忍者起源可追溯到公元七世紀，經過漫長的歲月（長達十世紀）發展到顛峰。在這段時間裏忍者形成各種不同的流派（武藏、甲斐、越後、信濃、伊賀、甲賀、紀伊），伊賀、甲賀、紀伊三派最為發達。說到伊賀和甲賀，其實本來是不分開的，直到室町與戰國時代，這兩百年間地名分開，所以流派也逐漸分散。不過雖然流派分開，可是忍者修練的經典卻是同一本書，這本書我們叫做‘萬川集海‘。這本書有著教導忍者如何施行忍術的一切理論基礎與技能。（這本書下麵再仔細討論）忍者世界中的流派眾多，如猿飛、葉隱、羅刹、飛蟬、風魔、信濃、武藏、越後高田、信濃、紀伊等數不勝數，全盛時據說有一百多個。其中，最著名的要數伊賀國（現三重縣境內）的伊賀流和甲賀郡（現滋賀縣南部）的甲賀流。滋賀縣甲賀郡的忍者發祥地在很久以前叫“鹿深”，這兩處自古就是忍者故鄉，那裏忍術高手雲集，戰鬥力強勁，流派近五十種。大家熟知的服部半藏、百地丹波等強忍均來自這裏。除伊賀、甲賀兩大集團外，雜賀、伊勢、甲斐和鈴鹿等地也是忍術人才輩出的名所。為何伊賀與甲賀的忍術如此發達呢？
    其中最關鍵的因素是地形：伊賀與甲賀離京都跟名古屋都很近，位於重山險阻圍繞的封閉小盆地裏自成天地。可是在戰略上的位置卻是十分的重要。因為靠近中央近畿地帶，受京都文化影響很深，而且神社、寺院、莊園都很多。後來莊園製度崩壞的時候土豪們一個個崛起。在戰國時代這塊狹窄的土地居然有六十多個土豪，但是因為領土都很小，所以大家都想奪取對方的土地，於是每家人家大概都會養個三四十個兵，以便對付‘敵國‘。這裏的競爭之激烈超乎外人想像，土豪們互相結盟，探查對方敵情，有時也相互屠殺。在這裏被打擊的土豪一但垮台，就很難再東山再起，也難怪這種有山地，征戰又激烈的地方，會成為忍術發展的大本營。時間久了，各個土豪之間發展出一種平衡，對忍術的研究發展提供了一段比較平靜的環境。然後忍術也開始冠於全國。
    忍者一般出身於農民，而不是高貴的武士。忍術的山中伏擊技巧、來自住在大和、鞍馬、根來、吉野、伊賀的山地作戰經驗。
    京都則是忍術中使用的法術(陰陽道，也就是安陪晴明擅長的東東)發祥地、因為不遠處有比壑山、高野等佛教密宗的本山。忍術的武藝方麵則來自柳生流劍派、寶藏院流槍術。忍術是由忍者的家族世代相傳的。在各流派中等級森嚴。最高地位的忍者稱“上忍”，統帥一個派別或當一方的霸主。（就象太閣四中的風魔裏）在他的屬下有很多的“中忍”，每個中忍管理一個由三四十名“下忍”組成的小團體。中忍負責將上忍的命令傳達下去，將下忍的情況向上忍彙報，起到橋梁的作用。下忍是忍者中的底層人員，是執行任務的人選。
    忍者常常是醫藥專家與武術家，他們擅長使用兵器和暗器。可以在沼澤地中輕聲行走、在水中屏息五六分鍾（加上特殊工具甚至可在水底待上一天一夜）。他們這種超人本領是經過從小的艱苦訓練才獲得的。忍者家庭不分男女都必須繼承祖先的職業，他們一般從五歲開始接受訓練。（我們在電影電視看到的令人羨慕的忍者形象都經過了千錘百煉）忍者雖然本領過人可也有失手的時候，而失敗所付出的代價就是生命。據說有戰國時期有位忍者冒著夏日的酷暑，潛入一個大名住宅的地板偷聽諸侯內宅的密談。但在傍晚卻被一個武士發覺，武士用長矛刺穿地板把藏在下麵的忍者殺死。原來夏天蚊子圍著忍者叮咬，忍者雖然沒有發出任何聲響，但嗡嗡叫的蚊子卻暴露了他的行蹤。大名中使用忍者最出名的是武田信玄。他最愛驅使自己培養的忍者行動(他們稱為為亂波。或者叫叁者，這是武田家忍者的一種稱呼，叁者是間見、見方、目付的總稱，這些人是間諜專家。)。亂波來自於甲、信、越等地的流浪無業遊民或是強盜集團，武田信玄把他們組織化後，再教授山地戰和其他的戰鬥方法，於是這樣就成為忍者，訓練時間最多的也隻有幾年時間。（簡直跟速成訓練沒什麼區別）這樣的忍者因為訓練時間不夠很容易成為犧牲品。
    萬川集海卷：
    共有十卷，第一卷是對忍者的介紹、曆史回顧、內容索引和問答，在這其中體現了忍者的宗旨，告誡他們要記住當一個首領能夠真正引導其部下的心理時，再多的敵人也能夠被戰勝。如果部下同其思想不一致，則必敗無疑。（孫子兵法的具象化，也就是低級的兵法論述）《萬川集海》還強調忍術是軍事策略中最有效的方法。
    第二卷主要討論忍者必須具有的真誠、動力、道德。因為忍術中有很多招數都被認為是不道德的，所以要強調忍者的職業道德，真正的忍者隻是按照個人意誌行動，從來不要求集體行動，所以忍者講究的是以一敵百，發揮個人最大的潛力。
    第三卷總結管理忍者組織和發揮忍者作用的各種方法。提到要考慮阻止敵對組織打入到自己組織內部，講了一些反偵察的內容，強調忍者之間互不來往。隻有領袖才可召集大家。
    第四卷則是主要是忍術的“光明麵”，即忍者能量的明亮部分。如果忍者運用智慧和創造性思維中的力量，那麼他就可以不通過體能而獲得信息。忍者不加入戰鬥就能知道敵人的意圖，他的方法包括：
    1對敵對勢力有比較全麵的了解（孫子兵法中的知己知彼）。2戰爭開始要清楚敵對勢力的戰略。3對於敵對勢力的地理狀況有充分了解。4
    對於敵人的數量、裝備等情報進行偵察。5對敵人的動向有清醒的認識。
    五、六、七卷都講的是忍術中的“陰暗麵”，即忍者功力中陰暗的一麵。忍者可以運用欺騙、迷惑戰術、恐嚇等手段來使敵人產生混亂。這些手段是那個時代武士所不齒的，他們認為這是卑鄙懦弱的表現，但是忍者卻依靠偽裝、夜襲、潛入內部和捕獲敵人頭目或策動敵人關鍵人物變節來獲取他們的勝利，這三卷]講敘的就是忍者如何利用這種辦法取勝。
    第八卷敘述了忍者對周圍環境狀況進行利用的方法。這種信息包括天氣預報、漲潮落潮、月亮盈虧。用觀察星座來確定方位等。
    第九卷詳細描述忍者的工具，其中包括可以使忍者在陡牆、樹、峭壁、船周圍行動的一係列用具。有些工具為穿過河流或在水下前進提供方便，有些則專為忍者秘密進入建築、倉庫等而設計，有開鎖、破牆等工具。
    最後一卷是對火yao的運用。解釋了炸彈、煙霧彈、藥品、迷魂藥、毒藥等的製造方法，但是這些記載是用日本的地區方言寫成，使得翻譯它對一個熟悉日本古代語言的人來說都是一件複雜困難的事。例如對當地植物的稱呼用地方綽號，這讓人從字麵上根本無法理解其為何物。