民國26年（1937）12月初，侵華日軍抵達南京城下後，日軍指揮官鬆井石根根據日軍的曆史經驗與現實情況，為鼓舞士氣以及防止性病在日軍中發生與流行，命令日“華中方麵軍”參謀長塚田攻實施“慰安婦”製度。12月11日，日“華中方麵軍”司令部下達《方麵軍關於慰安設施的實施意見》，一方麵致電日本國內，要求盡快征集日本慰安婦運往中國；一方麵撥出巨款邀請日僑“方便屋”老板出麵，舉辦“民間慰安所”；同時密令所轄各部先自行設立臨時慰安所。12月13日侵華日軍占領南京後至民國34年（1945）8月日軍投降期間，日軍在南京城內和郊區設立40家慰安所，南京成為日本當局慰安所與慰安婦數量最多的大城市。
    侵華日軍在南京建立的慰安所大致可分3種類型：一是日軍自行設立的臨時慰安所。攻占南京初期，從後方征調的日、韓籍慰安婦一時不能運抵南京，軍部遂密令各部先自行設立臨時慰安所，各部就公開劫掠中國婦女。二是通過漢奸地痞流氓，招募、脅迫、誘騙中國婦女設立的慰安所，進行商業性的經營。有案可查的有“日華親善館”、“皇軍慰安所”（位於傅厚崗）、“大華樓慰安所”（亦稱“大觀樓慰安所”，位於白下路219號）、“滿月慰安所”等。三是由日本軍部自行開辦，或委托日僑娼業主開辦。征召原在日本、上海及“滿洲國”的日本娼業主來到南京，強占居民住房或政府公房，改作慰安所，掛牌營業，專門接待日軍官兵。這類慰安所享有種種特權，生意興隆，經營規模日益擴大，逐步成為南京最主要的慰安所，南京人稱其為“日本窯子”、“高麗窯子”。
    侵華日軍在南京建立的40家慰安所主要集中在城南、城北、城中、城外4個地區。
    城南從夫子廟到大行宮一帶，這是南京最繁華的商業區，又是日本僑民聚集的“日人街”所在地，並靠近兵營與軍事機關，因而慰安所最多而集中。規模較大的有：
    安樂酒店慰安所位於太平南路（原江蘇飯店所在地），強占酒店、由日軍軍部主辦，公開名稱是“日軍軍官俱樂部”，有日本、朝鮮與中國的慰安婦應招前來伴舞與住宿，實際上是一家由日本軍方直接開辦的高級慰安所，直到日本投降仍在公開營業。當時擔任國民政府南京警備司令官的邱維達將軍記載道，“日軍成立慰安所是公開的，如坐落在太平南路的安樂酒店，就是日軍的一個高級慰安所”。
    鬆下富貴樓慰安所位於常府街細柳巷福安裏5號。原是一李姓人家住房，共40多間。日軍占領南京後，日軍憲兵隊便在此建立慰安所。門前豎起牌子，上書“鬆下富貴樓”5個大字，日籍老板名叫鬆下。慰安婦多是日本與中國婦女。門前常停有日軍軍車十幾輛，鬆下夫婦站在門口迎接。
    青南樓慰安所又名菊水樓慰安所，位於大行宮以南，太平南路文昌巷19號白菜園大院。8幢規格一樣的二層別墅洋房，以及另外幾幢二層、三層樓洋房，四周有圍牆與鐵絲網，大鐵門兩邊的門柱上寫著“菊水樓”3個字。慰安婦多為菲律賓籍、韓國籍與中國籍，這是南京規模最大的慰安所。來這裏“遊樂”的都是日軍將、佐級軍官。曾住在科巷的潘紀文老人作證說：“東白菜園與西白菜園的洋房內有日軍慰安所。”
    東雲慰安所位於利濟巷2號，隔條馬路就是著名的中央飯店。一座二層洋房，原是有錢人楊普慶在戰前建造的高級住宅區“普慶新村”的一部分。日軍將其改造成慰安所，交給名叫千田的日僑娼業主經營。一樓有14間小房間，二樓有16間小房間；在每個房間的門上都釘有一塊圓形的號碼牌；在每個房間裏都建有一塊凹進去的床位，放置“榻榻米”。在二樓還有一間狹小的閣樓，是關押、吊打不聽管教的慰安婦的地方。南京居民稱之為“高麗窯子”，慰安婦多是年輕的韓國婦女。據世代居住在利濟巷14號的楊秀英老人在2003年1月（95歲）接受專家們采訪時說，她家在民國27年（1938）春夏之交在這裏開德勝祥煙酒雜貨店。高麗窯子就在她家房子的後麵，老板千田常到她家購買煙酒。她認識許多韓國慰安婦，看到每天晚上都有許多穿軍裝、挎軍刀的日軍官兵來此，周末來的更多。
    故鄉樓慰安所位於利濟巷18號。有二層樓洋房8幢，裏麵都是日籍慰安婦，中國居民稱為“日本窯子”。當時居住在利濟巷、以賣米為生的張萬宣在接受調查時說：“利濟巷18號是日本窯子，是日本人開的。來此的嫖客是日本軍人，買票入內。妓女都是日本人，穿日本衣服。”楊秀英老人的兒子張傳銘作證說：“日本投降時我十多歲，知道一些事。離我家不遠有一個垃圾箱，裏麵丟了很多避孕套。當時中國人不知道用這些東西的。”
    吾妻樓慰安所位於科巷南壽星橋口，是為侵華日軍普通士兵設立的、級別較低的慰安所，裏麵都是中國妓女（家住附近的沈玲老人在2003年1月陪經盛鴻教授前往實地調查，她指著“吾妻樓”舊址說，當時慰安所大門上方，高懸大幅招貼，上書“揚州姑娘”4個大字，以做廣告宣傳。）
    城北部下關一帶，這是南京交通樞紐與商業集中區，駐防日軍較多。慰安所有：
    華月樓慰安所位於商埠街惠安巷13號，為3層樓房，據當時居住在惠安巷16號開裁縫店、經常為慰安婦們縫補衣服的樊桂英老人說：“每天來的日本人很多，白天、晚上都有，全部是日本軍人。在慰安所進門的地方有一個客廳，四周掛滿慰安婦的照片。慰安婦不叫名字，都稱呼多少號，記得是從1號到25號。也就是說，這裏有20多個慰安婦，絕大多數是中國姑娘，以揚州人最多。經營者是一對日本夫婦，會講中國話。”被發現的該所的管理條文規定，慰安婦每5日必須接受憲兵分隊醫官的身體檢查；慰安所對士兵開放時間為上午10時至下午6時，價格為1元，1次30分鍾，每延長30分鍾追加50錢；對軍官開放時間為上午10時至晚上9時，價格為3元，1次1小時，每延長1小時追加2元。
    鐵路橋慰安所位於下關石梁柱大街85號，是一座約有30餘間房間的平房。當年在這附近一家三明旅館做接待工作的劉聚才老人作證說：“在三明旅館隔馬路的斜對麵，有一家日軍慰安所。進門有一個櫃台，一個日本男人坐在那裏，我們經常能看到30多個婦女出來散步。冬天有太陽時，他們都坐到門口曬太陽取暖。大都穿著日本服裝，也有少部分人穿中國衣服。中國人不能進去，隻對日本軍人開放，而且以軍官為主。”
    此外還有日華會館慰安所、聖安裏A所慰安所（日本慰安婦）、聖安裏B所慰安所（中國慰安婦）、東升樓慰安所、煤炭巷慰安所等。
    城中部地區，屬學校集中的文教區與官府集中的行政區，慰安所相對較少，主要有：
    鼓樓飯店中部慰安所位於城中心黃泥崗的鼓樓飯店。據黃泥崗44號老住戶劉毅證實說：“我家對麵有個二層樓的慰安所，叫‘鼓樓飯店’，裏麵都是日本女人。日本大軍官來時，有人站崗；小軍官來時，沒有人站崗，一般晚上來的日本軍人多。”
    傅厚崗慰安所位於城中心鼓樓之北。據82歲的老人劉萬發證實說：“我家原住傅厚崗10號之一，現改為高雲嶺16-1號。我家對麵是廖家，是二層樓樣房，也有院子，是日本人開的妓院。”
    此外還有珠江飯店慰安所，位於珠江路；滿月慰安所，位於相府營；菊花水館慰安所，位於湖北路樓子巷25號；共樂館慰安所，位於城東桃源鴻3號；皇軍慰安所，位於鐵管巷（現四環路）瑞福裏；上軍南部慰安所，位於鐵管巷（現四環路）四達裏。
    城外郊區與浦口、江浦一帶是津浦鐵路的終點站與日軍“第二碇泊場”及“三井碼頭”、浦口戰俘營所在地，集中大量日軍。主要有：
    昭和樓慰安所位於浦口大馬路7號，創辦人久山卜，日本廣島縣人。
    日支館料理店兼慰安所位於浦口大馬路3號，創辦人溝邊幾郎，朝鮮人。
    一二三樓慰安所位於浦口大馬路10號，創辦人濟道。
    江浦慰安所日軍在江浦縣城及其轄下的湯泉鎮等地建有多處據點，都設有慰安所，但較簡陋，慰安婦人數也隻有數人。
    慰安婦製度，是人類文明史上罕見的野蠻暴行。它長期地、公開地、有計劃有組織地脅迫各國婦女充當日軍的性奴隸與性工具。
    淪為慰安婦的中國婦女們的苦難最為深重。她們遭到日軍野獸般的蹂躪摧殘，根本不被當作人，而隻是發泄性欲的工具。據調查，每名慰安婦，一般平均每天接待29名日軍官兵，多者接待100人。日軍方對不同國籍的慰安婦要求不一樣：“日本慰安婦平均慰安軍人是一比十，韓國慰安婦平均慰安下級軍官是一比四十，中國慰安婦平均慰安底層官兵是一比八十九。”日本學者則稱慰安所是“色性的地獄”。慰安婦在這裏飯吃不上，覺睡不好。有的隻能在日軍的腹下吃點飯團子；有的躺下去，就再也未能爬起來；有的被虐殺而死；有的不堪蹂躪自殺身亡。活著的，苟延殘喘，沒了靈魂，形同僵屍。若患有各種疾病或精神失常，則被趕到荒野等死。對於稍有不從或反抗的婦女，日軍輕則施以饑餓，重則用軍刀割其乳房，剁其手足，甚至讓狼狗將她們一片片撕爛示眾，借此威脅其他慰安婦。民國28年（1939）8月，朝鮮姑娘樸永心才17歲時，被日方當局以招“女看護”為名騙到南京，送進利濟巷2號“東雲慰安所”。開始她不從，被關進閣樓，饑餓、吊打，最後被迫淪為慰安婦，受盡折磨。3年後她又被送往滇西日軍中，直到民國33年（1944）9月才被中國軍隊解放，當時已懷孕幾個月，在逃生路上流血不止，生命垂危，被送往中國軍隊醫院搶救，取出死胎，後又被送回朝鮮，割掉子宮。