知府衙門為知府的辦事機構，亦稱府署，府衙。
    通常主要設有府堂、經曆司、照磨所和司獄司。府堂是知府衙門中一個綜合性的辦事機構，內有典史若幹人。經曆司，是知府衙門內掌管出納文移諸事的機構，設經曆1人秩正八品，知事1人軼正九品。照磨所，是知府衙門掌勘磨卷宗等事的機構，設照磨1人，秩從九品。司獄司，是知府衙門掌察理獄囚諸事的機構，設司獄1人，秩從九品。
    自明代始府州縣衙亦仿中央六部之製，設吏、戶、禮、兵、刑、工六房，與中央六部相對應。
    清代康熙年間，六房之外又設鋪長房，承發房等。
    各房的職能是：
    吏房：掌署內考勤，鄉紳、丁憂、起複，在外省做官各事。
    戶房：掌戶口管理，征稅納糧，災荒賑濟等事。
    禮房：掌興學、科舉、教化、旌表、禮儀、祭祀、節慶等事。
    兵房：掌兵差、民壯、考武、治安等事。
    刑房：掌破案偵緝、堂事筆錄、擬寫案牘，管理刑獄諸事。
    工房：掌工程營造，修理倉庫，起蓋衙門等事。
    鋪長房：掌郵傳及迎送官員之事。
    承發房：應辦各種公文信劄，皆由此房掛號，又分發各房轉辦。
    各房辦事人員通稱典吏，而各房之頭目，或稱經承，或以各房之名冠之，稱吏書、戶書、禮書、兵書、刑書、工書。其下工作人員稱胥吏、書吏、書辦等。各房書吏一般為十餘名，不超過二十人，他們不是官員，沒有品級，大都是舉業無望之人，隻好掏錢納粟買來書吏差事，或通過招募考試而被選用。
    此外，各府還設有儒學，置教授一人，掌教育在學之士，考察生員學習、品德之優劣等，以訓導佐之。
    醫學，設正科一人，品秩未入流，為府屬之醫官。
    陰陽學，設正術一人，未入流，為府之陰陽官，兼轄星學。
    僧綱司，設都綱一人，從九品，副都綱一人，未入流，為一府管理僧人之官員。
    道紀司，設都紀一人，從九品；副都紀一人，未入流，為府內管理道士之官員
    少數府還分別設有庫大使、倉大使、宣課司大使、稅課司大使、檢校等官。知府衙門之屬官，也視事務繁簡而置，無定員。