江戶川柯南：目擊黑衣人組織罪行的高中生偵探工藤新一，因被灌了毒藥APTX-4869產生的副作用，身體變成了小孩。為了逃避組織殺手的追殺，以及避免危機身邊的人，遂改名為江戶川柯南。佐以阿笠博士的各種小發明，順利破獲了不少疑難案件，現在是帝丹小學一年級B班的學生，少年偵探團的頭腦。
    灰原哀：原名宮野誌保。是組織裏的科學家，代號是sherry(雪莉），因為她姐姐宮野明美為了幫自己和妹妹逃出組織被組織殺害，因此不願意研究再毒藥APTX-4869而被囚禁在瓦斯室裏，絕望的她服下身上藏著的一顆APTX-4869想要自殺，沒想到藥物並沒把她毒死而產生了與工藤新一一樣的副作用縮小成兒童時期的模樣，得以掙脫手銬從垃圾通道裏逃出來。因為之前已經知道工藤新一也變小了，所以想要向他求助，最後倒在工藤新一家門前，被阿笠博士撿了回去，現住在阿笠博士家中，因沒有APTX-4869的資料而暫時調不出解藥。為了觀察工藤新一服下藥物的情況轉入帝丹小學跟江戶川柯南（工藤新一）同一個班。是帝丹小學一年級B班的學生，少年偵探團的成員。
    圓穀光彥：一開始喜歡步美，後來漸漸的對灰原哀也有好感了。不相信怪力亂神，隻相信科學，喜歡用科學原理解釋事情。是帝丹小學一年級B班的學生，少年偵探團的智囊。
    小島元太：最愛吃，特別是鰻魚飯，一聽到大數目的錢就想到可以買多少盒鰻魚飯。體型壯碩，是一般小孩的2倍，所以喜歡用暴力威脅別人，似乎是孩子王搬的任務。比一般同齡小孩聰明，但是偵探團裏最笨的人。和光彥一樣，喜歡步美，所以對柯南也有自然排斥。是帝丹小學一年級B班的學生，少年偵探團的團長。
    吉田步美：喜歡柯南，第一個大膽說出喜歡柯南的人。是帝丹小學一年級B班的學生，少年偵探團的幸運星。
    阿笠博士：住在工藤新一的家隔壁的發明家，經常發明一些沒用的和奇怪的東西。未婚。是知道柯南身份的其中一人也是第一個人。
    久保沙雪：黑淵村久保旅館的年輕老板娘。
    久保安春：久保沙雪的父親。地下寶藏研究家，一年前就行中不明。
    門倉良造：久保旅館的廚師。
    梅崎忠雄：救了迷路的柯南等人。自稱地下寶藏獵人。
    木村、田中：奇怪的中年男子二人組。