婆媳关系的不和是导致孝哲毅皇后悲剧性命运的关键。尽管身为皇帝的同治帝极其看重她。
    据传说，在选立皇后时，慈禧太后意在凤秀之女，且看不中崇绮之女，慈安太后意在崇绮之女。同治皇帝因为也看中阿鲁特氏，所以遵从了慈安的意向，选中了阿鲁特氏。因此，从立后的那一天起，慈禧就不喜欢阿鲁特氏。后来又见载淳与皇后感情甚密，相敬如宾，而被封为慧妃的凤秀之女常被冷落，慈禧更加愤怒，经常干预帝后的私生活，所以野史中才有阿鲁特氏被慈禧迫害致死的说法。不过这些说法也不无道理，这个可怜的女孩子，恐怕到死时才明白后宫有多么险恶；同治驾崩，慈安太后也被慈禧毒死后她的两道屏障尽失，也就造成了皇后的死。
    阿鲁特氏自入宫以来，处处小心谨慎，毫无失礼之处，但慈禧见到她，总是气不打一处来，事事找恩爱有加的同治夫妻茬。同治帝有病，阿鲁特氏心中着急，但不敢去侍奉，慈禧责怪她“妖婢无夫妇情”。同治病势垂危之际，阿鲁特氏偷着去看望，并亲手为同治帝擦拭脓血，慈禧又骂她“妖婢，此时尔犹狐媚，必欲死尔夫耶？”阿鲁特氏左右为难，怎么做也讨不出好来。
    据《崇陵传信录》载，一次阿鲁特氏去探望同治帝病，流着眼泪倾诉独处宫中、备受虐待之苦。同治帝安慰她说：“卿暂忍耐，终有出头日也。”小夫妻的这些话被尾随而来、在外偷听的慈禧听到了，勃然大怒，立刻闯进宫来，抓住阿鲁特氏的头发，一边打，一边往外拽，并扬言要备大杖伺候。病床上的同治帝欲救不能，眼睁睁看着皇后惨遭凌辱，又急又气又害怕，竟昏了过去。慈禧这才饶了阿鲁特氏。
    崇彝写的《道咸以来朝野杂记》载：一次，慈禧萌发了要废掉阿鲁特氏皇后位的想法。于是将担任宗人府宗令的咸丰帝的五弟敦亲王奕譞召来，商议此事。敦亲王说：“欲废后，非由大清门入者不能废大清门入之人，奴才不敢奉命。”慈禧欲废阿鲁特氏之心才作罢，但却由此深恨敦亲王奕譞。
    阿鲁特氏皇后和同治帝被迫分开：
    阿鲁特氏性格耿直，不善逢迎。她认为自己是堂堂正正从大清门迎娶的皇后，只要自己行得端，做得正，没必要阿谀奉承，溜须拍马。而且，她有意无意地几次刺激、激怒慈禧，致使矛盾更加尖锐。
    一次，阿鲁特氏陪慈禧看戏，“演淫秽戏剧，则回首面壁不欲观，慈禧累谕之，不从，已恨之”。一来阿鲁特氏表现得不听话，不顺从，二来反衬出慈禧好淫乐，格调低俗，从而加深了对阿鲁特氏的怨恨。阿鲁特氏身边的人劝她要处处讨慈禧欢心，要善逢迎，只有和皇太后搞好关系才能保住自己的位子，否则于己不利。阿鲁特氏则表示：“敬则可，则不可。我乃奉天地祖宗之命，由大清门迎入者，非轻易能动摇也。”慈禧是通过选秀女进入皇宫的，最忌讳别人提从大清门而入，大清门是她心头永远的痛。有人将阿鲁特氏的话偷偷地告诉了慈禧，慈禧勃然大怒，认为是故意蔑视自己，因而对阿鲁特氏“更切齿痛恨，由是有死之之心矣”。
    关于慈禧为什么不喜欢阿鲁特氏，最后将她逼上绝路，还有其他一些说法。
    有人说因为阿鲁特氏是郑亲王端华的外孙女。端华是咸丰帝临死时任命的赞襄政务八大臣中的主要成员之一，是慈禧的死对头，后被朝廷赐死。慈禧因而迁恨阿鲁特氏。
    还有人说，慈禧闻知阿鲁特氏怀了孕，怕生了皇子，立为嗣，阿鲁特氏就成了皇太后，自己就不能垂帘听政了。
    还有的说，慈禧怕阿鲁特氏把自己违背同治帝遗诏立皇子的秘密揭发出来，故将她置于死地。
    同治十四年十二月五日，同治帝英年早逝。14天后，两宫皇太后发出懿旨：“皇后作配大行皇帝，懋著坤仪，著封为嘉顺皇后。”光绪十二年二月二十日寅刻，阿鲁特氏崩逝于储秀宫，年仅三十四岁。
    受慈禧虐待的皇后最终被迫自尽：
    阿鲁特氏为什么要死，其原因有两个：一是靠山已无，生路邈茫。同治皇帝是阿鲁特氏惟一的靠山和希望。在同治帝活着的时候，尚备受慈禧的虐待和凌辱，同治帝死了，靠山也就倒了，生活的希望破灭了。二是处境尴尬。同治帝死后，慈禧不为他立嗣，却立同治帝的堂弟载湉（也是慈禧外甥）为嗣皇帝，承继咸丰帝为子，这就将阿鲁特氏置于处境尴尬的皇嫂之位，既不是皇太后，又失去了原来中宫皇后拥有的权力和尊贵地位。将来光绪帝立后以后，阿鲁特氏的地位更为尴尬，这是有清以来从来没有出现过的角色，这在客观上把阿鲁特氏推向了绝路。
    阿鲁特氏死亡当天，两宫皇太后谕内阁：“嘉顺皇后于同治十一年作配大行皇帝，正位中宫，淑慎柔嘉，壸仪足式。侍奉两宫皇太后，承颜顺志，孝敬无违，上年十二月痛经大行皇帝龙驭上宾，毁伤过甚，遂抱沉疴，遽于本日寅刻崩逝，哀痛实深。”这是清廷官方公布的死因，但说得含糊不清，难以让人信服。
    阿鲁特氏年仅22岁，平时也没有什么病，怎么会突然死去呢？很显然不是正常死亡。关于她是怎么死的，在当时就众说纷纭，莫衷一是。
    概括起来，有四种说法：
    吞金而死。这种说法比较广泛，影响较大。
    绝食而死。《李鸿藻先生年谱》载：“其后之崩，盖绝食也。”《清代纪事年表》、《庸盦笔记》等也持这种说法。
    吞鸦片而死。《清室外纪》持这种说法。
    服毒药而死。《德宗承统私纪》如此记载。
    无论哪种死法，均属于自杀。据说在阿鲁特氏自杀之前，她的父亲崇绮进宫去看望她。见女儿整日以泪洗面，痛不欲生，眼睛都哭肿了，于是上奏慈禧，请示应该如何办。慈禧说：“皇后如此悲痛，即可随大行皇帝去罢。”意思就是皇后可以殉夫。这时正巧女儿写来了一张字条，征询她现在应该怎么办，崇绮便在字条上批了一个“死”字。未几，阿鲁特氏便死了。
    孝哲毅皇后，阿鲁特氏。蒙古正蓝旗，修撰、翰林院侍讲、封三等承恩公、累官户部尚书崇绮之女，副都统、前任大学士、军机大臣赛尚阿之孙女，郑亲王端华之外孙女。咸丰九月十四子时迎娶，年20岁，比载淳大两岁。
    同治七年二月初三册立为皇后。
    同治十四年十二月，德宗即位，奉两宫皇太后命，封为嘉顺皇后。
    同治帝崩，后对自己前程感到绝望“以寡嫂居中宫不成体统”，又对慈禧专横、阴毒、暴虐充满怨恨，收到其父无字书信后吞金屑求死，抢救暂缓，又绝食。
    光绪元年乙亥二月二十寅刻薨，仅22岁，时距穆宗崩才七十余日，五月上谥曰孝哲嘉顺淑慎贤明宪天彰圣毅皇后。九月，暂安梓宫于隆福寺。
    光绪五年三月二十六，合葬惠陵，升祔太庙。
    光绪二十八年十月，宣统帝入嗣穆宗。
    宣统二年四月加上尊谥恭端二字，全谥：孝哲嘉顺淑慎贤明恭端宪天彰圣毅皇后。孝哲毅皇后有一姑，即恭肃皇贵妃，同为同治帝嫔妃。