婆媳關係的不和是導致孝哲毅皇後悲劇性命運的關鍵。盡管身為皇帝的同治帝極其看重她。
    據傳說，在選立皇後時，慈禧太後意在鳳秀之女，且看不中崇綺之女，慈安太後意在崇綺之女。同治皇帝因為也看中阿魯特氏，所以遵從了慈安的意向，選中了阿魯特氏。因此，從立後的那一天起，慈禧就不喜歡阿魯特氏。後來又見載淳與皇後感情甚密，相敬如賓，而被封為慧妃的鳳秀之女常被冷落，慈禧更加憤怒，經常幹預帝後的私生活，所以野史中才有阿魯特氏被慈禧迫害致死的說法。不過這些說法也不無道理，這個可憐的女孩子，恐怕到死時才明白後宮有多麼險惡；同治駕崩，慈安太後也被慈禧毒死後她的兩道屏障盡失，也就造成了皇後的死。
    阿魯特氏自入宮以來，處處小心謹慎，毫無失禮之處，但慈禧見到她，總是氣不打一處來，事事找恩愛有加的同治夫妻茬。同治帝有病，阿魯特氏心中著急，但不敢去侍奉，慈禧責怪她“妖婢無夫婦情”。同治病勢垂危之際，阿魯特氏偷著去看望，並親手為同治帝擦拭膿血，慈禧又罵她“妖婢，此時爾猶狐媚，必欲死爾夫耶？”阿魯特氏左右為難，怎麼做也討不出好來。
    據《崇陵傳信錄》載，一次阿魯特氏去探望同治帝病，流著眼淚傾訴獨處宮中、備受虐待之苦。同治帝安慰她說：“卿暫忍耐，終有出頭日也。”小夫妻的這些話被尾隨而來、在外偷聽的慈禧聽到了，勃然大怒，立刻闖進宮來，抓住阿魯特氏的頭發，一邊打，一邊往外拽，並揚言要備大杖伺候。病床上的同治帝欲救不能，眼睜睜看著皇後慘遭淩辱，又急又氣又害怕，竟昏了過去。慈禧這才饒了阿魯特氏。
    崇彝寫的《道鹹以來朝野雜記》載：一次，慈禧萌發了要廢掉阿魯特氏皇後位的想法。於是將擔任宗人府宗令的鹹豐帝的五弟敦親王奕譞召來，商議此事。敦親王說：“欲廢後，非由大清門入者不能廢大清門入之人，奴才不敢奉命。”慈禧欲廢阿魯特氏之心才作罷，但卻由此深恨敦親王奕譞。
    阿魯特氏皇後和同治帝被迫分開：
    阿魯特氏性格耿直，不善逢迎。她認為自己是堂堂正正從大清門迎娶的皇後，隻要自己行得端，做得正，沒必要阿諛奉承，溜須拍馬。而且，她有意無意地幾次刺激、激怒慈禧，致使矛盾更加尖銳。
    一次，阿魯特氏陪慈禧看戲，“演淫穢戲劇，則回首麵壁不欲觀，慈禧累諭之，不從，已恨之”。一來阿魯特氏表現得不聽話，不順從，二來反襯出慈禧好淫樂，格調低俗，從而加深了對阿魯特氏的怨恨。阿魯特氏身邊的人勸她要處處討慈禧歡心，要善逢迎，隻有和皇太後搞好關係才能保住自己的位子，否則於己不利。阿魯特氏則表示：“敬則可，則不可。我乃奉天地祖宗之命，由大清門迎入者，非輕易能動搖也。”慈禧是通過選秀女進入皇宮的，最忌諱別人提從大清門而入，大清門是她心頭永遠的痛。有人將阿魯特氏的話偷偷地告訴了慈禧，慈禧勃然大怒，認為是故意蔑視自己，因而對阿魯特氏“更切齒痛恨，由是有死之之心矣”。
    關於慈禧為什麼不喜歡阿魯特氏，最後將她逼上絕路，還有其他一些說法。
    有人說因為阿魯特氏是鄭親王端華的外孫女。端華是鹹豐帝臨死時任命的讚襄政務八大臣中的主要成員之一，是慈禧的死對頭，後被朝廷賜死。慈禧因而遷恨阿魯特氏。
    還有人說，慈禧聞知阿魯特氏懷了孕，怕生了皇子，立為嗣，阿魯特氏就成了皇太後，自己就不能垂簾聽政了。
    還有的說，慈禧怕阿魯特氏把自己違背同治帝遺詔立皇子的秘密揭發出來，故將她置於死地。
    同治十四年十二月五日，同治帝英年早逝。14天後，兩宮皇太後發出懿旨：“皇後作配大行皇帝，懋著坤儀，著封為嘉順皇後。”光緒十二年二月二十日寅刻，阿魯特氏崩逝於儲秀宮，年僅三十四歲。
    受慈禧虐待的皇後最終被迫自盡：
    阿魯特氏為什麼要死，其原因有兩個：一是靠山已無，生路邈茫。同治皇帝是阿魯特氏惟一的靠山和希望。在同治帝活著的時候，尚備受慈禧的虐待和淩辱，同治帝死了，靠山也就倒了，生活的希望破滅了。二是處境尷尬。同治帝死後，慈禧不為他立嗣，卻立同治帝的堂弟載湉（也是慈禧外甥）為嗣皇帝，承繼鹹豐帝為子，這就將阿魯特氏置於處境尷尬的皇嫂之位，既不是皇太後，又失去了原來中宮皇後擁有的權力和尊貴地位。將來光緒帝立後以後，阿魯特氏的地位更為尷尬，這是有清以來從來沒有出現過的角色，這在客觀上把阿魯特氏推向了絕路。
    阿魯特氏死亡當天，兩宮皇太後諭內閣：“嘉順皇後於同治十一年作配大行皇帝，正位中宮，淑慎柔嘉，壼儀足式。侍奉兩宮皇太後，承顏順誌，孝敬無違，上年十二月痛經大行皇帝龍馭上賓，毀傷過甚，遂抱沉屙，遽於本日寅刻崩逝，哀痛實深。”這是清廷官方公布的死因，但說得含糊不清，難以讓人信服。
    阿魯特氏年僅22歲，平時也沒有什麼病，怎麼會突然死去呢？很顯然不是正常死亡。關於她是怎麼死的，在當時就眾說紛紜，莫衷一是。
    概括起來，有四種說法：
    吞金而死。這種說法比較廣泛，影響較大。
    絕食而死。《李鴻藻先生年譜》載：“其後之崩，蓋絕食也。”《清代紀事年表》、《庸盦筆記》等也持這種說法。
    吞鴉片而死。《清室外紀》持這種說法。
    服毒藥而死。《德宗承統私紀》如此記載。
    無論哪種死法，均屬於自殺。據說在阿魯特氏自殺之前，她的父親崇綺進宮去看望她。見女兒整日以淚洗麵，痛不欲生，眼睛都哭腫了，於是上奏慈禧，請示應該如何辦。慈禧說：“皇後如此悲痛，即可隨大行皇帝去罷。”意思就是皇後可以殉夫。這時正巧女兒寫來了一張字條，征詢她現在應該怎麼辦，崇綺便在字條上批了一個“死”字。未幾，阿魯特氏便死了。
    孝哲毅皇後，阿魯特氏。蒙古正藍旗，修撰、翰林院侍講、封三等承恩公、累官戶部尚書崇綺之女，副都統、前任大學士、軍機大臣賽尚阿之孫女，鄭親王端華之外孫女。鹹豐九月十四子時迎娶，年20歲，比載淳大兩歲。
    同治七年二月初三冊立為皇後。
    同治十四年十二月，德宗即位，奉兩宮皇太後命，封為嘉順皇後。
    同治帝崩，後對自己前程感到絕望“以寡嫂居中宮不成體統”，又對慈禧專橫、陰毒、暴虐充滿怨恨，收到其父無字書信後吞金屑求死，搶救暫緩，又絕食。
    光緒元年乙亥二月二十寅刻薨，僅22歲，時距穆宗崩才七十餘日，五月上諡曰孝哲嘉順淑慎賢明憲天彰聖毅皇後。九月，暫安梓宮於隆福寺。
    光緒五年三月二十六，合葬惠陵，升祔太廟。
    光緒二十八年十月，宣統帝入嗣穆宗。
    宣統二年四月加上尊諡恭端二字，全諡：孝哲嘉順淑慎賢明恭端憲天彰聖毅皇後。孝哲毅皇後有一姑，即恭肅皇貴妃，同為同治帝嬪妃。