。
    第四卷则是主要是忍术的“光明面”，即忍者能量的明亮部分。如果忍者运用智慧和创造性思维中的力量，那么他就可以不通过体能而获得信息。忍者不加入战斗就能知道敌人的意图，他的方法包括：
    1对敌对势力有比较全面的了解（孙子兵法中的知己知彼）。2战争开始要清楚敌对势力的战略。3对于敌对势力的地理状况有充分了解。4
    对于敌人的数量、装备等情报进行侦察。5对敌人的动向有清醒的认识。
    五、六、七卷都讲的是忍术中的“阴暗面”，即忍者功力中阴暗的一面。忍者可以运用欺骗、迷惑战术、恐吓等手段来使敌人产生混乱。这些手段是那个时代武士所不齿的，他们认为这是卑鄙懦弱的表现，但是忍者却依靠伪装、夜袭、潜入内部和捕获敌人头目或策动敌人关键人物变节来获取他们的胜利，这三卷]讲叙的就是忍者如何利用这种办法取胜。
    第八卷叙述了忍者对周围环境状况进行利用的方法。这种信息包括天气预报、涨潮落潮、月亮盈亏。用观察星座来确定方位等。
    第九卷详细描述忍者的工具，其中包括可以使忍者在陡墙、树、峭壁、船周围行动的一系列用具。有些工具为穿过河流或在水下前进提供方便，有些则专为忍者秘密进入建筑、仓库等而设计，有开锁、破墙等工具。
    最后一卷是对火yao的运用。解释了炸弹、烟雾弹、药品、迷魂药、毒药等的制造方法，但是这些记载是用日本的地区方言写成，使得翻译它对一个熟悉日本古代语言的人来说都是一件复杂困难的事。例如对当地植物的称呼用地方绰号，这让人从字面上根本无法理解其为何物。