《命令與征服3》的故事發生在2047年，當時出現了特殊的“泰伯利亞礦”，這是一種汙染地球、具自行複製能力的外星物質，由於此物質的蔓延，令地球陷入放射冰河時期。而由世界先進國家組成的高科技聯盟“GDI”，正努力抑製泰伯倫礦的增生。然而，NOD兄弟會的狂人領袖Kane則對地球有另一番規劃，決意使用泰伯利亞礦支配及改造人類，實踐其瘋狂邪惡的夢想。一場涉及地球命運的戰爭，全麵開打。