宴會後，宗設謙道把此事向下屬們一說，大家均感到憤慨不已，這些人有不少就是幹海盜的，平時就凶狠得很，不怕天不怕地，不顧後果，大家均說要給鸞岡瑞佐教訓教訓。群情激奮下，大家紛紛來到庫房，取出原本已收繳保存的武器，並找到鸞岡瑞佐和宋素卿。
    鸞岡瑞佐和宋素卿見對方拿著武器、人多勢眾、氣勢洶洶，而自己沒有武器，暗呼不好。鸞岡瑞佐覺得自己是正使，壯壯膽，想說幾句，但對方一下子衝了上來，揮著刀就砍人，鸞岡瑞佐一下子就成了刀下鬼，還有另外十幾人也被殺死。而宋素卿比較聰明，及時撒腿就跑，先是跑回市舶司嘉賓堂，讓市舶司的軍兵幫忙保護。但宗設謙道等人殺紅了眼，竟然也衝到嘉賓堂，不管三七二十一，就放火將嘉賓堂給燒了，然後又將宋素卿的船隻也給燒了。
    宋素卿等人一路跑，宗設謙道等人一路追殺，一直追到紹興城，宋素卿逃進城了，躲過一劫。宗設謙道等人折回寧波途中，海盜本性暴露無遺，他們沿途到處殺掠，到寧波後，又在寧波城裏大肆掠奪。明軍見狀開始出動，進行阻攔，但明軍戰鬥力較差，根本不是對手，被殺死不少人，連備倭都指揮劉錦、千戶張鏜、百戶胡源等相繼戰死。而宗設謙道等人卻奪船逃向大海。
    這下事情鬧大了，驚動了朝廷，皇上和諸位大臣均氣憤不已，皇上下令開展調查。宋素卿被關押起來，並進行審問，說出事情經過。朝廷知道是宗設謙道等先動手殺人，要拘捕他們，但他們已經逃走。當時琉球使臣鄭繩歸國，朝廷命他傳諭日本，讓日本交出宗設謙道等人，否則閉關絕貢。後來，日本幕府回了封信，說不知宗設謙道這個人，倒是有個叫神代源太郎的主犯，已經被誅戮了。這說明幕府企圖移花接木。此外，幕府還不知羞恥地希望大明放回宋素卿，重新賜給勘合和金印。大明朝廷十分無奈。
    不過，惡人有惡報，宗設謙道等人出洋後，船隻被風吹倒朝鮮海麵，朝鮮守軍與之戰鬥，斬殺了33人，並活捉了幾人。隨後朝鮮將首級和活捉的人送給明朝。明朝將這些人以及宋素卿判以死刑，宋素卿還沒等斬首，就在獄中死了。
    賴恩在此事件中負有重要的責任，但是朝廷並沒用予以拘捕，隻是撤了他市舶司的職務，另行安排崗位，這讓人覺得不可思議，懲處太輕了。
    事情就此處理完畢，但爭貢事件產生的影響卻是深遠的。
    首先導致持續100多年的朝貢貿易大不如前，直至停止。大明朝廷對日本使臣感到失望，甚至產生厭惡心理，不想再和日本開展勘合貿易。當時任給事中的夏言上書說倭患起於市舶，建議罷撤浙江市舶司、福建市舶司，朝廷同意，於是浙江市舶司、福建市舶司暫時停罷（多年後才恢複），各地鎮守太監也紛紛被裁撤。此後多年，明朝和日本雙方都未開展勘合貿易。直至嘉靖十八年，日本貢使到來，此時不通貢已達十七年，但大明朝廷懷疑其是否誠心效順，要求進行核實，若誠心則按照規定開展勘合貿易，否則退回。此次貿易一直拖著未辦。第二年二月，日本貢使又來，請求頒發新勘合。大明朝廷經討論後，要求務必繳收舊勘合才能發放新勘合，且將貢期限定為十年，人不過百，舟不過三，其餘不可許。嘉靖二十三年，日本使臣入貢時，因與前次入貢隻隔五年，沒有按照十年一貢的規定期限入貢，且沒有帶表文來，於是朝廷拒絕日方入貢。嘉靖二十六年，日方來貢，船隻四艘，人六百，超過船限三艘、人不過百的規定，於是嘉靖皇帝勒令日本使臣回去。嘉靖二十七年日本使臣又求貢，經過浙江巡撫朱紈斡旋，才允許日本使臣百人進京朝貢，回賜也予以限製。此後便再無日本使團赴明朝貢，勘合貿易就此停止。
    其次海禁更加嚴厲。爭貢之役後，朝廷多下頒布嚴格海禁的詔令。嘉靖三年，朝廷下令，凡是外國貢船來後尚未上報官方，就先迎接外國商人私自買賣貨物的要治罪；私自帶外國人收買禁物的也要治罪；製造違反規定樣式的海船並私自與外國開展貿易的要治罪。嘉靖四年，兵部下令嚴查浙江、福建兩省雙桅船，發現雙桅船的就予以拘捕，所載的貨物即便不是外國貨，也以外國貨論處，並發配的邊衛戍守。嘉靖八年、十二年，又再下來禁止造違禁大船，發現的需報官拆毀，禁止私自與賊寇交易，以絕後患。從這些禁令說明當時存在百姓造大船與外國交易的情況，朝廷加強防範。
    再次走私更加嚴重。停止正常渠道的勘合貿易和嚴格海禁後，就會導致走私的猖獗，可以說，海禁和走私就像一對雙胞胎，有海禁就有走私。主要是其利潤太大了，海禁更嚴，則獲得的利潤就更豐厚。於是乎，日本海盜商人和中國不法商人為了利潤，勾結在一起做買賣，這讓明朝沿海地區越來越不安定。海盜商人有時不講信用，動不動就劫掠，嚐到劫掠甜頭後，索性專門幹起劫掠的勾當，這就導致倭患越來越嚴重。