ZERO沉睡後X借瑪薩精靈力量結束Irregular戰爭，精靈收到詛咒，ZERO身體被盜改裝成OMEGA，拜魯發動妖精戰爭，X等人製造ZERO複製身體載入其真正靈魂，兩位英雄共同結束妖精戰爭後拜魯和OMEGA被放逐出宇宙，X用身體封印黑暗精靈（即被詛咒的精靈），ZERO再次封印自己——沉睡100年。
    100年後，人類少女雪兒製造COPY-X希望維護世界卻適得其反，大量思考型機器人被處刑（用他們的話就是害怕會再有像X係列的叛變發生，其實他們不都是思考型機器人……）Neo？Arcadia人類守護都市建立（也是COPY-X的總部所在），雪兒同情思考型機器人與他們一起居住，可是也避不過Neo？Arcadia的襲擊……雪兒想起另一位被封印的傳說中的英雄（ZERO），在反叛軍的陪伴下（反叛軍，指反對Neo？Arcadia的思考型機器人，在故事裏其實是正派的，都是被殺害的機器人）闖入ZERO被封印的遺跡（ZERO1開頭畫麵），並喚醒了傳說中的ZERO，但他卻失去了所有記憶，不過他從雪兒的眼中看出了他們的絕望，一次又一次幫助他們……X的身體雖然被封印了，但他的靈魂還在，而且以電子精靈的形態出現時常幫助ZERO他們……直到Z2司令官毀滅了X真正的身體……釋放了黑暗精靈因為釋放了黑暗精靈，所以Z3拜魯帶著他的OMEGA回來了，還複活了COPY-X（眼睛是藍色的？WHY？），Z3中ZERO終於知道了那個屬於自己的真身體原來就是OMEGA，可是就X一句“心才是最重要”而毀了他，X的靈魂無法再留下了，他托下重任給ZERO讓他繼續守護世界，自己就回到Cyber空間睡眠。Z4中，拜魯妄圖利用諸神黃昏（衛星）來毀滅地球上殘餘的生命，ZERO再次出擊，終於消滅拜魯，而ZERO也去向不明……
    ZERO係列目前到此為止。
    前序
    在廿二世紀，一百年前的“非正規機械戰爭”，令地球頓成不毛之境，多次釋瑪的叛亂中尤其以［RockmanX5］太空殖民地“歐拉西亞”(Eurasia)直憾地球這事件最為嚴重。經過多次［大約十次］由最強的“非正規機械獵人”X和Zero決戰後，釋瑪終於被打敗。［在X5故事中，阿零以自己的生命打敗了釋瑪，而X則攜著他的激光劍繼續戰鬥。另外在X6的結尾，阿零托一位科學家封印自己，希望自己的過去不會再帶來任何威脅。於RTRZ大碟內的聲劇中提到，X利用母親精靈把釋瑪連同病毒一並消除。］
    注意：下文記有作品情節、結局或其他相關內容，可能降低欣賞原作時的興致。
    洛克人Zero主軸故事遊戲一列
    ［括號內的別名都不是真的……請勿見怪……］
    洛克人Zero(1)［“赤色傳說”～世外桃源的威脅～］
    非正規機械戰爭正式完結後，X終於創造出一個人類與思考型機器人共存的理想而和平的社會，世稱“尼奧·阿魯卡地亞”(NeoArcadia)。但因著某些原因，帶領著這國度的X突然失蹤。於尼奧·阿魯卡地亞當中的天才科學家少女雪兒博士恐怕會引起恐慌，故以X的DNA複製出一模一樣的“複製X”。誰知他如來一點也不像X，並把尼奧？阿魯卡地亞中的思考型機器人亂定為非正規機器人，要把他們排除。雪兒博士得知後，心有不甘，帶領著被追捕和壓迫的思考型機器人，組成“反抗軍”(Resistance)。但她深明隻作抵抗並不能解決問題，直至她想起一個傳說：一位於一百年前的最強的紅色非正規機械獵人——零。雪兒博士解除了被封印於地下研究所的零，由於當時她被尼奧？阿魯卡地亞追捕，阿零二話不說便開始了挑戰尼奧？阿魯卡地亞的路途，遇見還他激光劍的精靈X、打敗輔助X的四天王、攻上尼奧？阿魯卡地亞核心部、戰勝了複製X……
    洛克人Zero2［“黑暗再臨”～幹坤樹頂的秘密～］
    反抗軍來了一位自尼奧？阿魯卡地亞的新司令官——艾爾比斯(Elpizo)。自零於尼奧？阿魯卡地亞失蹤後，反抗軍處於劣勢，故此召集軍力，準備“正義之一擊作戰”，進攻尼奧？阿魯卡地亞。另一方麵，尼奧·阿魯卡地亞亦開始籌備為一年前的事件討伐反抗軍，由於要避免複製X被打敗的恐慌，賢將負起了領導的重任。獨自流浪苦戰一年的阿零，在沙漠不支倒地後被尼奧？阿魯卡地亞四天王的賢將救回反抗軍基地。新司令官艾爾比斯，深被返回反抗軍的阿零的“英雄”名譽所影向，產生了無意識的嫉妒心。主和的雪兒博士則同時急於開發“雪兒係統”，希望可以避免“正義之一擊作戰”，挽救之前能源危機所帶來的破壞和傷亡。“正義之一擊作戰”終告失敗，反抗軍死傷慘重，說時遲那時快，尼奧？阿魯卡地亞立即展開討伐計劃：用巨型飛艦連炸彈轟掉反抗軍基地。成功阻止的阿零又再收到一個不利的消息：艾爾比斯失蹤，似乎是不停地要闖進尼奧？阿魯卡地亞的高度設防地點——“幹坤樹”(Yggdrasil)。經過幾次追跡艾爾比斯，他對“英雄”的嫉妒心令他奪去了兩隻“寶寶精靈”(BabyElves)，用來尋找並解除在尼奧·阿魯卡地亞中心“幹坤樹頂”“黑暗精靈”(DarkElf)的封印，取得力量，成為“英雄”。阿零再三追著被力量所迷的艾爾比斯，直到“幹坤樹頂”，也是X用自己的身體封印能夠毀滅一切“黑暗精靈”的地方。艾爾比斯破壞了X的身體，釋放了“黑暗精靈”，但終被阿零所打敗，重傷的艾爾比斯悔疚非常，“黑暗精靈”把他化成電子精靈後就向著未知的地方飄去……
    洛克人Zero3［“終極目的”～阿零的審判時刻～］
    一隻不明來曆的字宙船墜落在一個雪山上。雪兒博士從中探測到與“黑暗精靈”一樣的能量源，阿零在調查時，遇到巨大的思考型機器人“奧米加”(Omega)。三位天王急於毀滅“奧米加”之際，一名自稱“拜魯博士”(Dr。Weil)的科學家中斷了雙方的攻擊。這個一百年前被放逐的科學家宣布奧米加成為尼奧2阿魯卡地亞的一員。突然，一個貌似X的思考型機器人到場，挑戰阿零鬥快找到“黑暗精靈”。賢將深知拜魯與奧米加曾經發動“妖精戰爭”(ElfWar)，但也不能逆複製X的意思，便隨一眾離去。唯阿零一人不明拜魯“看看你的身體還可能頂多久”一言。重整後的反抗軍，開始調查尼奧·阿魯卡地亞最近的變動，也挑起了對拜魯八審官的決戰。為了全力尋找“黑暗精靈”的拜魯與複製X將內藏奧米加的導彈射向人類居住區，阿零不能阻止奧米加與黑暗精靈合體，隻能救回被其重傷的賢將。複製X向雪兒博士要求分出“雪兒係統”，但雪兒實在不相信拜魯一眾，拒絕要求後，阿零立即被複製X定為恐怖分子。迎擊尼奧·阿魯卡地亞的進攻後，阿零潛入尼奧·阿魯卡地亞的高空總部——複活複製X所在的地點，複製X戰敗的時候，真正的精靈X出現，告知兩人事實，複製X不信，欲變身時引發拜魯設下的自爆程序，阿零亦正中了拜魯的圈套：在眾人麵前殺了尼奧·阿魯卡地亞的統領，拜魯順理成章成為了新的統治者。反抗軍繼續尋找有關拜魯、奧米加、黑暗精靈與妖精戰爭的資料，發現了令人驚栗的事實：自非正規機械戰爭後，電子精靈被大量使用，當中力量最大的為“母親精靈”(MotherElf)。野心家拜魯博士，將母親精靈變成黑暗精靈，用奧米加和她的力量，殺了地上過半人類和思考型機器人，史稱“妖精戰爭”。阿零知道真相後誓要打敗奧米加，闖到“尼奧阿魯卡地下”(UnderArcadia)動力部，再到拜魯的地下研究所。先後打敗奧米加兩個形態後，阿零著地於自己蘇醒地方，麵對奧米加的終極形態——阿零的“真身”。拜魯聲稱阿零的身體其實是複製出來的，奧米加才擁有赤色鬥神的真正力量。不過阿零輕易擊敗奧米加，正當黑暗精靈讓奧米加回複戰鬥力之際，三天王聯攻奧米加，精靈X出現，把事情因由告知阿零。
    阿零最後選擇了自己的命運，手執零劍、奔向奧米加，解除了拜魯施在黑暗精靈的困咒……
    洛克人Zero4［“滅世之戰”？黃昏境地之命運？］
    雖然阿零的邪惡反麵奧米加被打敗，但手握尼奧？阿魯卡地亞大權的仍是拜魯博士。一隊遊曆隊被拜魯博士的手下襲擊，阿零及時出手相助，並得知有部份人和思考型機器人從尼奧？阿魯卡地亞撤出，為免受拜魯的力權統治，到百年前太空殖民地“歐拉西亞”墮落的地點“零點基地”(AreaZero)村落居住。阿零替雪兒博士觀察當地自然環境的回複。返回尼奧？阿魯卡地亞的拜魯博士，在引回阿零的真正形態“奧米加”失敗後，開始了另一個計劃——“滅世之戰”(Ragnarok)，暗示人與思考型機器人的黃昏。他召集了“靈亡八鬥士”(Einherjar)，以進行其計劃，同時要把舊時代的赤色鬥神——零，抹殺。但靈亡八鬥士的首領格拉霍(Kraft)似乎與“零點基地”的遊曆隊女戰地記者妮姝(Neige)有關連，令整件事件變得白熱化……“靈亡八鬥士”的真正計劃其實是要毀滅“零點基地”。經過四場對決後，反抗軍遊曆支隊收到了拜魯軍攻擊人類集落的消息，阿零馬上趕到，遇見了格拉霍，兩人在一輪對戰後，妮姝(Neige)出來勸阻，並質問思考型機器人與人類到底在今時今日的關係是甚麼。格拉霍無言以對，並捉走了妮姝到監獄。阿零決定追擊，衝入監獄救出妮姝，途中遇見了格拉霍與拜魯，妮姝見敵不動，立刻投出光彈，與零合作爆地逃獄。另外四位靈亡八鬥士亦被阿零打敗，突然反抗軍遊曆支隊收到拜魯的直接通訊，威脅反抗軍和人類集落的一眾，但是，有另外一道通訊介入，是格拉霍，他實在不憤拜魯的所作所為，身處太空“領高那洛”(Ragnarok)［對地超大型大炮］的控製室，一擊轟向尼奧·阿魯卡地亞。反抗軍遊曆支隊叫總部立刻派人救當地的居民，與此同時，阿零傳送到領高那洛控製室，正式與格拉霍展開各自為自己信念而戰的對決。格拉霍最後重傷，繼而停止活動。回到反抗軍遊曆支隊後，他們再接到領高那洛再開動大炮的消息，不，是要整個領高那洛墜落零點基地，隻有一人可能做到——拜魯。阿零進而到尼奧·阿魯卡地亞大型輸送基地，及輸送回線中的網絡，以趕到領高那洛的核心部份。在核心部份的頂層，阿零見到受了重創的拜魯。拜魯說自己其實隻是曾經是人類，但被放逐他的人們改造成不死身，拜魯現在要向所有人類展開複仇。他與領高那洛核心合體，變成戰鬥形態，阿零擊敗他後，仍然阻不到領高那洛高速墜下。此時未喪命的拜魯再出現，變成更巨型的戰鬥形態，但是阿零亦然能夠打敗他。可是，領高那洛……雪兒博士一直收不到阿零的信號，反抗軍與人類集落的人隻是看見天上流星不斷。雖然機會渺茫，但哭泣著的雪兒博士堅信阿零依然在生。而最後一幕，在一個沙漠中，領高那洛的一堆殘骸旁邊，有著零破爛了的頭盔。到底，零……